前一阵子帮人用C++写了一个用以计算吸附焓的简单小程序，仅实现了得到吸附等温线方程后计算吸附焓的功能。最近重拾Python语言，在尝试了Python的各类库之后对其爱不释手。遂尝试着将这个程序用Python完善了一下，实现了数据读入，拟合，计算吸附焓一系列流程。 作为一个新手，写程序的过程依然很揪心。好在换用了Anaconda后的Jupyter Notebook十分友好，可以在每个cell...

Python的Scipy模块中拥有大量的数值计算函数，方便我们快速进行数值计算。 Scipy中的integrate模块提供了几种数值积分算法，导入方式为： from scipy import integrate 使用integrate时，需要先将要进行积分的方程定义为函数。求取一至三重积分的函数分别为： integrate.quad(func,a,b,args,full_outpu...

最近重新学习了Matplotlib作图的相关内容，自己对Python的学习还是不系统，只是凭借着C++的习惯在写。许多语法都需要随时查询。所以在这里记录一下程序内容与注意事项。 这是一个简单的曲线图的绘制，涉及内容有Python列表，for循环等，主要是对Matplotlib图表中一些格式的设置。 程序内容如下： import numpy as np import math from ...

之前的博文中一直没有插图，主要是因为我不会添加图片…… 不清楚图片的引用路径到底应该是什么。最近给博客更换了新模板，顺便学习了一下添加图片的方法。 其实没有什么特别严格的引用路径一般情况下可直接使用github里图片存放位置的网址： https://github.com/你的用户名/你的repository仓库名/raw/分支名master/刚你新建的图片文件夹名称/***.png *...

最小二乘法拟合 在函数拟合中，如果用p表示函数中需要确定的参数，那么目标就是找到一组p，使得下面函数S的值最小： 这种算法称为最小二乘法拟合。Python的Scipy数值计算库中的optimize模块提供了leastsq()函数，可以对数据进行最小二乘拟合计算。 此处利用该函数对一段弧线使用圆方程进行了拟合，并通过Matplotlib模块进行了作图，程序内容如下： #使用最小二乘...

今年的清单总体来看与去年持平，但相比之下还是小说多了些，影视多了些。一年比一年倦怠了。索性把一些在读的专业性书籍也列入进来，在这些书上花费了很多时间，但依然宛如天书一般，尤其是胡先生的著述。身为胡先生门下的学生，让人深感惭愧。 有些书籍的初版时间没能查到，就索性都记录为再版的日期了，有些遗憾。 对电影和电视剧添加的喜爱程度评分，但细想一下觉得也没什么意义。信息肆虐的今天，很多东西都难得回...

CGenFF网站现已提供python3版本的charmm2gmx脚本，下载链接如下： cgenff_charmm2gmx_py3.py ——2019.10.16. 更新—— CGenFF程序可以直接生成Charmm力场的分子拓扑文件，但使用较为复杂，特此记录一下。 CGenFF 网站 CGenFF FAQ 使用流程 制作CGenFF专属.str文件 制作.mol2格式的坐标文件...

我在读纸质书的时候喜欢用笔摘录，但由于自己手不方便，写字速度很慢，往往记着记着就烦躁起来。慢慢地也就越记越少了。现如今多半只是在书上划两道或者在kindle上看电子书。电子书固然方便，但需要翻阅个别章节片段时却又不胜繁琐。标记与书签功能可以一定程度上解决这个问题，不过整理与总结还是少不了的。 所以今后每读完一本电子书，都应像今日这样整理一番。长久以来忽视了这点，许多书读完后也就读完了，没留...

原本想在一块移动硬盘里安装Ubuntu来作为一个便携系统，结果发现安装完成后Ubuntu的grub启动覆盖了Win10的启动项。在拨出移动硬盘的情况下要进入系统十分繁琐，再加上暗影精灵4这台电脑太新，Ubuntu对其支持不是很好，一气之下再次卸了Ubuntu…… 没想到折腾的过程中不小心把Win10的BCD擦出了，直接开不了机了…… 还好在网上找到了修复方法，在此记录一下： 下载...

Cluster Analysis在分子动力学模拟中是一个很常见的概念，但是Cluster这个词的意义很模糊。最开始接触到这个概念的时候以为这是一种分析体系中形成的聚集体数目的方法，后来逐渐发现Cluster Analysis最本初的意思是对动力学模拟产生的构象轨迹进行归类和统计。当然，在配合其他工具的前提下，也能够用来统计聚集体数目。 Shao等人在一篇介绍Cluster Analysis...