by Daniel R. Rose 原文地址 从分子动力学模拟中确定结构布居(structure populations)的一种方法是聚类/团簇分析。聚类/团簇是指将部分具有相似性的数据点从其他数据中区分出来的一个集合。在分子模拟的背景下，这意味着将相似的构象分组在一起。其间的相似性由一个距离标准来度量——距离越小，结构越相似。 一种常用的距离度量便是基于坐标的RMSD。 值得注意的是，...

安装了双系统的电脑中，如果是使用Ubuntu系统自带的grub程序作为启动引导，就不能直接格式化Ubuntu所在的盘，否则硬盘上的MBR内容被擦出，无法成功开机引导。 想要卸载Ubuntu，则需要先删除其MBR内容，在格式化其所在硬盘。对于不同的电脑，修改MBR有不同的方法，所以第一步是判明BIOS启动的类型，方法为： Win+R打开运行，输入msinfo32，回车查看系统信息 在BIO...

最近帮人做的分子模拟练习作业，一个简单的C++程序，题目如下： 1、构筑一个100x100的二维方格，随机挑选一半格点置为0，其余格点置为1。如果相邻的两个格点的赋值均为1，则有相互作用能e/kT=0.3，否则相互作用能为0，如果一个格点处于盒子边缘，则令它与盒子壁面的相互作用能为e/kT=0.15 。系统总的能量为所有相邻格点相互作用能之和。如此产生10000个样本，统计系统总能量...

导入 from __future__ import division from sympy import * x,y,z=symbols('x,y,z') k,m,n=symbols('k,m,n',integer=Ture) f,g,h=map(Function,'fgh') 数字表达式 符号 symbols()，var()函数用于赋值，可通过关键词指定假设条件。 var("x...

GROMACS分子动力学模拟计算过程中，常需设置二维的周期化条件与冻结组，下面简要介绍一下这两种设置的实现与注意事项： 二维周期化条件通常是配合wall的设置来实现的，Gromacs5.0之前的版本中在处理这部分时有些许问题，推荐使用5.0之后的版本。需要注意的是使用两面wall时还需要配合ewald_geometry=3dc的条件。wall的设置在mdp文件中实现，主要的几个选项设置与意...

人生最宝贵的是生命。生命属于人只有一次。人的一生应当这样度过:当他回首往事的时候，不会因为碌碌无为，虚度年华而悔恨，也不会因为为人卑劣，生活庸俗而愧疚。这样，在临终时候，他就能够说：”我已把自己整个的生命和全部的精力献给了世界上最壮丽的事业—为人类的解放而奋斗。” 对于我们92,93年出生的这代人来说，保尔·柯察金的形象不可不谓是深入人心。无论是在影视剧或是长辈们的言传身教中，这个钢铁般...

只有在总结的时候才意识到自己过得如此荒废，今年总体上没读多少书，最近也是疏于总结与反思，原定的好多篇读书笔记至今也未曾动笔，大概是时间都被狗吃了吧。 好多列入计划的书籍都未能读完，开了个头却难以收尾。去年一年对游戏禁欲后今年有一种大喷发的趋势，甚至买了过气已久的psv专门玩游戏，所以索性也将玩过的游戏也列入其中，也算是参读的作品吧。 电影动漫看了不少，若是有值得一看的作品也就罢了，但往往...

这阵子一直沉迷于电视剧《一代军师司马懿之军师联盟》，初看到这个剧名时不免觉得有一股浓浓的网页游戏的廉价感，还想着约莫又是一部粗制滥造的网络剧。瞟到师妹看的几集，竟意料之外的精细。就拿剧中几个下围棋的镜头来说吧，棋盘是十七路的，落子也遵从古时需先座子的规定。可见剧组制作之精良，几位演员也都用心，尤其是于和伟老师扮演的曹操，那份气质与威严俨然要穿透屏幕扑将过来，真是入木三分。闲话休提，因为这电视...

首先感谢简书这几次的赠书活动让我有机会读到这本书。作为一个从小到大都没有中过将的小透明，收到赠书的那一刻真是激动万分。 在物欲横流的现状下，得知有聚龙小镇这么一个清新脱俗的高道德群体社区时，惊异之情溢于言表。不免对其真实性多了几分怀疑。那么这片可爱美丽的土地到底是媒体造势生产出来的空中楼阁，还是实实在在的世外桃源、精神之乡呢？在有机会去亲临小镇经历一番之前，只能借由车凤老师这本 《境由心生...

不得不承认，现今的书圈里，有好多优秀作品都因其朴实无华的名字而遭人忽视。反倒是一些浅薄之物却靠着艳冶的名称哗众取宠。这本《如何阅读一本小说》便是吃了书名的亏，若不是近来读书之风盛行，恐怕就更难为世人所知了。毕竟很少有人愿意承认自己需要一本书来专门教自己阅读小说这种最平民的文学形式。而其英文原名 How to read novels like a professor 则有又显得格调太高，受众太...