学习使用GROMACS已经很久了，但是一直停留在很初级的应用上面，对高级技巧并不了解。就连做生物体系几乎必做的MMPBSA分析都没有尝试过。乘着这个假期了解了一下MMPBSA，才知道这个计算方法不仅仅是用于蛋白质-配体体系的结合自由能计算，对于任何一个二聚体都是可以的。另外，Jerkwin老师已经发展出了比之前常用的GMXMMPBSA与g_mmpbsa两种脚本/程序更加简单易用的计算脚本——...

由于新型冠状病毒疫情的缘故，今年得以在家渡过了一个相当漫长的寒假。这也是自己学生生涯的最后一个寒假了，如今国难当头，自己正当青春年少却不曾为家国做过丝毫的贡献，不禁羞愧难当。作为无一技之长普通人，只能以在家中自我隔离作为借口聊以自慰了。 自己曾立下的每读一本书就写一篇读书笔记的flag上已经蛛尘遍布了，今天突然兴起决定将今日里读的几本书简单总结一下，也算是一种消遣吧。 机器学习系列书目 ...

书籍 猎魔人·轻蔑时代（波）【 安德烈·斯帕克沃斯基】 【小龙、赵琳】 （2017） （重庆出版社） （2015） 猎魔人·雨燕之塔（波）【 安德烈·斯帕克沃斯基】 【小龙、赵琳】 （2017） （重庆出版社） （2015） 阅读是随身携带的避难所 （英） 【毛姆】 【罗长利】 （2017） （北京联合出版公司） “笨办法”学Python （爱尔兰） 【肖】 【王巍巍】 （人民邮电出版社）...

最近看到一篇详细介绍Python中args与kwargs关键词的文章，自己对与这两个关键词的用法很不是很熟练，在此搬运分享一下： 原文地址：Python args and kwargs: Demystified 这个教程在细节上非常详尽，很适合初学者阅读。 Python程序的函数定义中经常出现两个奇怪的参数：args与**kwargs。这篇教程将对两者的用法进行详细的揭秘，教导你...

自己的打字速度一直不快，打字习惯也不好，从来都没能掌握标准指法，右手残缺后就更是困难了。 之前一直想尝试一下双拼输入法来弥补一下自己在这方面的不足，但畏于学习成本较高又一直拖延，今次下定决心将所有设备的输入法都改为双拼，直接在实践中学习。 比较了之后还是选择了小鹤双拼，似乎比其他几种相对简单一些，也没有分号等特殊符号的运用。 早晨在手机上熟练了一下键位对应，有了大致的印象，但实际使用起...

Packmol是分子模拟中最常用的搭建初始构型的软件。轻便、快捷的特性使其在诸多建模软件中脱颖而出。不过近日在Win10的Linux子系统中安装Packmol时遇到了之前从未遇到的报错。因为自己对Fortran一窍不通，此处先把错误与解决方法记录一下，方便日后研究。 按照标准的安装流程：解压，./configure，make。但是在make过程中报错，错误信息如下： random.f90...

长期更新 2018.10.29 Q: gmx genion命令：往溶剂中添加离子时报错：”No line with moleculetype SOL found the [ molecules ] section of file “topol.top” A: 首先检查拓扑文件是否正确，如果在拓扑没有问题的情况下依然报错，往往可能是由于拓扑文件在Windows系统下处理过，行尾标记有问题。...

之前使用远程Linux系统电脑的时候采用的是ssh与teamviewer，但ssh没有图形画面，无法使用VMD等软件，而teamviewer又时常被检测为商业用途，十分闹心。最近了解到了VNC连接方法，遂尝试了一下。虽然网上教程众多，但都不甚全面，这里将自己建立VNC连接的过程记录一下，以便日后再用时查阅。 Ubuntu18.04使用的是gnome桌面系统，桌面共享功能直接使用的是vino...

之前一直想尝试着用Matplotlib绘制计算结果中的二维密度分布图，这样即省去了许多数据处理的麻烦，也方便直接在Linux系统中观察计算的结果。但对Numpy和Maltplotlib的熟练程度还不够，对于计算程序产生的非矩阵式的数据结构不知道该怎么处理。今天花了一早上仔细研究了一下，终于将这块硬骨头啃下来了。 做colormap图的关键在于矩阵的创建，作为坐标的x与y在形状上为呈转置关系...

最近看到一篇介绍Python中pyPDF模块的文章，详细介绍了使用pyPDF模块获取PDF文件信息，合并拆分PDF文件等功能。很方便，在此搬运分享以下： How to Work With a PDF in Python 全文介绍了以下几方面的功能 提取文件信息 旋转页面 合并文件 拆分文件 添加水印 加密文件 这里我主要尝试了前几个功能的实现，添加水印与加...