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Essays

  • 2024年度总结

    Essays, Reading  · 

    真快，又是一年过去了，十分打脸的是从上次说要重整博客以来就只更新了三篇博客。目前这个博客的模板我也并不十分喜欢，一直想要再重新找一个模板的却一拖再拖。不过这一年开始逐渐使用Obsidian作为知识管理工具了，打算以后的年终总结都统一管理在Obsidian中，至于博客的更新，就随缘吧！目前对于书籍、影视的记录还在Notion中，希望新的一年能够把所有的内容都实现在Obsidian中同步备份。

    2024年，这个大家普遍认为外部环境很糟糕的一年，我经历了一些不顺心的事情。先是单位的研究主线和组织架构大调整，之前的方向被完全摈弃，合作导师在四月份直接离职了。自己做出了继续入站课题的选择，更是导致直接从入职不久的新人变成了学术孤儿。磕磕绊绊到年底，课题研究也算在合作导师的远程支持下进行了下来。八月份后被分配进入了主线任务中，有了一些一同合作的同事，这是最可贵的。只是明年年中出站后的方向还是很迷茫，可能又要开启一段找工作的历程了。好在这些烦恼主要是在工作方面，这一年里家人亲友们大都平安顺遂，妻子更是事业有成，这些都是让我真正感受到幸福的源泉。如此想来也没什么好抱怨的，努力过好每一天可能要比做出所谓的完美规划要更加重要。

    这一年，人生中的大事也干成了好几件，拿到驾照后就立马下单了小米汽车，现在已经是驾程五千公里的新手司机了。年底的时候迎来了人生中第一套房子的交付，虽说交付的过程并非欣喜，但我本来就对这楼盘没抱有过高的期望，所以总体来看还好吧。比较让人惊讶的是我学会了游泳，这个突破在于我是十分难以想象的（无论是在省钱方面还是在社恐方面），现在一口气还游不到一百米，希望来年能够有所进步，不要辜负了真金白银办的游泳卡。

    这一年，先后去了两趟北京，一次是五一带着母亲和孩子去跟两位姨姨团聚并游玩，属于是很难得的能带着母亲出门的机会。后一趟又携妻女参加了表姐的婚礼，一并圆了妻子再游故宫的愿望，可惜小女却因为身体不适就没带她去，仅由我带去商场玩了一天，不过我倒觉得这比故宫更能让她开心。新春和国庆也回了两趟老家，又一次赴宴婚礼，这次是见证了好友的幸福。高德地图的年终总结里显示2024年最远的旅程就是回家了，我盯着这条记录沉默了许久，没想到过了而立之年后，最远距离的印记居然是横陈在自己与故乡之间的高铁票。这一刻才真正读懂了余光中的《乡愁》，多好的诗啊。十月份的时候也回了上海看望自己的老师，确不料契机是去参加另一位老师的葬礼，人生无常数个秋，希望新的一年亲友们都健康平安吧。还有几趟至嘉兴与宁波的出行，不过都是工作上的事情，虽说是自费出差，但收获还是挺丰富的。

    2024年印象最深的书籍

    今年读完的书变的更少了，满打满算也就十二本。唯一能够感到欣慰的是在听了机核有关北洋舰队的电台后读完了姜鸣老师的《龙旗飘扬的舰队》，可以说是近几年来读完的最大部头的书了。近现代的历史我一直不是特别了解，这次也是补齐了一些这方面的知识。再配合两次北京之行，让我心目对满清政府的认知更加清晰了一些。

    另一本让人惊讶的书是《西游记》，没想到四大名著中最后被读完的居然会是它（老实说，红楼和水浒也就是在初高中的时候草草看了一遍而已）。正赶上今年《黑神话·悟空》发售。可能明里暗里也是受到了这股风潮的影响吧。

    读了马伯庸的《太白金星有点烦》、《长安的荔枝》和《食南之徒》三本中篇小说，不知不觉中已经完全是马亲王的粉丝了啊。

    《动手学深度学习》这本书几乎要被看完了，但也忘的差不多了，可能这种技术书真的适合在准备面试的阶段看吧……

    2024年印象最深的影视作品

    2024年看的影视作品又二三十部之多。《漫长的季节》无疑贡献了最佳的观看体验，记得那个时候母亲提前带小女回老家过年，我与妻子下班回家后一同缩在被窝里观看。我们两人的影视审美差别太大，平时很少有如此幸福的体验。在这样的一个年份里看这样的片子十分应景，我想在剧终之时，每一位观众都会一边默念着那句“往前看，别回头啊”的台词，一边勇敢地踏回到自己的生活中去吧。与观剧之前不同的是我们又多了几分对真正的英雄主义的体会。在我局限于自己世界的一隅里悲春伤秋时向我展示更多人们面对生活的智慧与浪漫，这大概就是我对于文艺作品最大的希冀吧。

    花了最多时间观看的是《生活大爆炸》这部老片子，这次一口气看了八季，情景喜剧也是我十分喜欢的影视体裁，可惜现在越来越少了。

    2024年印象最深的ACG作品

    自从B站大会员停止续费后就很少看动画了，不过《葬送的芙莉莲》与《迷宫饭》给我留下了深刻的印象。这两部作品在不同的角度上触动了我对人生以及对生命的认知。《芙莉莲》中所讲述的不同种族之间对寿命感知的差异让人强烈感受到了时光易逝，许多遗憾一旦错过便是永远。因此，我决定更加不留遗憾地向身边的人表达自己珍惜对方的感情，尤其是对长辈（自己以前常因羞涩而难以开口，即使有了微信也时常怕打扰别人而疏于联系）。

    最佳游戏体验属于《绝区零》，不过在开车通勤后，每天能玩游戏的时间就几乎减少到零了，每每想到此处我就开始怀念起地铁来。对于我这样的马上步入中年的男人来说，最闲暇的时光似乎只剩每周去给汽车充电的时候了……

    2024，再见

    每次进行总结回归，都会有种时间都去哪了的感觉，也不知道是时间真的被手机偷走了还是自己对估计干一件事需要花多少时间出现了严重的偏差，不管怎么样这一年也已经彻底过去了。之前听到一位领导说自己并不期望一天能干多少事情，但主要能干好一件事情就可算是不负时光了。若是年轻几年的我多半会不屑一顾吧，但当试着去做反思的时候才能明白这其中的智慧之处。我时常把“终日乾乾，夕惕若厉”作为自己的座右铭，现在想来，每天确保做好一件事情恰也是一种“夕惕若厉”了。

    今年的新年寄语，还是继续用加缪的这段话吧。除此之外也没看到其他令人心动的寄语，而且这段话与前面谈到的观点十分契合了。

    “今年，希冀幸福将是徒劳的，通过工作去建造幸福才是关键。不要希冀任何事，而是要做点什么。不要等待着他人从头至尾地构建你的命运，尤其是当命运仍掌握在我们手中。《共和党人晚报》今年不会祝您幸福，因为它知道您的身体和精神正在经历重创。但它需要您保持必要的力量和清醒，去努力维持您自己的宁静与尊严。” —— 加缪，于1940年新年寄语

  • 2023年度总结

    Essays, Reading  · 

    上一次在这里更新博客内容已经过去三年了，其实自己在这三年经历了很多的大事：从二人世界变为三口之家、买了一间不大不小的房子、第一次换工作、开始学驾照等等。可惜都没能一一将其记录下来。当再次回想的时候已经有许多记忆逐渐模糊掉了，所以决定继续把博客翻出来修整修整，也算是新的一年里一个新的开端吧。

    2023年经历的事情以及当时的感情已经忘却的差不多了，所幸还是读了一些书、看了些影视作品，也养成了随手记录的习惯。年度的阅读观影清单都放在Notion中收录了，这里就取一些印象最深的做一个简单的回顾总结吧！

    2023年印象最深的书籍

    今年读完的书只有十四本，还是以小说为主。其中印象最深刻的无疑就是英国科幻作家奥拉夫·斯特普尔顿的《人类向何处去》（又译《最初与最后的人类》），是机核电台《文明的出路》第一集推荐读物。作为一本比较少见的第一人称小说，最初进行阅读的时候还是较难读进去的，阅读中途也曾中断了好长一段时间。再次拾起这本书缘于查阅《论持久战》的相关资料，这些作品让我对所谓的预言有了更深刻的认识:预言不是牛鬼蛇神不负责任的臆断，也不是随便一个计算模型的暴力预测。预言是建立在对事物发展的哲学规律具备了极其深刻的认知后，对事物后续的发展进行合理地的演化。预言在时间尺度上是模糊的，因为偶然的必然性为事物发展的进程蒙上了朦胧的面纱;预言的结果最终是会达到的，因为这是事物发展的必然规律。不过，即便如此，想到这是属于二十世纪三十年代的作品，但其中对人类生存哲学的演算却大部分与历史发展的真实轨迹相吻合，不由让人有些望而生畏。

    还有两本比较重要的书是美国作家黛博拉·布鲁姆的非虚构写作作品《毒理学破案手册》和马伯庸的最新长篇小说《大医》，这两本书明确了我后续职业方向的选择，希望能在化学、数据与医疗的道路上坚定地走下去。

    瑞士学者François Fleuret的《The little book of deep learning》稍微特殊一点，这是我首次读完的有关算法的全英文著作。不过这本小册子很薄，讲述的内容也不是很细，需要再接再厉。

    2023年印象最深的影视作品

    今年大概看了十六部影视作品吧，印象最深刻的无疑是郭帆导演的《流浪地球2》和杨磊导演的《三体》了。这几年观众对国产科幻作品的支持热情高涨，产出的几部片子质量也很高。也算是制作人与观众的双向奔赴了。我看影视作品更多还是图个刺激，看过了就看过了，对一些文艺片根本品味不到其中深层次的奥妙，比如《河边的错误》和《无价之宝》。《无价之宝》还是挺感人的，但现在流行的这种开放式结局总让我雨里雾里的。

    2023年印象最深的ACG作品

    家里有了小朋友后感觉自己的时间被分去了一大半，阅读娱乐的项目基本都放在了宝宝睡觉之后或者通勤的路上。所以能不能刺激我的多巴胺快速分泌就显得弥足珍贵了，结果就是番剧《浪客剑心-明治剑客浪漫谭-》与游戏《异度神剑3》成为了我心目中最鸡肋的两部作品……前者是老动漫的重制，不得不说以前动漫中的叙事手段和情节设计已经很难跟的上现代人对视觉刺激的追求了。在我看来这次的重制远不及之前的电影改编，但也不想轻易弃掉，再看看吧。《异度神剑3》于我更是典型的鸡肋了，这可是花了真金白银买的。虽然JRPG这种收集-成长-剧情的要素很对我的胃口，但在我看来《异度神剑3》的剧情有些过于简单了，一路解放的殖民地总感觉就是在简单的重复。

    年度最佳的游戏体验属于手游《明日方舟》，在重新捡起这个游戏后，我终于完成了全部的主线剧情，几个重要的SideStory也补的七七八八了。舟游建立起来的这片泰拉大地以及大地上的人们带来的触动让人难以忘怀。在体验玩剧情之后我才有了深入了解游戏机制的动力，Rougelike模式真实太好玩啦！就是太费时间了，后面几个月里我的通勤时间基本都贡献给舟游了。说到游戏机制，这里不得不替《异度神剑3》鸣鸣冤。在剧情打无可打之后，我发现它的战斗机制还是有几分意思的，可惜此时我的等级已经太高了……

    2023，再见

    好了，家里的小家伙睡醒了，开始喊着要出去玩了。2023年就这么过去了，谁也不知道2024年会是怎样的一年，至少在这个年度，我们好像不再看到《接下来一年将是往后十年中最好的一年》之类的糟心玩意了。最后，再摘录一段加缪的新年寄语送给自己吧~

    “今年，希冀幸福将是徒劳的，通过工作去建造幸福才是关键。不要希冀任何事，而是要做点什么。不要等待着他人从头至尾地构建你的命运，尤其是当命运仍掌握在我们手中。《共和党人晚报》今年不会祝您幸福，因为它知道您的身体和精神正在经历重创。但它需要您保持必要的力量和清醒，去努力维持您自己的宁静与尊严。” —— 加缪，于1940年新年寄语

  • 随即二则

    Essays  · 

    “党把自己放在什么岗位上，就在什么岗位上建功立业”

    春节结束后去六院做了个小手术，把去年困扰了自己大半年的死骨问题处理了一下。见到对自己有再造之恩的医生双鬓又添了不少银丝，心中不免感慨万千。只是在医生问及自己的工作现状时，羞赧之心无处安放。当初医生说我们这些博士生是国家的栋梁，现在自己却迫于生计去从事金融行业的工作，于国于民毫无建树可言，顿时想找个地缝钻进去。

    不得不承认，一直以来自己对金融行业的工作存在着严重的偏见，即便是投身进入这个行业后也依然热爱不起来，总觉得这只是一个成就小我的行业。这两年国际金融环境较为恶劣，自己也逐渐意识到我们在经济金融领域上依然明显落后于其他的国家，但心中的这道坎却始终难以跨越。直到最近在新闻上看到戍边英雄陈红军生前在书中标注的一句话：“党把自己放在什么岗位上，就要在什么岗位上建功立业”。才感觉能够逐渐的打开心结，去正视现在从事的工作。“一屋不扫何以扫天下”，自己一直以来都过于眼高手低了，现在正是需要在基层的岗位上努力打磨自己的阶段，空想是无法为人民服务的。

    华灯初上，寝食难安，遂随记一则，引以为鉴。

    铁轨上的富与贫

    近半年因为家庭的缘故经常两地奔波，现今高铁已然非常方便了，自己偶尔还是会坐几趟普快，一来省钱，二来也是出于对往昔大学生活的一种怀念。

    车坐的多了自然也会遇到各式各样有趣的乘客，正如今日读书时看到的一条评论所言：“一种米养百种人”。一条铁轨上何尝不也是承载着万千形色各异的人。

    上次坐动车遇到一位七旬的老人，应该是改革开放时第一批下海经商的先驱。下岗后自己开始跑运输搞旅游，奋力养活自己的寡母与六个弟弟妹妹。老人见过很多世面，谈吐也相当不凡，非常的有自信。老人表示已经在杭州购买了三套房产，这部分人已经通过劳动完成了自己财富的积累，可以开始颐养天年了。却依然前往上海去帮忙照看外孙，并念叨着动车仅比普快节省半个小时，价钱却要贵一倍。老一辈人都格外地能吃苦，消费观念也更加保守。然而现今消费主义盛行，年轻人都更加乐意用金钱去换时间、换劳动，不免让人有些担心。毕竟有些时候还是有必要去亲身体会一下劳动的艰辛，也许会防止我们的社会割裂过于严重。

    今天坐的是普快，现在再坐普快，便明显觉得其舒适程度是远不及动车和高铁的。乘客们在闷热的车厢中面面相觑，似乎也没了老电影中的那份温情与浪漫。这次遇到的老人就有点落魄了，我上车的时候他正在挨个的请求乘客们能够借他点钱来补票。询问了一下才知道，老人刚换了智能手机，并不懂如何使用，家人也没有联系上。我和邻座的女士都表示可以帮他补票，但由于没有现金所以只能等列车员过来询问一下是否可以用手机支付补票费用。大概等待中的时间对于求助者来说总是缓慢且焦灼的，似乎等了还不及十分钟，老人表示自己先回车厢去喝口水，却再也没有回来过。出站的时候再次看到了那个老人，带行李很多，神色慌张地跟在别人后面从闸机口钻过去了。这一刹那的场景让我非常懊恼，若是自己能够再主动一些，亲自带着老人去找列车员，也不至于让一个无依无靠的老人如此无奈。好心是要付诸行动的，现在后悔已经晚了。

    这些在铁轨上发生的事情总能牵动我的心弦，终归是源自身处他乡的游子对故乡的思念吧。一转眼，这漫无边际的“咣当咣当”也已陪伴了我十个归乡与离乡的冬夏了。

  • 读博三年

    Essays  · 

    一不留神，博士第三年已经过去大半了。因为受伤又耽搁掉近一年的时间，感觉自己并没有什么成长。虽不至于对读博这个选择感到后悔，但也觉得应该反思反思自己的所得与收获，以便在此后的日子里整装待发。

    不偏不倚地，自己读的还是被广泛唱衰的化学博士。对我来说这倒不是个错误的选择，即使在实验事故受伤之后我依然深爱着这个学科。想想当初选择化学的原因，归根应是少年时化学竞赛获奖的成就感所致。虽然只是预赛，但已足够浅薄的我相信这个学科对于自己来说是特别的。在义无反顾地在志愿表上填满化学类专业后，所迎来的大学学习并不如意。无机的繁杂凌乱、有机的满树开花、分析的细致入微都让我倍感痛苦。所幸虽然难熬，但也没有过分衰减对化学的热情，只是羞愧于自己当年的鼠目寸光。能在研究生阶段继续学习化学，这得归功于逻辑鲜明的物理化学，无论是热力学中的三大定律还是反应动力学中的勒夏特列原理，都让我重温到了初次接触化学时的那种雀跃。尤其是再次见到勒夏特列原理的时候，我发自内心地觉得这条论述所包含的哲学观念阐明了世界万物的发展规律。或许多年以后，我再次发问自己为什么选择化学的时候，我仍旧会依稀想起读懂勒夏特列的那天，拗口的语句汇聚成简单的几个字——兴盛亦即衰亡。

    至于自己为什么要读博，思前想后，可能还是因为自己内心深处对大自然所有未知事物的热爱（说来惭愧，这种热爱常常被自身懒惰压倒）。我目前还不是一名合格的博士生，只是单纯的渴望学习到更多的知识而不是利用自身的知识去再创造，去不断的拓展人类探求未知的边境。我心目中优秀的博士生应当有着相当的知识储备以及能够充分运用知识生产价值的能力，否则就只是个书呆子（自己现在的水准，是连书呆子的名号都还够不到）。自己应当往这个方向努力，不然枉读书近二十年。但是，需要清楚的是，自己在余生中能对人类科研事业做出的贡献是微乎其微的，所以不必产生过多的妄想浪费时间。搞科研就像是砌城墙，真正能够增加城墙高度是那些生来就极具天赋的墙砖，我们这些芸芸众生只不过是粘结砖与砖之间的沙砾而已了。

    有人可能会觉得我形容的太悲观，但在科学研究已经量产化的今天，大量的科研工作者只不过是在进行着没有太大意义的试错工作。不过，“一沙一世界，一树一菩提”，这不正是我们所处的世界如此美妙的根本原因吗？

  • 你好，世界

    Essays  · 

    读了这么多年的书，很少有写作的习惯，貌似写作最多的年段只有高三写同学录的时候，现在也不知道再看到当初写下的那些感慨万千的文字会不会因为自己的幼稚发笑。

    从开始学习分子模拟以来，Jerkwin的博客哲·科·文给了我莫大的帮助，在翻译了一些Gromacs教程文档挂在他的博客上后渐渐也萌生了创建自己博客的想法，于是一步步谷歌到现在，总算是将这个博客给建立起来了。感谢Jerkwin以及网络上的诸位大神给予我的莫大帮助。

    博客是建立起来了，可是用来写什么呢？单是这点就让我的博客计划搁浅了好久。所谓“福兮祸所依，祸兮福所系”，在受伤之后我似乎暂时有了大把时间来考虑这个问题。关乎当下，关乎未来，我又能做些什么呢？今后的日子势必不容易，但也不见得我的人生就将一蹶不振。我，23岁，不管以后日子怎样，我都会立足现在，在每一件事上去拼搏。那句烂透了的话不是说了么“杀不死我的，让我更强大。”

Markdown

  • GitHubPages博文中图片不显示问题的解决

    Markdown  · 

    之前的博文中一直没有插图，主要是因为我不会添加图片……

    不清楚图片的引用路径到底应该是什么。最近给博客更换了新模板，顺便学习了一下添加图片的方法。

    其实没有什么特别严格的引用路径一般情况下可直接使用github里图片存放位置的网址：

    https://github.com/你的用户名/你的repository仓库名/raw/分支名master/刚你新建的图片文件夹名称/***.png ***.jpg

    根据相应的模板也可以直接提供图片存放位置的绝对路径,这需要相应的几个html文件中提前设置好（= = 这方面我还是不太懂）：

    /刚你新建的图片文件夹名称/***.png ***.jpg

    然而，两种方法在我这里都失效了……

    直接使用网址时在github中预览可看到图片，但在网页上依然不显示……

    今天突发奇想直接使用了图片本身的链接，发现问题解决了！大概是由于github存放图片的网址上不只有图片信息吧。

    现在使用的网址为：

    https://raw.githubusercontent.com/用户名/仓库名/master/文件夹/****.png

    万岁~

    404赛高！

  • Learn Markdown

    Markdown  · 

    对Markdown语言轻度学习做一总结，但由于对HTML和Jekyll不甚熟悉，所以还不知道该如何去修改博文的模板，暂且先用借来的吧。
    从简易教程上学到的主要内容为：

    • 标题与段落：
      段落用空行分开（只有空格和tab也是空行）
      tab缩进表示区块
      空行或行尾两个空格表示换行

      开启引用

    • 强调与修饰：
      星号、下划线和波浪号
      斜体 或_斜体_
      加粗或__加粗__
      删除线
      ==高亮==

    • 列表：
      无序列表使用’+’, ‘-‘, ‘*’ + ‘空格’ + ‘内容’
      有序列表使用’数字’ + ‘空格’ + ‘内容’
      1. 注意空格
        列表中的tab缩进不为区块代码

      嵌套列表缩进需加入段落

    • 链接：
      有行内和参考两种形式：
      1. 行内[名称](链接 “标题”)
      2. 参考[名称][引用]
        ...

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  • 2024年度总结

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    真快，又是一年过去了，十分打脸的是从上次说要重整博客以来就只更新了三篇博客。目前这个博客的模板我也并不十分喜欢，一直想要再重新找一个模板的却一拖再拖。不过这一年开始逐渐使用Obsidian作为知识管理工具了，打算以后的年终总结都统一管理在Obsidian中，至于博客的更新，就随缘吧！目前对于书籍、影视的记录还在Notion中，希望新的一年能够把所有的内容都实现在Obsidian中同步备份。

    2024年，这个大家普遍认为外部环境很糟糕的一年，我经历了一些不顺心的事情。先是单位的研究主线和组织架构大调整，之前的方向被完全摈弃，合作导师在四月份直接离职了。自己做出了继续入站课题的选择，更是导致直接从入职不久的新人变成了学术孤儿。磕磕绊绊到年底，课题研究也算在合作导师的远程支持下进行了下来。八月份后被分配进入了主线任务中，有了一些一同合作的同事，这是最可贵的。只是明年年中出站后的方向还是很迷茫，可能又要开启一段找工作的历程了。好在这些烦恼主要是在工作方面，这一年里家人亲友们大都平安顺遂，妻子更是事业有成，这些都是让我真正感受到幸福的源泉。如此想来也没什么好抱怨的，努力过好每一天可能要比做出所谓的完美规划要更加重要。

    这一年，人生中的大事也干成了好几件，拿到驾照后就立马下单了小米汽车，现在已经是驾程五千公里的新手司机了。年底的时候迎来了人生中第一套房子的交付，虽说交付的过程并非欣喜，但我本来就对这楼盘没抱有过高的期望，所以总体来看还好吧。比较让人惊讶的是我学会了游泳，这个突破在于我是十分难以想象的（无论是在省钱方面还是在社恐方面），现在一口气还游不到一百米，希望来年能够有所进步，不要辜负了真金白银办的游泳卡。

    这一年，先后去了两趟北京，一次是五一带着母亲和孩子去跟两位姨姨团聚并游玩，属于是很难得的能带着母亲出门的机会。后一趟又携妻女参加了表姐的婚礼，一并圆了妻子再游故宫的愿望，可惜小女却因为身体不适就没带她去，仅由我带去商场玩了一天，不过我倒觉得这比故宫更能让她开心。新春和国庆也回了两趟老家，又一次赴宴婚礼，这次是见证了好友的幸福。高德地图的年终总结里显示2024年最远的旅程就是回家了，我盯着这条记录沉默了许久，没想到过了而立之年后，最远距离的印记居然是横陈在自己与故乡之间的高铁票。这一刻才真正读懂了余光中的《乡愁》，多好的诗啊。十月份的时候也回了上海看望自己的老师，确不料契机是去参加另一位老师的葬礼，人生无常数个秋，希望新的一年亲友们都健康平安吧。还有几趟至嘉兴与宁波的出行，不过都是工作上的事情，虽说是自费出差，但收获还是挺丰富的。

    2024年印象最深的书籍

    今年读完的书变的更少了，满打满算也就十二本。唯一能够感到欣慰的是在听了机核有关北洋舰队的电台后读完了姜鸣老师的《龙旗飘扬的舰队》，可以说是近几年来读完的最大部头的书了。近现代的历史我一直不是特别了解，这次也是补齐了一些这方面的知识。再配合两次北京之行，让我心目对满清政府的认知更加清晰了一些。

    另一本让人惊讶的书是《西游记》，没想到四大名著中最后被读完的居然会是它（老实说，红楼和水浒也就是在初高中的时候草草看了一遍而已）。正赶上今年《黑神话·悟空》发售。可能明里暗里也是受到了这股风潮的影响吧。

    读了马伯庸的《太白金星有点烦》、《长安的荔枝》和《食南之徒》三本中篇小说，不知不觉中已经完全是马亲王的粉丝了啊。

    《动手学深度学习》这本书几乎要被看完了，但也忘的差不多了，可能这种技术书真的适合在准备面试的阶段看吧……

    2024年印象最深的影视作品

    2024年看的影视作品又二三十部之多。《漫长的季节》无疑贡献了最佳的观看体验，记得那个时候母亲提前带小女回老家过年，我与妻子下班回家后一同缩在被窝里观看。我们两人的影视审美差别太大，平时很少有如此幸福的体验。在这样的一个年份里看这样的片子十分应景，我想在剧终之时，每一位观众都会一边默念着那句“往前看，别回头啊”的台词，一边勇敢地踏回到自己的生活中去吧。与观剧之前不同的是我们又多了几分对真正的英雄主义的体会。在我局限于自己世界的一隅里悲春伤秋时向我展示更多人们面对生活的智慧与浪漫，这大概就是我对于文艺作品最大的希冀吧。

    花了最多时间观看的是《生活大爆炸》这部老片子，这次一口气看了八季，情景喜剧也是我十分喜欢的影视体裁，可惜现在越来越少了。

    2024年印象最深的ACG作品

    自从B站大会员停止续费后就很少看动画了，不过《葬送的芙莉莲》与《迷宫饭》给我留下了深刻的印象。这两部作品在不同的角度上触动了我对人生以及对生命的认知。《芙莉莲》中所讲述的不同种族之间对寿命感知的差异让人强烈感受到了时光易逝，许多遗憾一旦错过便是永远。因此，我决定更加不留遗憾地向身边的人表达自己珍惜对方的感情，尤其是对长辈（自己以前常因羞涩而难以开口，即使有了微信也时常怕打扰别人而疏于联系）。

    最佳游戏体验属于《绝区零》，不过在开车通勤后，每天能玩游戏的时间就几乎减少到零了，每每想到此处我就开始怀念起地铁来。对于我这样的马上步入中年的男人来说，最闲暇的时光似乎只剩每周去给汽车充电的时候了……

    2024，再见

    每次进行总结回归，都会有种时间都去哪了的感觉，也不知道是时间真的被手机偷走了还是自己对估计干一件事需要花多少时间出现了严重的偏差，不管怎么样这一年也已经彻底过去了。之前听到一位领导说自己并不期望一天能干多少事情，但主要能干好一件事情就可算是不负时光了。若是年轻几年的我多半会不屑一顾吧，但当试着去做反思的时候才能明白这其中的智慧之处。我时常把“终日乾乾，夕惕若厉”作为自己的座右铭，现在想来，每天确保做好一件事情恰也是一种“夕惕若厉”了。

    今年的新年寄语，还是继续用加缪的这段话吧。除此之外也没看到其他令人心动的寄语，而且这段话与前面谈到的观点十分契合了。

    “今年，希冀幸福将是徒劳的，通过工作去建造幸福才是关键。不要希冀任何事，而是要做点什么。不要等待着他人从头至尾地构建你的命运，尤其是当命运仍掌握在我们手中。《共和党人晚报》今年不会祝您幸福，因为它知道您的身体和精神正在经历重创。但它需要您保持必要的力量和清醒，去努力维持您自己的宁静与尊严。” —— 加缪，于1940年新年寄语

  • 2023年度总结

    Essays, Reading  · 

    上一次在这里更新博客内容已经过去三年了，其实自己在这三年经历了很多的大事：从二人世界变为三口之家、买了一间不大不小的房子、第一次换工作、开始学驾照等等。可惜都没能一一将其记录下来。当再次回想的时候已经有许多记忆逐渐模糊掉了，所以决定继续把博客翻出来修整修整，也算是新的一年里一个新的开端吧。

    2023年经历的事情以及当时的感情已经忘却的差不多了，所幸还是读了一些书、看了些影视作品，也养成了随手记录的习惯。年度的阅读观影清单都放在Notion中收录了，这里就取一些印象最深的做一个简单的回顾总结吧！

    2023年印象最深的书籍

    今年读完的书只有十四本，还是以小说为主。其中印象最深刻的无疑就是英国科幻作家奥拉夫·斯特普尔顿的《人类向何处去》（又译《最初与最后的人类》），是机核电台《文明的出路》第一集推荐读物。作为一本比较少见的第一人称小说，最初进行阅读的时候还是较难读进去的，阅读中途也曾中断了好长一段时间。再次拾起这本书缘于查阅《论持久战》的相关资料，这些作品让我对所谓的预言有了更深刻的认识:预言不是牛鬼蛇神不负责任的臆断，也不是随便一个计算模型的暴力预测。预言是建立在对事物发展的哲学规律具备了极其深刻的认知后，对事物后续的发展进行合理地的演化。预言在时间尺度上是模糊的，因为偶然的必然性为事物发展的进程蒙上了朦胧的面纱;预言的结果最终是会达到的，因为这是事物发展的必然规律。不过，即便如此，想到这是属于二十世纪三十年代的作品，但其中对人类生存哲学的演算却大部分与历史发展的真实轨迹相吻合，不由让人有些望而生畏。

    还有两本比较重要的书是美国作家黛博拉·布鲁姆的非虚构写作作品《毒理学破案手册》和马伯庸的最新长篇小说《大医》，这两本书明确了我后续职业方向的选择，希望能在化学、数据与医疗的道路上坚定地走下去。

    瑞士学者François Fleuret的《The little book of deep learning》稍微特殊一点，这是我首次读完的有关算法的全英文著作。不过这本小册子很薄，讲述的内容也不是很细，需要再接再厉。

    2023年印象最深的影视作品

    今年大概看了十六部影视作品吧，印象最深刻的无疑是郭帆导演的《流浪地球2》和杨磊导演的《三体》了。这几年观众对国产科幻作品的支持热情高涨，产出的几部片子质量也很高。也算是制作人与观众的双向奔赴了。我看影视作品更多还是图个刺激，看过了就看过了，对一些文艺片根本品味不到其中深层次的奥妙，比如《河边的错误》和《无价之宝》。《无价之宝》还是挺感人的，但现在流行的这种开放式结局总让我雨里雾里的。

    2023年印象最深的ACG作品

    家里有了小朋友后感觉自己的时间被分去了一大半，阅读娱乐的项目基本都放在了宝宝睡觉之后或者通勤的路上。所以能不能刺激我的多巴胺快速分泌就显得弥足珍贵了，结果就是番剧《浪客剑心-明治剑客浪漫谭-》与游戏《异度神剑3》成为了我心目中最鸡肋的两部作品……前者是老动漫的重制，不得不说以前动漫中的叙事手段和情节设计已经很难跟的上现代人对视觉刺激的追求了。在我看来这次的重制远不及之前的电影改编，但也不想轻易弃掉，再看看吧。《异度神剑3》于我更是典型的鸡肋了，这可是花了真金白银买的。虽然JRPG这种收集-成长-剧情的要素很对我的胃口，但在我看来《异度神剑3》的剧情有些过于简单了，一路解放的殖民地总感觉就是在简单的重复。

    年度最佳的游戏体验属于手游《明日方舟》，在重新捡起这个游戏后，我终于完成了全部的主线剧情，几个重要的SideStory也补的七七八八了。舟游建立起来的这片泰拉大地以及大地上的人们带来的触动让人难以忘怀。在体验玩剧情之后我才有了深入了解游戏机制的动力，Rougelike模式真实太好玩啦！就是太费时间了，后面几个月里我的通勤时间基本都贡献给舟游了。说到游戏机制，这里不得不替《异度神剑3》鸣鸣冤。在剧情打无可打之后，我发现它的战斗机制还是有几分意思的，可惜此时我的等级已经太高了……

    2023，再见

    好了，家里的小家伙睡醒了，开始喊着要出去玩了。2023年就这么过去了，谁也不知道2024年会是怎样的一年，至少在这个年度，我们好像不再看到《接下来一年将是往后十年中最好的一年》之类的糟心玩意了。最后，再摘录一段加缪的新年寄语送给自己吧~

    “今年，希冀幸福将是徒劳的，通过工作去建造幸福才是关键。不要希冀任何事，而是要做点什么。不要等待着他人从头至尾地构建你的命运，尤其是当命运仍掌握在我们手中。《共和党人晚报》今年不会祝您幸福，因为它知道您的身体和精神正在经历重创。但它需要您保持必要的力量和清醒，去努力维持您自己的宁静与尊严。” —— 加缪，于1940年新年寄语

  • 2020年阅读观影娱乐清单

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    书籍

    福尔摩斯探案集·冒险史（上） （英） 【柯南道尔】 【俞步凡】 （2012）（上海社会科学出版社）

    半小时漫画中国史（全四册） （中） 【陈磊】 （2017） （江苏凤凰文艺出版社）

    福尔摩斯探案集·冒险史（下） （英） 【柯南道尔】 【俞步凡】 （2012）（上海社会科学出版社）

    鼠疫 （法） 【阿尔贝·加缪】 【刘方】 （2013） （上海译文出版社）

    触摸 （英） 【克莱尔·诺丝】 【黄瑶】 （2017） （四川人民出版社）

    包法利夫人 （法） 【福楼拜】 【许渊冲】 （2015） （译林出版社）

    指数性组织：打造独角兽公司的11个最强属性 （阿尔巴尼亚） 【 萨利姆·伊斯梅尔、 迈克尔·马隆 、 尤里·范吉斯特】 【苏健】 （2015） （浙江人民出版社）

    火神 （中） 【天下霸唱】 （2018） （北京联合出版公司）

    明朝那些事儿·洪武大帝 (中) 【当年明月】 （2012） （浙江人民出版社）

    明朝那些事儿·万国来朝 (中) 【当年明月】 （2012） （浙江人民出版社）

    …

  • 我的旧书情结

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    人类似乎注定了是喜新厌旧的动物，在书的这一方面，自己曾经发了疯地喜欢新书散发的那股子印刷油墨的味道.无论是课本还是课外书，无一例外都是保养的非常完好，丝毫容不得一页折角或是一笔涂鸦。这个习惯一直保持到大学毕业，每每看着堆满了架子整整齐齐的教本，不免会有几分骄傲从嘴角泄露出来。

    不知道是因为整体社会的消费观念转变还是因为自己受了什么触动，随着阅读量逐渐开始增加，读研究生以后自己渐渐地开始对旧书、二手书提起兴趣。最初是因为选修课需要，以70元低廉的价格买了一套二手的章培恒、骆玉明所著的《中国文学史》，如获至宝，从此便对购买旧书一发不可收拾。这些旧书焦黄的书页间散发出的霉味给人的嗅觉带来了全新的冲击，瞬间就将我征服了。上一位书主无意间留下来的批注让人在阅读的时候多了一位可以随时沟通的挚友，中二病发作的时候甚至要与他争论两句。美好的价格与时光的印记让阅读本身更加动人了几分，这份触动便一直保持了下来。

    随着购入的二手书逐渐增多，我越发喜欢这些拥有历史的书物了。有一回偶然在孔夫子旧书网上购买了一本唐有琪先生的《统计力学及其在物理化学中的应用》，翻开扉页发现上面盖着一枚小篆的藏书章，并赫然写着“64年6月购于广州”。这个瞬间我竟有了一种穿越时空的感觉，可惜书里面没有留下更多的笔迹，看来应该是一位极其爱书的读者（也有可能是个我一样一直都没有读完这本书的懒人）。从此以后我便也刻了自己的藏书章，并在每本书上庄重地写下“xx年xx月购于xx”，希望在这些书籍的旅程中也能留下点自己的印记。

    有些书已经绝版了，只能通过二手的渠道来收购。这也进一步增加了购买二手书的乐趣。我在孔夫子上还买到过《宋词三体书法》与《杜甫诗选》两本老书，深得父亲的喜爱，他总是跟我赞叹现在很少能买到这样纯粹的书籍了。有人说二手书的买卖会损害作者的利益，但从另一方面来讲其实也促进了内容的传播，延续了书籍本身的生命，毕竟酒香不怕巷子深嘛。

    以前在学校的旧书店里也掏过不少的旧书，现在还在枕边的《Merriam-Webster’s Vocabulary Builder》就是在那里买的。自从开始买旧书之后就越发的觉得这些旧书店比现在大受欢迎的新概念书店要有人情味多了。新书店为了生存难免会将精力放在书籍以外的一些地方，在这些破罐子破摔的旧书店里反而表现出对书籍独有的专一。我总觉得那些装修时尚，飘满咖啡香味的书店并不欢迎我这样不解风情的呆子进去，而刻板的新华书店和肆意乱放的旧书店却能打消我自卑的顾虑，让人大大方方地踏足前往。

    近年来二手书的市场似乎逐渐开始发达了起来，多抓鱼的兴起也为我这些的二手书爱好者提供了更加方便的买卖平台。不过我还是舍不得轻易地把书交出去。近期又在多抓鱼上购买了《数学之美》、《大话数据结构》等专业技术类书籍，可惜这些书是从专业的书商手里流出的，并没有留下一些时光的年轮。仅有一本是来自于某个社区图书馆，但也没有留下更多的读者印记，不免让人有种错失好友的遗憾。

    来到杭州以后还没有发现什么我喜欢的书店，更别提旧书店了，希望在这座城市里能够找到一处我可以轻松踏入角落。回想上海福州路上的诸多书城，六院旁的博库书店以及校园内的无名旧书小店，猛然有点想念那座我读书生活十年之久的城市了。人只有失去了才会想念，这可能也是我旧书情结的一个源头吧。

  • 近期阅读

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    自己幼时曾背了一个喜欢读书的名头，并为此沾沾自喜了好多年。现在回想起来，以前家中的“书架”上只不过有两三本闲书，纵使是真爱读书也无书可读。这些话只不过是大人们对性格内向，腼腆胆小的小孩夸无可夸时的托词，自己不懂事竟也信以为真。

    不过这种天真也不见得是坏事，从小了无特长的我便把“爱读书”这三个字时刻放在心上，在自己手上有了点闲钱以后便开始装起读书人来。装的总归是装的，本科期间称的几本盗版书至今也未看完，真正开始有点样子的读书是在研究生一年级买了kindle之后。如今我的kindle voyage已经陪伴我六个年头了，读过的各类杂书也有百十本。自己读书时的心态也有了很大的变化，感觉有必要从头回顾反思一下。

    六年前正是全民阅读时代出现苗头的时候，各种媒体都开始大力营销沉浸式阅读有多重要，各大书商的赠书活动也很多。我自然也无法免俗，或是领取或是购买了许多大部头的经典名著，立誓要读出个所以然来。现在回过头看当初写的一些随笔记录，不禁被字里行间喷涌而出的功利心惊吓到。居然真的有人会相信空读书能够读出黄金屋来，而且这个人还是自己。不过也不能全然否定这种态度。当时阅读的这些大部头著作中不乏一些哲学作品，虽然都只是读了一小部分，但依然极大地拓展了我这只井底之蛙的视野，让自己狂放中二的心逐渐收敛了起来。

    这种亢奋的状态果然没能持续多久，自己并没有能力去潜心研究枯燥晦涩的哲学书籍，读书的目的逐渐从长知识沦为刷数量，以每年能够读多少本书为荣。一方面看不起别人读小说，一方面又疯狂的速读武侠小说来支撑自己的书单。如果说之前的状态是虚荣中带点小小的上进的话，此时的自己苍白到仅用虚荣二字便可全权概括，让人厌恶。

    回顾其实是件很奇妙的事，能够让我们发现许多似乎在平滑发展的人生中有趣的拐点。不知道从什么时候起我突然对小说这种文学体裁有了深入了解的兴趣。到底什么样的小说才是优秀的小说呢？带着这个问题我阅读了许多文学批评方面的书籍，并重读了一些经典小说作品，至此我才真正感受到了阅读的乐趣。开始追着兴趣去阅读，不断地感受每本书籍中每个词语的跃动。持续的阅读习惯让我逐渐能不去单纯地追求情节性的刺激，可以静下心来读一些枯燥的学术作品，随着对一些文学细节的了解，我对阅读这件事的热情又多了几分。

    究竟什么样的小说才是优秀的小说呢？现在的我依然不能给出令自己满意的答案。不过我也不着急着去解开这个谜题，在寻找答案的过程中自己读书的心态也随之改变。现如今自己的阅读更多的是一种闲暇时的消遣，阅读方式逐渐的从沉浸式往碎片式转变，阅读内容则集中在小说、文学评论以及一些历史或哲学的小集子。目前很享受这种阅读的状态，不过心态上似乎有点过于细碎，对专业书籍的阅读有点影响，至于更充分地分析嘛，还是交给下一次的回顾吧，希望不会相隔太远。

    简单总结一下近期读的几本书吧。

    《鼠疫》

    这是我第一次读加缪的作品，在目前全球疫情如此严峻的大环境下，加缪给了我在脑海中近距离体会疫区人民痛苦、恐惧与艰辛的机会。加缪这样的作家对情感的刻画以及把控能力令人赞叹，合上书后良久才能让人平复好激荡的心情，但那些受难人民的无助却又刚毅的眼神仿佛印刻在了我的心脏上，从此伴随着我的每一次心跳。于我来说《鼠疫》这本小说的伟大来自于其强烈的体验感，满溢而出的情绪为读者去体验不同的生活提供了尽可能完整的可能。加缪的这种共情能力，无时无刻不让人叹为观止，接下来打算继续阅读更多加缪的作品。

    也在此向伟大的医护人员致以崇高的敬意！

    《触摸》

    这本书时亚马逊做活动赠送的。相较于与书封上饱含激情的推荐词，小说本身的内容让我感到十分失望。讲述了一个可以通过触摸他人皮肤进入并控制他人肉体的灵魂对抗另一个邪恶的同类灵魂的故事，故事的最后……最后怎么了来着我竟已经不记得了。总之感觉故事设定和情节上并没有什么出彩的地方，对人物情感的刻画也比较苍白，不是很对我的胃口。就我阅读《鼠疫》时的状态来看我可能更喜欢情感比较饱满的作品。作为畅销书，《触摸》这本小说过于鸡肋了，阅读体验上甚至比不上《巨人的陨落》。

    《包法利夫人》

    作为现实主义先驱福楼拜的经典代表作品，我还是比较喜欢《包法利夫人》这部小说的。但这种喜欢更多的源于价值观方面的认同以及书中的细节白描实在优美。作为作者，福楼拜的情感是相当保守的，他冷静地将这一切都交给了读者。可惜我暂且还是一个需要引导的读者，过于客观的描写在我看来有点冷冰冰的，也许我也有着一颗浪漫的心吧。

    《译余偶拾》

    每次去六院我都会在旁边的博库书城买上一本书，书城里几乎从来都不打折，所以免不了精挑细选一番。现今除了专业书籍，我买的纸质书大多都是历史哲学类的随笔集，携带较为轻便，读起来也不需要太多时间。杨宪益先生的这本《译余偶拾》正是如此，是本历史考证方面的小集子，内容涉猎非常广泛，夹留在历史缝隙中的乐律、戏曲、地理、交通皆有介绍（这本是大家小书系列的作品，同时还包含有先生《零墨新笺》中的内容）。而这些内容我统统不懂，若在前几年，这种书我很难读的进去（就如读《蒙田随笔》时一样），现在尽也能随时在地铁上、商场里津津有味地读起来，其中的万千变化，让人莞尔。

  • 这个忧伤的一月里读的一些书

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    由于新型冠状病毒疫情的缘故，今年得以在家渡过了一个相当漫长的寒假。这也是自己学生生涯的最后一个寒假了，如今国难当头，自己正当青春年少却不曾为家国做过丝毫的贡献，不禁羞愧难当。作为无一技之长普通人，只能以在家中自我隔离作为借口聊以自慰了。

    自己曾立下的每读一本书就写一篇读书笔记的flag上已经蛛尘遍布了，今天突然兴起决定将今日里读的几本书简单总结一下，也算是一种消遣吧。

    机器学习系列书目

    作为这段时间学习的主要方向，近期阅读了一系列的机器学习相关的书籍。其中纯理论的包括周志华老师的《机器学习》、李航老师的《统计学方法》以及吴恩达老师的《Machine Learning Yearning》，具体实践类的则有《Python机器学习》、《机器学习实战》、《scikit-learn机器学习：常用算法原理及编程实战》等书。虽然之前已经断断续续地学习了好一阵子了，当自己依然处于一个入门的阶段，许多算法的具体原理也是看过就忘。目前虽是能够马马虎虎地搭建起一套学习的流程，但日后依旧需要对统计学的基础知识进行大量的补足，这个学习曲线对我来说还是相当陡峭的，也不知道以后还有没有继续学习的精力与时间。最主要的是有没有机会将学到的知识真正运用到实业上。

    《家庭、私有制和国家的起源》

    恩格斯的这本书去年早些时候已经读过一遍了，就自己粗浅的思想来说读完只能苍白地感叹一句好看。这次在回家的火车上又将其中的部分章节重新阅读了一边，读完之后的感叹……依然只有好看……总之也算是了解了一些人类社会结构的演变过程，对私有制的建立以及纯粹政治上国家的概念有了大致的了解。当然对我们普通人来说国家可能更多的是一种文化与感情的概念。就2019年底的疫情情况来看，前几年许多作品中对中国人的诋毁似乎有些过份了，中国人总是能在危难的时刻爆发出惊人的意志力与团结奋斗精神，而且这些强大的精神力量往往是从受教育水平较低的底层人民之中往上涌动，最终感染到所有社会阶层。反观自己在学校接受教育二十载，在这种关键时刻却只能眼睁睁地看着，对于自己毕业以后的人生规划与目标，是得做一些仔细的思考了。

    《小说机杼》

    自己在家读的通常都是以前背回家的旧书，这本购于2017年的《小说机杼》便是经常翻阅的一本。一本不厚的小册子却很耐看，当初买这本书是因为自己突然对小说艺术起了兴趣，想仔细品味一下小说这种文体中的艺术性与技巧性。当时还一起读了木心的《1989-1994文学回忆录》，王安忆的《小说课堂》，米兰·昆德拉的《小说的艺术》，卡诺维奇的《美国讲稿》以及托马斯·福斯特的《如何阅读一本小说》。（感谢自己这几年记录阅读书单的习惯，看着这个记录自己都觉得惊讶）这几本书似乎都让我受益匪浅，隐约之中抓住了点文学鉴赏的苗头，但仔细一想却又依然不得其解。后来沉淀了一下才明白自己根本就没有精心阅读过几本优秀的小说作品，即便是熟读了许多批评文学的理论集子也依旧是空中楼阁。得幸自己对小说的热情依然没有衰减，虽然近两年读书越来越少但依然还是能坚持读个一两本，希望自己在做够一定的积累后再回过头读这些书时能够有更深刻的理解吧。当然能够在阅读小说的过程中刻意的去寻查这些书中提及的重点也不失为一种实践过程。

    《一分钟物理》

    中科院的这本科普书籍买了也有小一阵子了，当时翻了数页后十分喜欢，便扔在床头作为入眠读物，未曾想在上学期结束前再也没有碰过，回到家中后又重新读了起来。准确的说这是本面向高中以上学历读者的科普作品，其中涉及的物理知识相当广泛同时又不过份远离生活，作为大学生的通识读本都不为过。科普工作一向是我的向往，也是我想到的能够将自己学到的东西回馈社会的一个主要的方法。自己近几年也在博客中翻译总结了一些专业工作相关的教程，希望能够为学习者们提供一份帮助吧。对于大众群体，也想过写一些科普性质的文章出来，但珠玉在前，自己水平实在太差，最终都还是以转发朋友圈告终了。最近在给师弟师妹们写一些有关Python数据处理入门的教程，希望最终能拿得出一些比较有质量的内容来。（当然有关这方面的珠玉也早已大珠小珠落玉盘了）

    《失乐园》

    印象中这本书自己已经读了很多遍了（毕竟十分“好看”），但自己的记录中居然从未出现过？（原以为是因为内容原因羞于见人，却发现自己居然还写过一篇读书笔记？？？）渡边淳一的书读起来似乎永远都让人血脉喷张，同时也不乏日本文学中的物哀之美，每读完一章都引人合书沉思良久。对于细节的勾勒与刻画，氛围的营造与烘托，可能真的无人能出其右了吧。（一不小心又暴露了自己读书少的事实）

    《福尔摩斯探案集：冒险史（上）》

    作为一个曾经幻想能够称为大侦探的中二少年，我突然发现自己读过最多的悬疑侦探小说系列居然是……冒险小虎队？？？（要不把柯南也算上？）这事可千万不能传出去，这套福尔摩斯探案集买来后也在kindle里躺了许多时日了，乘这个机会好好补习一下吧。突然想起读福尔摩斯系列经典小说一是因为十分喜爱十月新番中的《歌舞伎町夏洛克》，再者是正好在《核市奇谭》电台节目中听到了龙马老爷对福尔摩斯简洁中肯且犀利的赞扬，不禁让我再次燃起了年少时的侦探梦。这本书是目前唯一一本未读过的新书（但在读红发会等故事是还是会突然在脑海中奔出谜底来，可能是和其他改编的故事记混了吧，又或者我其实是读过的呢，汗），加上已经开坑的《悲惨世界》以及马上准备开坑的《包法利夫人》，这些书的年代是不是太集中了点？可能需要多接触点后现代的小说作品了（笑）。

  • 2019年阅读观影娱乐清单

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    书籍

    猎魔人·轻蔑时代（波）【 安德烈·斯帕克沃斯基】 【小龙、赵琳】 （2017） （重庆出版社） （2015）
    猎魔人·雨燕之塔（波）【 安德烈·斯帕克沃斯基】 【小龙、赵琳】 （2017） （重庆出版社） （2015）
    阅读是随身携带的避难所 （英） 【毛姆】 【罗长利】 （2017） （北京联合出版公司）
    “笨办法”学Python （爱尔兰） 【肖】 【王巍巍】 （人民邮电出版社） （2014）
    编舟记 （日） 【三浦紫苑】 【蒋葳】 （2018） （人民文学出版社）
    动物庄园 （英） 【乔治·奥威尔】 （） （） （1945）
    太阳黑子 （中） 【须一瓜】 （2010） （上海文艺出版社）
    Python物理学高效计算 （美） 【安东尼·斯科普斯，凯瑟琳·赫夫】 【孙波翔】 （人民邮电出版社） （2018）
    高堡里的人 （美） 【菲利普·迪克】...

  • 2018年阅读观影清单

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    今年的清单总体来看与去年持平，但相比之下还是小说多了些，影视多了些。一年比一年倦怠了。索性把一些在读的专业性书籍也列入进来，在这些书上花费了很多时间，但依然宛如天书一般，尤其是胡先生的著述。身为胡先生门下的学生，让人深感惭愧。

    有些书籍的初版时间没能查到，就索性都记录为再版的日期了，有些遗憾。

    对电影和电视剧添加的喜爱程度评分，但细想一下觉得也没什么意义。信息肆虐的今天，很多东西都难得回过头再看了。

    游戏依然是我的心头好，当下的许多快餐影视作品，倒不如许多经典的游戏来的有思想，有深度。

    每天中午练字的时候都会去听吴晓明老师的马哲课程。虽然有许多地方不懂，但是很有趣，就像密度泛函理论一样。

    书籍

    古董局中局4：大结局（中） 【马伯庸】 （2015） （北京联合出版公司）
    程序员的数学 (日) 【结城浩】 【管杰】 (2016) (人民邮电出版社)
    白色猎人 （日） 【渡边淳一】 【马洪月、刘宗和】 （2008） （文汇出版社）
    自然辩证法 （德） 【恩格斯】 （ 中共中央马克思恩格斯列宁斯大林著作编译局） （人民出版社）
    小说机杼 （英） 【詹姆斯·伍德】 【黄远帆】 （2015） （河南大学出版社）
    人间失格 (日) 【太宰治】 【烨伊】 (2011) (武汉出版社)
    欧洲文明十五讲 （中） 【陈永乐】 （2004） （北京大学出版社）
    清华园日记 （中） 【季羡林】 （2015） （ 北京理工大学出版社）
    ...

  • 无畏的人生——读《钢铁是怎样炼成的》

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    人生最宝贵的是生命。生命属于人只有一次。人的一生应当这样度过:当他回首往事的时候，不会因为碌碌无为，虚度年华而悔恨，也不会因为为人卑劣，生活庸俗而愧疚。这样，在临终时候，他就能够说：”我已把自己整个的生命和全部的精力献给了世界上最壮丽的事业—为人类的解放而奋斗。”

    对于我们92,93年出生的这代人来说，保尔·柯察金的形象不可不谓是深入人心。无论是在影视剧或是长辈们的言传身教中，这个钢铁般的战士从未远离过我们的生活。但是说来惭愧，多年来我从未能够完整的读完奥斯特罗夫斯基的这本 《钢铁是怎样炼成的》 ,直至今日。

    去年这个时节，机缘巧合下再一次捧起这本书。当时自己正处于人生的低谷，受伤残疾后在家休养，期望能够在保尔身上汲取面对生活的勇气。但是很遗憾，这又是一次夭亡的读书行动。届时的我满脑子都是对命运的不忿。我无法理解保尔忘我的革命情操，觉得那是虚无的，脱离现实的东西。在我幼稚的观念里，人类是不可能背离了生命中的种种欲望而无止尽地追求信仰的。

    在生活逐渐恢复正常之后，回过头重新审视自己的这段历程，我还是心存感激的。在这段慢下来的日子里，我有幸阅读了一些伟人的著作，这些书本重新启动了我的人生，在自己眼里来看，甚至称为涅槃也不为过。在有幸阅读量了恩格斯的 《社会主义从空想到科学的发展》 ， 《自然辩证法》 以及乔治·奥威尔的 《通往威根码头之路》 之后，我由衷的觉得，是时候彻底读完 《钢铁是怎样炼成的》 了。

    保尔的一生无疑是伟大的，但也是凄惨的，炉火般的一颗赤子心，却频频遭受打击，几近熄灭。但纵使如此，也还是靠燃烧生命，又源源不断地发光发热起来。这种执着很难让人理解，但若将其说成是疯狂抑或愚蠢，那便是大错特错了。人生的追求不应只停留在满足自己的物质欲望，我们需要更多的去思考自我价值的实现。诚然，诸生心目中的自我价值不尽相同，有人只在乎吃喝二字，有人沉醉于探索未知，未必有个高下之分。但是，我想，当有人将自我价值视为为全人类的解放，为全人类的幸福而奋斗时，他将是无敌的，是不朽的。

    保尔正是如此，造福劳苦大众的坚定信念是他源源不断的动力，他清醒地认识着自己所要追求的是什么。所以他可以严苛地要求自己，一丝不苟地完成自己的任务。即便是命运接二连三的打击，无论是伤残或病痛，都按不倒他高昂的头颅，敌不过他无畏的斗志。保尔身上直逼云霄的勇气不需要任何人给予，而是源自充满着高尚信仰的内心。而这种精神，这正是我们沉醉于灯红酒绿的年轻一代所迫切需要的。

    我们时刻都要铭记，保尔·柯察金同志永远值得我们学习！

  • 2017年阅读观影清单

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    只有在总结的时候才意识到自己过得如此荒废，今年总体上没读多少书，最近也是疏于总结与反思，原定的好多篇读书笔记至今也未曾动笔，大概是时间都被狗吃了吧。

    好多列入计划的书籍都未能读完，开了个头却难以收尾。去年一年对游戏禁欲后今年有一种大喷发的趋势，甚至买了过气已久的psv专门玩游戏，所以索性也将玩过的游戏也列入其中，也算是参读的作品吧。

    电影动漫看了不少，若是有值得一看的作品也就罢了，但往往还是滥竽充数之辈居多。世间诱惑纷扰如此之多，是时候反省自己，往清心寡欲努力了。不然如何对得起父亲年初赠与我的那幅《慎独》呢。

    新的一年就先从烂尾的书籍开始吧，但愿能新年新气象。

    书籍：

    小说的艺术 （捷克） 【米兰·昆德拉】 （1986）

    美国讲稿 （意） 【伊洛塔·卡尔维诺】 （1986）

    为什么读经典 （意） 【伊洛塔·卡尔维诺】

    文学回忆录 （中） 【木心、陈丹青】 （1984-1994）

    如何阅读一本小说 （美） 【托马斯·福斯特】 （2015）

    围棋入门升级版 （中） 【李明、羽坤等】 （2010）

    书路童行 Kindle书路计划2016小学作文选 （中） 【何俊杰等】 （2016）

    文征明小楷 （中） 【墨点字帖】 （2016）

    吴清源传 （中） 【谢国有】 （2015）

    正解：从写作文到写作 （中） 【陈崇正】 （2016）

    棋手 （中） 【高飞龙】 （2016）

    由境而生 （中） 【车凤】 （2017）

    麦田里的守望者 （美） 【J·D·塞林格】 （1951） (译林出版社)

    我不知道该说什么，关于死亡还是爱情...

  • 读书的接收与反思——读《三国史话》

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    这阵子一直沉迷于电视剧《一代军师司马懿之军师联盟》，初看到这个剧名时不免觉得有一股浓浓的网页游戏的廉价感，还想着约莫又是一部粗制滥造的网络剧。瞟到师妹看的几集，竟意料之外的精细。就拿剧中几个下围棋的镜头来说吧，棋盘是十七路的，落子也遵从古时需先座子的规定。可见剧组制作之精良，几位演员也都用心，尤其是于和伟老师扮演的曹操，那份气质与威严俨然要穿透屏幕扑将过来，真是入木三分。闲话休提，因为这电视剧勾起了我对三国历史的兴趣，便去图书馆借了吕思勉先生的这本《三国史话》，虽说这只是吕老先生的一本通识类作品，但其中对于读书治学的态度与认识，不免让人合书长叹，肃然起敬。

    因为是面向大众的文史普及读物，所以不是很厚重，由一系列的小品文组成。篇幅虽短但内容详实，读过以后也能将汉末晋初整个三国时期真正的历史了解个大概。只可惜我读的这版由民主与建设出版社2015年出版的书籍似乎是少了许多篇章，深感遗憾。

    除了谈历史，吕老先生在书中更多谈到的便是读书时的接收与反思。吕老也是主张“尽信书，不如无书”。即便是正史，也要思辨其中的合理性。读书之人不能被书中的信息所支配，而是要时刻对其进行反思，做出合理的甄选。正如书中《袁绍和曹操的战争》一文中所云：

    《三国志》上所说的兵谋，大都是靠不住的。这大约因军机机密，局外人不得而知，事后揣测，多系附会之谈，而做历史的人所听见的，也不过是这一类的话之故。

    以及文中对“劫乌巢孟德烧粮”部分合理性的推断，都表明即便是当时撰写史书的人，也不过是通过听闻揣摩来还原历史真相，而我们后世的读书人，则更需仔细地去辨别事物的真伪，而不是读了两页就跑出去卖弄，遭人遗笑。

    但我们往往极易犯这种错误，我觉得这归根结底还是因为我们所了解的，所见识的知识实在太少，少到很难形成一个合理的观点，自然在读书时容易马首是瞻，奉书中一面之谈为圣典。所以在读书的接收与反思中，首当其冲的应是接收，在一个问题上多去了解不同的观点，才能合理地对各类观点进行恰当地反思。但光是去接收多种不同的观点就已需要辽阔的见识与胸襟，很难做的到，更不用轻言去反思了。不过我想，这也应当是我们读书学习的终极目的之所在吧。也希望自己能时常以此自审，切莫骄纵轻狂。

    书中还有许多吕老先生对当下以及历史中的诸多社会问题的思考，其设身处地的思辨与见识独到的观点皆非寻常学者所能媲美。总之，这本书确是本值得反复咀嚼的好书。

  • 聚龙小镇——走入世外桃源

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    首先感谢简书这几次的赠书活动让我有机会读到这本书。作为一个从小到大都没有中过将的小透明，收到赠书的那一刻真是激动万分。

    在物欲横流的现状下，得知有聚龙小镇这么一个清新脱俗的高道德群体社区时，惊异之情溢于言表。不免对其真实性多了几分怀疑。那么这片可爱美丽的土地到底是媒体造势生产出来的空中楼阁，还是实实在在的世外桃源、精神之乡呢？在有机会去亲临小镇经历一番之前，只能借由车凤老师这本 《境由心生：一个中国小镇的文明生态与文化哲学》 来一探究竟了。

    小镇无疑是美的，整本书字里行间无一不散发着车凤老师对小镇由衷的青睐于与神往。这里的风景自然清雅、充满诗意，这里的人们热情洋溢、纯洁高尚。这里有完全自助购物的信用良品店，完善贴心的义工机构，兴致风雅的各类社团。小镇的诗意在纸间流淌，即便隔着书本也能强烈感受到小镇让人耳目一新的和谐氛围。也许会有人觉得现今的一些一线城市也能做到相当的高道德与高诚信环境，但城市终归与小镇差了一点，那就是热情。小镇里的人们随时都乐于与邻里分享，同时积极分担维护社区的责任，平日里的互帮互助更是数不胜数。此类的事情放在城市里就难得一见了，高压下的生活让人们很少有机会和精力去邻家串门做客。小镇闲逸的生活与高雅的追求让人们有了更多的时间和精力去交往，去互动，而不是整天为了金钱疲于奔命。这种烟火气是冰冷的城市无法拥有的，而人与人之间的分享与交流则是小镇能够产生如此影响力的根基所在。

    我们不禁要思考，到底是什么让生活在这里的人们得以如此的诗意的生活。在车凤老师和诸多学者看来，聚龙小镇很好地延续了中华文化传承千年的仁、义、信为核心的儒家文化精神，通过个体高尚的精神追求相互影响，相互学习，最终形成了稳固的精神共同体。在这个大的精神共同体中，每个居民的品德、学识相互传播、相互影响，在交往互动中增进了谦恭有礼、简朴坚强的高洁与纯粹。小镇用这样的方式化育人心，不断的吸引志向相合的外界力量的融入，也让小镇自身的文化建设保持常青。

    有人问，为什么我们不能将聚龙小镇的成功模式推至全国乃至全世界呢？是的，的确不能。一则在现今多元化的社会中，各人自有各人选择的道路，谁也分不清个是非正确来，不是说我追求金钱利益就是错的而你追求自然归真就是对的；再者小镇终归只是小镇，是个飞速发展的经济社会中的特例。它能够保持如此完善的道德体系一方面归功于业主们自身的高道德标准，一方面又是受到了其小体量的帮衬。我们要看到，聚龙小镇的大部分业主都是有着一定文化水准和经济实力的成功人士，他们拥有高雅的追求和足够的资本去逃离城市，去共同营创这么一个世外桃源。但在脱离小范围之后，文化的影响力就会被削弱，也就很难再去维系整个精神共同体的骨架。

    在我看来，若想要推广聚龙小镇的文化道德精神，在大环境中感召的力量实在是微乎其微。应当大力着手的依然是教育，尤其是终生教育。只有在教育跟的上的前提下，才能保证整个民族的道德水准。

  • 小说的基础品鉴——读《如何阅读一本小说》

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    不得不承认，现今的书圈里，有好多优秀作品都因其朴实无华的名字而遭人忽视。反倒是一些浅薄之物却靠着艳冶的名称哗众取宠。这本《如何阅读一本小说》便是吃了书名的亏，若不是近来读书之风盛行，恐怕就更难为世人所知了。毕竟很少有人愿意承认自己需要一本书来专门教自己阅读小说这种最平民的文学形式。而其英文原名 How to read novels like a professor 则有又显得格调太高，受众太少。看来图书编辑真不是个好干的工作。

    作者托马斯·福斯特是美国密歇根大学的教授，专长20世纪英国、爱尔兰及美国文学，教授经典文学和当代文学课程，同时还有创意写作。这么一位大教授会讲述什么给我们能听呢？肯定不单单只是如何阅读小说的问题。真正纯粹关乎如何阅读的方法，作者用了两章就阐释明了了，即，沉浸到小说中去，连同作者一起去参与构建这个世界。这其中的道理就如作者文中说的“小说的意义是两种个思想，两种想象共谋的结果”。

    这本书更多地的是在教我们去品鉴一本小说。这就关乎到小说中的种种细节了，这些细节在平常的阅读中貌似不影响我们对故事内容以及情节发展的把握，但这些细节往往隐含着极大的信息量，足以展示以为作家的功底与能耐。无论是视角的选择，章节的划分，还是节奏的把控，词句的深意等等，托马斯教授都在这本书中事无巨细地展示了出来，深度剖析了诸多经典作品中作家们巧施的意味深长的手法。

    在这其中我比较在意的是语言风格和特殊意象这两点。我认为这是两个直接影响读者阅读深度的关键。

    在任何一部小说中，文字始终都是作者与读者之间的首要沟通渠道。相较于漫画、影视等传媒形式，文字所隐含的深层含义往往是难以发掘的。尤其对于外语作品更是如此，阅读译文会使我们错过很多作者在遣词造句中留给我们的小惊喜。若有能力阅读原著，感受与作者最直接的精神交流，自然是极好的。但是这还不够，除过语言，时间又是一道我们很难跨越的壁垒。旧时代的一些句法与表述往往会误导我们的理解。因此，要想透彻的把握作者的意图，必须充分了解作者的语言风格。要了解小说内外的语境，这样才能体察到人物最真实的感情。这似乎听起来很拗口，但其实用当下流行的话语来说就是“玩梗”，只有明白了这些“梗”是什么，才能跟得上大家的笑点。小说中的“梗”则是特殊语言环境下的言外之意。

    与之类似的，意象也是一种有着深刻内涵的特殊标记。如同《了不起的盖茨比》里的绿灯，《麦田里的守望者》里的红色贝雷帽等等，这些反复出现的意象一方面标识着人物的特征，一方面又印证着他们的感情和态度。意象的深层含义往往来自于两个方面，一是时代背景，二是文学背景。时代赋予了意象与众不同的时间标签。想要把握时代背景，就需要在沉浸于小说之余广泛的涉猎历史人文知识。至于文学背景，通俗了说就是对前人的经典作品的一种致敬。所以我们读小说其实不仅仅是在读眼前这一本而已，对小说的理解程度与我们自身掌握的信息量正相关，只有通过量的积累才能真正做到“意会”这一点。

    都说小说是最接近大众的哲学形式，决定小说是否优秀的不单单是情节的引人入胜，还应考虑其思想性。通过把握细节，我们便更易体察到作者的思想，也就更能对作品做出更加客观严谨的评价。要知道，对于一部小说的品鉴所体现的是我们自己的偏好与偏见，亦即我们对文学的品味。所以在认真阅读及思考之前，还是不要对一部作品妄下结论为好。若是想要提升自己的品味，想来除了大量阅读和思考外，也没有什么捷径了。

  • 新年阅读小记

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    近日里读的书很纷杂，但也逐渐从中理出一些头绪，主要想弄清的是有关自己近期所追求的到底是什么。

    在不断的思索中我逐渐明白，不管阅读观赏什么品类的书籍或影视作品，发自内心所渴望的其实是提升自己的鉴赏能力，建立成熟的美学标准。具体往下又有几个小支线：

    1. 对小说这类文学体裁的鉴赏；
    2. 对数学以及衍生理论的美学把握；
    3. 对书法和绘画等艺术品类的欣赏；

    以上的几点是我近期所有书籍阅读的骨架，是理清思绪的关键所在。

    在文学方面涉猎的书籍最多，有《美国讲稿》，《为什么读经典》，《小说的艺术》，《文学回忆录》以及《如何阅读一本小说》。但至今还是只有最粗浅的理解和认识，尚未把握到关键。目前对于小说品鉴的认识，我认为至关重要的有两点：

    • 故事自身被提及的意义；
    • 作者如何使得故事被铭记；

    在我看来，对于大多数通俗小说来说，这两点是评判其优劣的基本要素。

    之所以把数学、计算机科学甚至围棋都归为第二类，是被其中的逻辑性以及外推至无限的可能性所折服。只可惜自己天资愚钝，加上在家修养期间外界诱惑重重，心猿意马，始终不能很高效的进行这方面的学习。近两个月里勉强读了《程序员的数学3: 线性代数》、《Python科学计算》和《围棋入门》等书。收获虽有，但羞于启齿，只能待从头收拾了。

    至于书法绘画等艺术类目的品鉴，在经一番探索后深知必须躬行才能体味到其中玄妙。一味的追求理论知识纸上谈兵。假期里购入了《文征明小楷: 离骚》与《宋词三体书法》两本字帖。来日还需勤加练习，在不断地手书中体味古老艺术的韵味。当然还有其他艺术形式，目前看来，只能一步一步来了。

    拖了这么久，新学期还是要开始了。还需要做一两次手术才能彻底结束治疗。想必这又是忙碌的一年啊。

    不过又有什么关系呢✧٩(ˊωˋ*)و✧

    2017.02.28

  • 2016年阅读观影清单

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    这个书单不具有任何推荐意义，仅仅是对自己在这一年中阅读书籍与观看影视的记录。除去少部分专业相关书籍，大多书籍都是机缘巧合下遇到（一般都是亚马逊做活动赠送的）。不过在阅读中也逐渐形成了几条主要线索：

    • 一是对于日本文化和日本文学的初步了解；
    • 其二是对小说这种文学体裁的初步认知；
    • 还有就是一些实用性质的图书；

    余下的，大多便是纯粹的娱乐与放松。

    在信息化速度越来越快的今天，面对每日蜂拥而入的信息流，仅是知新就已经让我们应接不暇了，更别提能够日日温故。希望这些记录能警醒自己时常温故。

    我尽量试图探清这些书的初版时间，因为我觉得时代对于作者的局限性还是很大的，对于没能找到的只好录下该出版社首次出版其书的时间。对于影视动漫，大多只记下了导演的名字，也有一些编剧。

    书籍：

    狼图腾（中）【姜戎】（2004）
    地球往事：三体（中） 【刘慈欣】（2008）
    地球往事：黑暗森林（中） 【刘慈欣】（2008）
    地球往事：死神永生（中） 【刘慈欣】（2010）
    解忧杂货店（日）【东野圭吾】（2012）
    岛上书店（美）【 加拉布瑞艾拉·泽文】（2015）
    小李飞刀：多情剑客无情剑（中） 【古龙】（1968）
    小李飞刀：边城浪子（中） 【古龙】（1972）
    小李飞刀：九月鹰飞（中） 【古龙】（1973）
    小李飞刀：天涯·明月·刀（中） 【古龙】（1974）
    小李飞刀：飞刀，又见飞刀（中） 【古龙】（1981）
    尼罗河上的惨案（英）【阿加莎·克里斯蒂】（1937）
    10 ways to make money in a free world（美）【 Nicholas Lovell】（不详）
    有效写作13篇（中）【王烁】（2014）
    村上春树·猫（日）【铃村和成】（2013）
    ...

  • 秩序与自由——《光明王》

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    《光明王》罗杰·泽拉兹尼

    《光明王》中所描述的是遥远的未来，人类殖民异星的画卷。在这颗星球上，垄断了科技的统治者们将自己塑造成为印度教中的诸神，通过提高自己与平民之间的技术壁垒来保证其对自己的信仰，进而建立绝对的秩序。然而，诸神中有这么一位普罗米修斯式的人物，他放弃了自己养尊处优的地位，致力于突破诸神的垄断，让科技的火种再临人间。追随者们将他视为佛陀，为光明王，为黑暗时代里的曙光……

    作为一部科幻小说，《光明王》显得不是很正统，全篇鲜有流露科技元素，反倒更像一部奇幻作品。但是对泽拉兹尼这样一位本来就很擅长进行奇幻创作的作家来说，这样的安排一定有其深意。我认为，之所以设计为科幻的基调是为了更深层次地凸显人性。

    这不是一个单纯的普罗米修斯盗火的故事。在这样的神话故事里，神与人之间生来就是不对等的，同时人所遭受的惩罚本源上来自于自己的罪孽。而在《光明王》中，”神”与人没有本质差别，造成一切悲剧的源头是权利的两极分化。作者在这里着重要表述的是人生而平等这一理念，为了彰显此理念，明确使”神”之所以为”神”的是实在的科技而不是玄乎的法力就很重要了。毕竟科幻的逻辑性使作品中的壁垒不像在奇幻中那么难以逾越。

    若让我为这本书归类，我更乐于将其放在《1984》、《美丽新世界》等反乌托邦作品的小类里。我曾单纯地以为反乌托邦小说表达的只是对空想社会主义的嘲讽，现今又觉得它们更应是对极权主义和愚民政策的控诉。其中最核心的矛盾应是秩序与个体自由之间的强烈冲突。

    反乌托邦小说中的一大共性就是人们都生活在一个非常规范化的社会中。除统治阶级外，每个个体都按部就班地运作在自己的轨道上。为了维稳这种规范，个体之间的差异被削弱，在执行手腕上表现为蒙蔽民众视听，禁止文化艺术传播。这是一个秩序走向极端化的社会，意味着个体自由被无限压迫。在其短暂的稳定之后，势必会遭到个体自由意志的反扑。秦王朝践行的焚书坑儒就是典型。同时，不得不遗憾的是，这种极端的秩序对一个文明的文化发展造成的损伤几乎是不可恢复的。即使在秦朝覆灭几百年后，中华文化也很难再现前秦诸子百家的辉煌。

    但是，相应的，当个体自由过分发展之时，也会带来不可估量的灾难。个体之上所受限制过于薄弱时，其往往会表现的盲目且极易被煽动。这种混沌的力量一旦爆发就很难加以控制，会迅速地朝另一极端发展。一如”文化大革命”中的红卫兵，在十年动荡之中迅速崛起并以更快的速度走向偏激。可以说，个体的过分自由同样是可怕的。在缺乏秩序的有效约束时，这种纯粹由个体引导的行为带来的危害不亚于焚书坑儒。

    所以说，秩序与自由应是相宜得章的，历史给了我们太多的教训。在此消彼长的二者之间把握一个平衡点，很难很重要，需要每个文明在前行中不断地探索尝试。也需要无数个光明王这样勇于直面时代错误的先驱来带领人们拨云见日。

  • 九零后的日本情愫

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    樱花国度

    九零后一代人是成长于世界信息化下强烈文化冲击的一代。借助互联网的迅速发展，各路文化纷纷登台亮相。有借助韩剧风靡大江南北的韩流文化，来自欧美追逐自由与叛逆的摇滚文化，诞生于樱花之国的日本ACG文化……

    在九零后一代中，从童年就开始接触的日本ACG文化影响最盛，这些游戏动漫中所塑造的热血、友谊、拼搏的世界观迅速地吸引了荧幕前一大批无处安放青春热情的少年，同时，这些作品中所流露的日式唯美的物哀情结，也使得大批少女为之倾倒。通过ACG闯开大门后，从着装到饮食，从习俗到文艺，日本主流文化也随之成为九零后一代中的一种风潮。

    但是，这些凝结在流行元素之上的日本文化信息终究还是浅显，仅能支撑我们去欣赏、理解一些空泛的通俗作品。当去深究许多作品中蕴藏的更深的人文信息时，文化差异的鸿沟在很大程度上阻拦了我们的探究和思考。这就使得许多人对日本文化的了解停留在了较低的水准中，进而很大程度上导致了盲从。这是件比较危险的事，正如蒙田在随笔里所说：

    柏拉图在《法律篇》中认为，听任青年舒心所欲变换服饰、举止、舞蹈、运动和唱歌的形式；一会儿按这个标准，一会儿按照另一个标准，摇摆不定评论事物，追逐时尚，对推行者顶礼膜拜，这对城邦造成的危害比瘟疫还大。

    身处历史的洪流之中，我们个人无力评判一个民族文化的优缺。但我们应力争明了其独到之处以及之所以受欢迎的原因。所以，深入了解日本文化有相当的必要。

    从历史上看，日本在很长一段时间里都是我国的学习者，两者之间存在诸多共同点是必然的，这也是日本文化在中国能快速获得大量拥趸的潜在因素之一。

    我姑且认为，日本文化的风靡与其以下几个特性不无相关：

    1. 多元化的人物性格；
    2. 严于律己的礼节；
    3. 精神引领胜利的反物质主义；
    4. 普适且独特的美学观念；

    在此，来分别探讨下各点背后的日本文化。

    日本文化从中国继承了“忠”与“孝”的道德标准，但并未沿袭中国以“仁”为最高标准的道德体系。在日本文化中，各种行为本身都是善的，他们不需要再以“仁”来加以约束。这导致了他们多层次分散状态道德体系的形成，在一些文学影视作品中，这一特点最直接的反映就是角色性格的立体化与特征的多样化。典型的如日本神话中的三位主神之一素盏鸣尊，其个性多变难测：开始像孩童般哭闹要见母亲，到高天原时却显露出凶暴的一面，而流落出云时又展露英雄气息。这与我们往日接触的美好到单调的人物形象形成了鲜明的对比。这些日本故事中时不时会“黑化”的英雄的确要更接近人性一些。

    我国虽一直有誉为“礼仪之邦”，但在近现代历史中还是日本人那近乎苛刻的礼貌举止更加备受赞誉。在渡边淳一的小说《情人》中，女主修子对着电话再三毕恭毕敬鞠躬的画面对我产生了强烈的冲击。除却严格的家庭教育，日本人这种极端的礼貌本质上似乎来源于其“各安其份，各得其所”的等级观念。这里面多少有点“小国寡民，老死不相往来”的味道。这些已根深蒂固的观念时刻督促着日本人严守自己的界线，遇事力争自己解决，同时也极少插手别人事务。他们极不愿给别人添麻烦，即使很普通的帮忙也被视为恩惠，更有甚者会详细记录，以便来日报答。若说日本人滴水之恩涌泉相报，一点都不夸张。

    日本人对精神修炼的重视令人咋舌，他们坚信人可以通过特殊的修炼，达到精神的最高境界，从而突破肉体乃至一切外物的限制。只要拥有强大的精神、坚定的信念就可以战无不胜、攻无不克。就像许多动漫作品中的经典套路那样：主角在奄奄一息之际往往或受亲友鼓舞，或回忆往事，然后完成惊天逆转。可以说，此类夹杂着武士刀精神的反物质主义情怀是一种狂热的奇迹崇拜，它忽略了成功道路上的崎岖和坎坷，凝结成一系列倍受青少年欢迎的“热血”、“燃”等流行元素。其强烈的正反馈是吸引人的关键。

    大和民族无疑是个爱美的民族，其对美学独特而深刻的理解深深融入到了生活的方方面面之中。无论是文学、绘画、音乐还是衣饰、园艺、建筑都体现出大和民族普适且独特的审美。日本文化中的主要美学观念，是围绕其独有的侘寂、幽玄与物哀的感情展开的一种忧伤而精致的美学。他们善于在许多细巧残破之处探寻这种优美娴静的美，将自己心中的感情很自然地寄托到周遭的环境之中。这种独特的美学很显眼，也很容易捕捉，所以我们轻易就能从一堆艺术品中区分出来自日本的作品。这种忧郁的美极易波动到青春期少年们的心弦，而那份精致对于许多成功人士来说，同样有着不可抗的吸引力。

    参考书目

    菊与刀（美）【露丝·本尼迪克特】（1946）
    日本人——一个外国人的研究 （中） 【蒋百里】 （1937）
    日本论 （中） 【戴季陶】 （1928）

    P.S.

    以上终究只是自己阅读归纳的一些简单想法，对于整个日本文化的了解还过于浅显，若贻笑大方，还望指正。

  • 卧榻夜读《梦幻花》

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    这个世上有所谓的负遗产，要是扔在那里能自行消失，扔一边就行了，要不是这样，也总得有人接着。

    东野圭吾也算是近几年的年度畅销作家了，可惜之前只读过受师兄馈赠的《解忧杂货店》，没有接触更多。最近深受日本文化吸引，正好亚马逊前阵子做活动又送了这本，所幸在失眠的夜里读了起来。

    《梦幻花》东野圭吾

    虽说是悬疑小说，但与《解忧》类似，这依旧是一个让人倍感温暖的故事。整个故事围绕着一朵理应灭绝的黄色牵牛花展开，一宗看似毫无头绪的入室抢劫杀人案将一系列的角色牵引到一起。这里有为儿子报恩的刑警（早濑亮介），坚守祖辈遗训的高官（浦生要介），行踪诡秘的少女（伊藤孝美），寻求父兄认可的次子（浦生苍太）以及被害者的孙女、遭遇瓶颈的游泳健将（秋山梨乃）。出发点虽各有不同，但同是为了匡扶正义，他们一步步带领我们揭开疑案的神秘面纱。而透过案件本身，作者向我们展示出的是浦生、伊藤两家几代人对正义的坚持以及每个家庭中长辈们对晚辈深沉的爱。

    要说读完整本书的感受，可能“根本停不下来”就是最直观的感受了。强烈的参与感以及每回章末勾人心弦的悬念设置使人不得不被作者牵着鼻子走。东野多线叙事的功底再次淋漓尽致地展现在了读者眼前，而一些很微妙的细节描写更是将角色塑造的惟妙惟肖。

    几处有关饮料的细节描写很有意思：梨乃与要介相约时只敢战战兢兢地点一杯橙汁。而与苍太初次碰头时则很自然的询问苍太点的饮料好不好喝，自己也点同样的，再往后更是不再掩饰自己，公然到处找酒喝。可以看出梨乃和苍太年纪相近又有共同的目标，两人很快地就亲近了起来，而随着情节的推动两人感情又有了更进一步的发展。早濑与要介见面时的饮料则又透露出另一番特色，早濑刑警得知酒店休息室里贵得毫无道理的咖啡可以无限续杯后不再一点一点地啜饮并觉得咖啡变得更香了，这寥寥数语便让我们感觉到了两人身份地位的悬殊以及基层警员拮据的经济状况。

    再有一点就是梨乃与苍太两人间感情发展这条暗线。虽然读者也很期待苍太能够与初恋情人再续前缘，但作者无疑是更希望苍太与梨乃喜结良缘。从每次角色会面，独独苍太会很仔细地注意到梨乃的着装打扮，并逐渐地觉得梨乃的打扮越来越合身；到后来两人不约而同的决定重拾自己的梦想与信仰。我们能强烈地感受到作者对自己笔下这对聪明果敢的俊男靓女的喜爱。

    很自然地，小说中也流露出了东野对社会现状的一些态度。这一次东野再次塑造了一个身处低谷的奥运候补选手，不难发现东野希望众人能对这些努力的人们展现出更多的理解和宽容，而不是一味的责难。对于自己喜爱并支持的运动选手，希望人们在看到他们站在领奖台上接受荣誉的光辉时刻的同时，也去了解了解他们所经历的艰辛与苦楚。另外，关于日本的核能问题与警察制度问题，东野也透露出了对政府这种对民众隐瞒潜在危险的举措的不满。不过，借苍太在文末的话语，东野以一种很理性的方式表达了自己的不满，并相信着通过善良纯真的人们一代又一代不懈地努力，我们终将会迎来一个美好的明天！

  • 方法到底重不重要

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    这一年里读的书里，有两本对我造成的冲击极大，感触也深。有趣的是，若是搁在以前，这这两本书无论是从题目还是内容都属于我碰都不会碰的那类。书海无涯，的确需要抛去成见虚心探究。

    这两本书分别是《如何去读一本书》和《教授为什么没有告诉我》。前者讲述一些有关阅读的方法和技巧，后者则是关于论文写作，特别是社科人文类科技论文的写作技巧。

    以前之所以看不上这两本书，首先是因为书名不好。总觉得这类较口语话的书名没有什么深度。其次呢，我一直不愿意读这种实用类的讲述某某方法的书。潜意识里这类书都是纸上谈兵，没有真刀真枪的实践过，再怎么讲方法也是空谈。所以我之前一向主张各人有各人自己遇事处理的方法，并且都是在自己的实践中慢慢抽提出来的，是最适应自己的，没必要去学习别人的方法。现今再思索一番，不得不承认世人资质参差不齐，探究学习的方法也各有高低。掌握更好的方法，方能看到更远的风景。在这两点上，是自己过去目光短浅，太过有偏见了。

    当然，也不是说我们读了这些书就要照本宣科，战战兢兢地去按照书里列出的条目去阅读，去写作或是别的什么。我们谈方法，最终目的还是为了效率。若是为了执行方法反倒拖累了效率，就有些得不偿失了。我想在这里记录几点对如何自适应地发挥方法的功效的看法。

    1. 首要的一点，做任何事还是要有自己的思考在里面。这里的思考要实现两重，其一就是对所做事物的思考。任何高效快捷的方法其灵魂还是钉牢在用心二字上，用心就意味着专注的思考，这样的思考有助于发现事物中的本质规律，这是事半功倍的突破口。其二就是对方法的思考，前面说了世人资质不同，同样的方法在不同的人身上还是需要有不同的自适应。可能是删去些冗余，也可能是添加些自己的心得。总之，死板不得，能让自己最舒服的，才是最顺手的。
    2. 当我们确定了一定的方法以后，就需要严格的执行。我们在读实用类书籍的时候往往会觉得其中有好些内容我们早已明了，进而就疏忽了。殊不知这些我们似是熟知的地方恰恰是我们很少能做到的地方。典型的“灯下黑”。所以最好能将选定要去做方法明列在随时可见的地方，时刻提醒自己。先完完整整地来，再在执行的过程中慢慢地与之磨合，精炼这些方法。
    3. 精炼完了并不是万事大吉了。这些实用类书籍中确有一些瑰宝，就如我遇上的这两本。读完不禁让人感叹作者思绪之缜密，逻辑之严谨，方法之精到。这样的书值得我们反复去看，说不定某一些今日被视为冗余删去的方法来日又能帮你茅塞顿开。确是“路漫漫其修远兮，吾将上下而求索”。

    最近一些事压在心上，夜深了睡不着。翻起来写些感触，深为自己自大傲慢而羞赧，恐是遭人贻笑了。

  • 《情人》——渡边淳一笔下日本女性意识的崛起

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    作家往往会因为对某一特殊方面的描写叙述极具造诣而声名大噪，但同时这种单方面的盛誉也很容易引导读者不自觉地去单一地关注特定的点，而忽略了作品中的其他部分。就像一提到渡边淳一，很多人跃然脑海的便是他在情色文学方面极高的成就。当我们从《失乐园》读到《情人》，我们会发现，除了故事里男女主人公大胆叛逆、至纯至烈的情爱盛宴，渡边淳一带给我们的还有整个现代日本社会里女性意识苏醒与崛起的辽阔画面。

    在整个东方文明里，大和民族创建了其独具特色的日本文明。它在汲取中国和印度的一些文化精髓的同时树立了属于自己的文化标杆，并在近现代率先接纳西方先进技术的输入，快速的崛起成为东亚的一支强大力量。即便在战后，日本的经济依然实现了从迅速恢复到快速增长，再次成为经济强国。这个文明在成长的过程中展现出了极强的学习能力，但同时这种多元化的输入也造就了其本身极具矛盾的特点。正如露丝·本尼迪克特在《菊与刀》里写到的一样：

    日本人生性及其好斗而又非常温和；黩武而又爱美；居傲自尊而又柔弱善变；训服而又不愿受人摆布；忠贞而又易于叛变；勇敢而又懦怯；保守而又十分欢迎新的生活方式。他们十分介意别人对自己行为的观感，但当别人对其劣迹毫无所知时，又会被罪恶感所征服。他们的士兵受到彻底的训练，却又具有反抗性。

    那么。在这样的一种文化里，女性一直以来都是处于什么样的一种地位呢？这种女性地位在历史上又有没有过变化呢？借渡边淳一的作品，我们可以一窥现代日本社会里女性意识的觉醒。

    从历史上来看，日本女性的地位并不稳定，从漫长的母系社会到奈良时期十代八帝的统治，再至平安时期女性文学的辉煌，女性是收到尊崇的。[1]到了平安年代后期，武士在政治和经济领域内取得了统治地位，同时在中国儒家文化的影响下，日本文化中的男权主义最深处的丑恶在一些方面迅速蔓延，衍生出了艺伎文化、慰安妇文化等一系列剥夺女性人权的文化传统。虽然此时的日本女性相比于中国和印度女性来说依然享有更宽限的自由，在外不用遮面裹脚，在内也具有一定的掌管家庭经济的权力。但她们却开始丧失在政治、经济、文化各个方面的地位，逐渐地沦为男性的附庸。同时，由于日本文化中等级制度深入人心，上下等级之间不敢有丝毫的逾越，这些处于社会底层的女性开始渐渐地将这种意识深深融入脑海。从此，日本女性在社会要求与自身意识的双重压迫下痛苦挣扎，这种现象一直持续到近现代，至今依然在日本社会中留下深深的烙印。

    在结束了幕府统治的闭关锁国后，西方文明开始渗入这个岛上国度。中上层的女性开始接触新思想，逐步的开始对自己的社会地位进行思考，我们要说的故事也快要开始了……

    在《失乐园》里，渡边淳一花了大量的笔墨讲述了在日本相当著名的阿部定事件（其实整个故事架构都是从阿部定的故事改编的）。昭和十一年（1936），阿部定和吉臧这对情人为了追求终极快感，在交合中阿部定勒死了吉臧，而接下来阿部定为了彻底地占有她的情人便割下了其身体的一部分带在身边。而在《情人》中，我们有幸又看到了一个相似的故事（同时也是渡边淳一的作品《女优》中的主要内容），在大正时代（1912-1926，故事发生在1919年间），话剧明星松井须磨子爱上了有妻室的名导演岛林抱月。后来抱月得了恶性流感并引发肺炎，如果让他住院，松井须磨子怕被他老婆抢回去，所以就将抱月安排在自己的房间。最后，由于没有很好地治疗，抱月孤苦伶仃地死去了。如果当时住进医院，抱月也许不会死。但须磨子是绝不肯将抱月让给他老婆的。

    从这两个故事中，我们很惊喜地发现，作者并不是站在男性的立场上来讲述的。在这里女性不再是男性的拥趸，而是成功地占有了男人。在这里她们不仅仅是在捍卫着不被世俗认可的爱情，更是彰显着她们作为女性所应拥有的独立人格。这两起事件昭示着近现代日本女性意识崛起的开始，日本女性开始再次出现在日本的社会舞台上。而伴随着涌入日本的西方新式思想和国内爆发出的强烈的反战情绪，这两起事件成为了当时日本大众心目中追求真爱与人性的代表。舆论开始逐渐的倒向女性这一方。法庭对阿部定的最终判决和人们对须磨子的缅怀强有力地证明了这一点。

    但是，这注定将是个缓慢而悠长的过程。由于日本文化的特殊性已经日本等级制度的根深蒂固。人们对规矩死板地遵守以及“各得其所，各安其份”的文化教条使得许多革命性的变化很难像其他国家那样在一声炸雷之后迅速形成星星燎原之势。日本女性在那之后很大程度上依然按部就班的生活在男性的阴影下。在经历二战战败和房地产泡沫带来的打击后，伴随着整个国民精神的颓靡，日本女性也进入了一段低谷时期。

    抛开史实，渡边淳一在《失乐园》与《情人》中分别塑造了两个在低谷中前行的女性：凛子和修子。这两个故事发生在日本中上层阶级刚开始用上手机的年代，大约也就是上世纪九十年代初，刚经历过房地产泡沫危机的日本逐渐开始缓过一口气来。而在整个经济危机中，许多家庭妇女为了补贴家用开始外出工作，逐渐的成为社会的一份子。凛子与修子就是诞生在这样的背景之下，她们开始接受良好的教育，有了自己的工作和事业。与外界的充分接触使她们不再满足于单单做男人的附庸或被管制在家庭之中，她们开始渴望自由，渴望着向这个世界展示自己身而为人的高贵与美丽。同时她们拥有着相当的勇气去挑战整个男权社会。于是乎我们看到了一个勇敢对抗丈夫的冷暴力与虐待，在冷眼的社会中追求真正属于自己的情与爱的凛子；以及绝对尊重自己内心的自由，不被男权世界里的伪善道德所绑架的修子。她们因自己自立而毅然的性格而变得鲜活起来，她们已经不仅仅是一个文学符号，而是广大日本女性内心之中真正的渴望与向往。

    稍加可惜的是，经渡边淳一所描写的这四位女性都生在日本的中上阶级（阿部定随只是一位女招待，但她也是出身于富裕家庭，并且早年做高级妓女的经历也让她有机会接触到上层人物）。这些富足人家的子女很少会为生活所困，并且在接受教育与接触外来文化方面有着得天独厚的优势。这在下层社会中还是很难实现的，仅借助这两部小说我们很难窥探到整个日本社会中女性生活的全貌，但希望这些女性向往自由，探寻独立，追求爱情的精神依然延续。这也是我们这些依然残留着男权主义的国家里的女性所应该学习的，实现男女平等，不能仅仅等着男性去做，也要自己拿出勇气和追求来。

  • 《尼罗河上的惨案》中整理思绪的技巧

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    人们常说要读好书，多读些思想深邃的作品，但同时又说开卷有益，只要用心去读，不管什么书都能有所收获。想来这其中的奥秘应如叔本华所主张的：读书必须思考，读书不加思考，绝不会有心得，即使稍有印象，也浅薄而不生根，大抵在不就之后又会淡忘丧失。一些经典的书单中不乏许多史哲名著，固然对读者的教育意义非凡，但一味的总读这些读物也难免会觉得乏味，容易眼看心不看。偶尔读些休闲读物，使一直紧绷的神经松弛一会，也有助于后来再次发力。

    最近又读了遍阿婆的《尼罗河上的惨案》，依然被精巧的作案手法深深吸引。同时不得不感叹阿婆对于人物心理动态把握的功底之深厚，寥寥数语一个精明能干，风度翩翩的小胡子侦探波洛大叔便跃然眼前。相比于福尔摩斯机械般的精准和不食人间烟火的高冷，赫尔克里·波洛则显得更富有人情味，让人觉得倍加情切。

    对一名侦探来说，其根本任务就是解开迷雾，还原事件的真相，正如波洛大叔所说的：

    挖掘的时候，从地下挖出古物之前，必须先小心地清理掉那些附在它上面的东西。刮除松软的泥土，用刀子这刮刮那刮刮，直到你的目标显现出来。然后进行绘图或拍照，这样才不会受到其他东西的干扰。这就是我努力想去做的：清楚外表的杂质，以便发现真相——赤裸而闪亮的真相。

    其实不止探案是这样，我们日常中的许多困难若是能够理清条理，那解决起来必然事半功倍。当然……我们大多数人都没有侦探们如计算机那般逻辑清晰又过目不忘的大脑。这一次瑞斯上校为我们提出了一个可行的办法——把一切写在纸上。诚然，这个方法看起来普普通通、毫无亮点，但正当你执行起来以后，却会发挥出神奇的效果。这让我想起了《盗墓笔记》中吴邪一行被困云顶天宫时胖子使出的列举所有可能性的笨办法，看来在一些极限条件下这种列举法更有助于人们冷静的思考，从更全面的角度探究事物本身。

    来看看瑞斯上校是怎么做的：

    1. 事件简述
      • 时间
      • 地点
      • 人物
    2. 事件分析
      • 排除嫌疑的人
      • 具有动机的人及其动机与不利因素
      • 其他（一些暂未可知的可能性）
    3. 事件总结

    瑞斯上校详细的列出了整起案件的时间地点人物，以及各个人物的行为、可能的动机等，总的来说就是列举出了这起事件的所有可能性（当然，毕竟还是有些没考虑到的地方，不然波罗大叔就没事干了）。这样，剩下的工作就是在这些可能性中寻找冲突，排除不可能，最终找到答案。可能在一些简单的问题中，我们一眼就能发现关键所在，从而找出答案，但在我们茫然无措时，这不失为最高效的办法。

    我们可以模仿瑞斯上校这样来做：

    1. 事件简述：
      • 时间
      • 地点
      • 人物
      • 问题
    2. 事件分析：
      • 所有的可能性
      • 可以排除的可能性及排除原因
      • 剩余的可能性及可能的原因
    3. 事件总结

    笨办法自有笨办法的好处，说不定哪天就帮上忙了呢。

    P.S.
    阿婆在这部作品中对几位女士的感情让人觉得着实有趣，对遭遇惨案的琳内特大小姐并没有表达出过多的同情，反而将大量的同情和赞许倾注在了事件的策划者杰奎琳和罗布森两位穷小姐身上。的确，胆大心细富有创造力的杰奎琳有着无穷的魅力，可惜被爱情冲昏了头脑为贪婪的男友策划了这场惊天惨案，最后在波洛的默许下开枪自杀，想必这便是偏爱她的作者所能给她的最好的结局吧。而善良正直的罗布森小姐虽然出身贫穷，但并不为金钱所蒙蔽，最终违逆表姐嫁给贝纳斯医生而不是有着万贯家财却品行恶劣的弗格森。通过贝纳斯医生对其人格的赞扬可见作者对整个人物的偏爱，这可能正就是所谓的“衣敝温饱，与衣狐貉者立而不耻”吧。

  • 再谈阅读

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    最近读完了《如何阅读一本书》，之后总觉得还欠缺些什么，于是又重读了一边民国老版本的《怎样读书》。

    无疑，两本书都是极为经典的作品，可能前者更广为人知一些。这也许是因为国人普遍的对这类实用性的方法论作品较为不屑，尤其是有关读书方面，似乎读书就是中国人与生就懂的技能。因此国人有关如何读书的论述较少，愿意去读这类论述的更少一点。

    在《如何阅读一本书》中，有关读什么的讨论让人有醍醐灌顶之感。的确，这么些年月以来我很少考虑过有关哪些书值得读，哪些书该精读，哪些书又该放过的问题。以至于读书的过程变成了单纯的娱乐，除此之外鲜有提升。作者力荐我们应该多读一些史哲经典，在阅读这些思想深邃的作品的过程中提升自己的理解力，从而进一步去感知世界，理解人生，成长成为一个心智成熟的人。至于书中提到的阅读方法，就显得仁者见仁智者见智了。知乎上有人评论说这些内容于五年高考三年模拟中的现代文阅读技巧无差。这也不是说是贬低这本书，方法本应融会贯通，只是可惜我们很少将这些正确的方法用于考试之外。书中指出的具体的方法就不在这里简述，相信作者原本的阐述要比我的好上千万倍。读完整本书我最大的收获就是找明了读书时思考的方向:其一，读完每一本书后，我们都应该能明析这本书到底讲了些什么，最好能用自己的话说出来；其二要思考这本书于自己又有什么关系，自己从中得到了什么；其三，每每完全读完后，提出自己中肯的评价。若思考能完全覆盖这几点，便也算将一本书吃透个八九分了。

    《怎样读书》集合了民国时胡适，蔡元培等几大学者，教育家们所发表的关于他们本人的读书经验。虽说各篇的主题皆是围绕读书来谈，但内容展开却涉及到做人，明理等方方面面，篇篇皆是经典。这里仅提炼出一些《如何阅读一本书》中没涉及到的几点读书方法，来补充自己对这个问题的认识。首先是读书要剋期，也就是读书要限定时间来读。现代人生活节奏快，往往很少有能有一段较为完整的时间去阅读，每天能抽出一点时间读书就已经很不错了。这就更加要求我们应该剋期读书，明确规划读一本所应花费的时长，避免因战线拉的太长致使对阅读过的前文遗忘，甚至兴趣缺失。就如同我们背单词，没有明确规划的人今天翻开从第一页开始，过几天翻开还是第一页，鲜有进步。再一点读书范围要广，内容要博。这个乍一看似乎与大多数学者认为的读书要精要读好书有冲突，其实不然。读书范围广并不意味着乱读，而是有的放矢的选择一些涉及不同方向不同内容的读物，以期增加自己的知识面，拓展自己看问题的角度，逐步完善自己的人生观。

    总的看下来，无论是什么时代，来自哪里的先哲所归纳的读书方法都可以统筹为：好读书，读好书，勤读勤思，思学合一。其实我们读书并不一定非要列出多漂亮的大纲，最重要的还是要思学合一，才能真正的从书本中汲取营养。

  • 影视剧之我见

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    每次准备提笔写东西，心里面都惶惶的，毕竟肚子里墨水不多，总感觉写出来遭人遗笑。罢了，权当自己成长的见证吧，等耄耋以后看到这些稚嫩的文字也好追忆现今的年少痴狂。

    提起影视剧，其实我没什么资格来说，到现今为止，我完完整整看过的，也就只有一部《北平无战事》。大家都说好，我也很喜欢，可是仔细一想，又觉得自己根本不知道这部电视剧到底好在哪里。近日里又看了《欢乐颂》，看到一半觉得不好，就弃了。再一想却又不知道到底不好在哪里。真是让人脸红，恍恍惚惚的日子过地如行尸走肉一般。这两天翻出《武林外传》来看，真是一部经典。觉得自己也该思量思量这些影视剧带给我们的东西了。

    小时候父母不允许看电视，所接触不多的几步影视剧也都是偷偷摸摸看的。现在回想起来，比起里面的剧情，似乎背着父母看电视这件事本身要更加刺激一些。所以也没留下多少对影视剧本身的印象，甚至在潜移默化中觉得影视剧只不过是低级的无意义的消遣。这样的想法在我脑海里萦绕多年，这又是一件让人脸红的事。

    周众所知，影视剧是现今媒体流艺术的主力，每一部影视剧都是从导演到演员、摄影等的呕心沥血之作。我得因自己的无知向诸多的影视剧工作者道歉。一部好的影视剧就是一本好书，能让我们从中看到喜怒哀乐，人生百态。可是到底该怎么样去判定一部影视剧的好坏呢？（这里我们抛去演技和拍摄等专业评判标准，单从一个读者的角度来看影视剧的内容）我在鲁迅先生的文章里找到了一丝苗头，记在这里以供思考：

    文艺的大众化

    文艺本应该并非只有少数的优秀者才能够鉴赏，而是只有少数的先天的低能者所不能鉴赏的东西。
    倘若说，作品愈高，但知音愈少。那么，推论起来，谁也不懂的东西，就是世界上的绝作了。
    但读者也应该有相当的程度。首先是识字，其次是有普通的大体的知识，而思想和情感，也必须大抵达到相当的水平线。否则，和文艺既不能发生关系。若文艺设法俯就，就很容易流为迎合大众，媚悦大众。迎合和媚悦，是不会于大众有益的。——什么谓之“有益”，非在本问题范围之内，这里且不论。
    所以在现下的教育不平等的社会里，仍当有种种难易不同的文艺，以应各种程度的读者之需。不过应该多有为大众设想的作家，竭力来作浅显易解的作品，使大家能懂，爱看，以挤掉一些陈腐的劳什子。但那文字的程度，恐怕也只能到唱本那样。
    因为现在是使大众能鉴赏文艺的时代的准备，所以我想，只能如此。
    倘若此刻就要全部大众化，只是空谈。大多数人不识字，目下通行的白话文，也并非大家能懂的文章；语言又不统一，若用方言，许多字是写不出的，即使用别字代出，也只为一处地方人所懂，阅读范围反而收小了。
    总之，多作或一程度的大众化的文艺，也固然是现今的急务。若是大规模的设施，就必需政治之力的帮助，一条腿是走不成路的，许多动听的话，不过文人的聊以自慰罢了。
    鲁迅
    一九三零年三月

    现今来看，影视剧无疑已经成了大众文艺的中流砥柱。已经达到了鲁迅先生所说的“能懂，爱看”的标准。但鲁迅先生也让我们明白了，一部好的大众文艺作品，它所因处的标准是一个平衡点，是即要让大众能够接受、明晰又不能一味的迎合、媚悦大众的平衡点。往上就意味着作品可能会晦涩难懂，受众极少；往下却又使作品偏向低俗、缺乏意义。继往开来能经久不衰、流芳百世的影视剧实在太少，可见能够掌握这个平衡也的确不是件易事。

    再回头看看我看过的这三部影视剧。单从内容这方面来说，《北平无战事》这部作品偏上了点，受众较窄。记得爱奇艺之前做的调查中好像70%以上的观众都有着本科及以上学历；而《欢乐颂》呢，又稍稍偏下了点，剧中透露出的以金钱为标准以及带有出身论的价值观，以及霸道总裁式的爱情观都有些讨好观众的意味，有失偏颇了；对于《武林外传》我真的觉得很好，每位角色都塑造的恰到好处，每个人都有自己的小缺点但又不妨碍大家组成友爱团结的大家庭，每个故事都取自我们日常生活中的琐事，但放在荧幕上却有其乐无穷。到了最后，每每都能引人深思。

    希望能有更多能像《武林外传》这样优秀的影视剧在我们有限的时光中增添精彩。

    写起随笔来还是有些虎头蛇尾，每每写到结尾就心猿意马。道途险阻，还需勤加锻炼。

  • 读《岛上书店》

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    好像很少看畅销书，也许是因为一直在追求所谓的个性，不愿与大众同伍。

    这次却在手术前看完了《岛上书店》，探其根本，还是扉页上那句“每个人的生命中，都有最艰难的那一年，将人生变得美好而辽阔”吸引了我。可能是因为我也正值人生中的一个低谷，特别渴望能有一些激励性的文字以带来些许力量。只可惜无论是《解忧杂货店》还是《岛上书店》(近期看的两本书居然都发生在小镇的小店里，真是奇妙)都没能带来我所希冀的能量。一来是自己的苦楚很多时候只能有自己才来深切的体会到，在别人的视野里始终是隔着一层壁垒。就像我也无法体会A. J.的丧妻之痛一样；再者人生路漫漫，一路坎坷还是得靠自己的力量去爬摸滚打，强大始终还是源自自己的内心。

    依我愚见，《岛上书店》并没有十分抢眼的表现，在人物塑造方面似乎略显不足，除了主角A. J.外并没有什么性格鲜明的角色，甚至对玛雅这一至关重要的角色的描写也相对寡淡。不过本书的译名却极为精妙，一语道中贯穿全书的连锁——书。所有的事件都巧妙的与书挂钩在了一起。不得不佩服译者深厚的功底和对此书通透地理解。这么看来，《岛上书店》这个译名，比平淡的英文原名” The Storied Life of A. J. Fikry” 美丽了太多。

    总的来说，《岛上书店》故事情节平顺简单，没有过多的波澜起伏，对扉页上所说的“人生中最艰难的一年”也并未过多的倾墨。但整个故事仍有着种“小城故事多”般的温暖气息(虽然相比于《解忧杂货店》还略略欠缺了点)。整本书还是值得一读的，其中也不乏一些精妙的见解，值得日后重温时一一摘录。当然，就个人意见来说，书中每章以A. J.的书评写成的引子最为精妙，语言朴实无华却有感情饱满，同时见解独到。对于我要励志记录自己的读书笔记来说，实在是上好的教材。

  • 以何种姿态去阅读

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    猛然惊觉，落地二十余载，看过读过的书已不在少数，却鲜有能信手拈来的。更甚连书名都不能脱口而出，就不用再提主人翁的姓名籍贯了。有话说”你读过的书，经历过的事，等时间长了，那些细枝末节你都忘了，剩下来的，就成了你的素质。”用这话自我安慰了许久，今日忽觉得不该这么对书本不负责任了，该用各种姿态去阅读，是该好好思量思量了。

    碰巧亚马逊公众号上也出来了类似的文章，虽是出于营销，但理不歪，摘来两句先做引子：

    “凭借喜好读书，完全是零散的输入信息，无法形成有逻辑的知识体系。久而久之，看似读过很多内容，其实知识之间关联性很弱，当然无法忘记的快。 只是重视量的成就感，忽视了质的思考和沉淀，没有反思也不做笔记。其实，读了多少并不重要，输出了多少才重要。你需要不断调用已获得的知识及其关联，加深印象。”

    书读的多却记不下，主要还是归根于读书的态度不对，走马观花，单纯的追求故事并不曾思考。其实作者与读者之间也是一种战争，作者挖空心思的去吸引读者，去向读者灌输自己的思维意识。而在读者接受这一切的过程中若是缺乏思考，就会只得坠入情节的一时欢愉且变为人云亦云的混蛋。所以说，读书还是一种反洗脑的过程，要勤加思考，要去认同作者的对并挑出他的错。能在书中读出个对错的读者想必也就能和作者棋逢对手，也就能吃透该书的精髓了。

    再者，读书也要讲究投缘。若是缘法相左，再好的书拿在手里也会变得佶屈聱牙、晦涩难通。姑且觉得选书还是不要盲目追随什么经典书单，一股脑全买回来吃灰，犯了“买书如山倒，看书入抽丝”的毛病。先从手边的书看起，抽丝剥笋地去探究书的脉络，再根据这些脉络来选读相应的经典。此一来加深了对首书的理解，又拓宽了自己的视野，同时还保持了一定的兴趣，一石三鸟。如此读书，岂不美载。

    不量力地写了这么些，都是从自己的毛病中思忖而来。自断手以后，似惊觉不该将生活过的如以前那般匆匆。努力仍更需努力，但也要空出时间来好好品味品味艺术中的人生了，毕竟对着惨淡的人世，书本还是能给予以自己力量来支撑的。

Excerpt

  • 小鹤双拼学习

    ShuangPin, Excerpt  · 

    自己的打字速度一直不快，打字习惯也不好，从来都没能掌握标准指法，右手残缺后就更是困难了。

    之前一直想尝试一下双拼输入法来弥补一下自己在这方面的不足，但畏于学习成本较高又一直拖延，今次下定决心将所有设备的输入法都改为双拼，直接在实践中学习。

    比较了之后还是选择了小鹤双拼，似乎比其他几种相对简单一些，也没有分号等特殊符号的运用。

    早晨在手机上熟练了一下键位对应，有了大致的印象，但实际使用起来还颇为不惯。自己的拼音本来就不是很好，许多前后鼻音难以分清。看来前期的学习将颇为困难，但愿长期坚持下来后能有所提高，也能顺便矫正一下自己打字时的指法，弥补自己右手方面的缺陷。

    上述几行字耗费了近十分钟之久，但对个别字的输入明显感觉已经熟悉了起来。这个贴就专门用来摘抄练习吧。

    航空救国三愿

    现在各色的人们大喊着各种救国，好像大家突然爱国了似的。其实不然，本来就是这样，在这羊地救国的，不过现在喊了出来罢了。
    所以银行家说贮蓄救国，卖稿子的说文学救国，画画儿的说艺术救国，爱跳舞的说寓救国于娱乐之中，还有，据烟草公司说，则就是吸吸马占山将军牌香烟，也未始非救国之一道云。
    这各种救国，是像先前原已实行过来一样，此后也要实行过来一样，此后也要实行下去的，决不至于五分钟。
    只有航空救国较为别致，是应该刮目相看的，那将来也很难预测，原因在主张的人们自己大概不是飞行家。
    那么，我们不妨预先说出一点愿望来。 看过去年此时的上海报的人们恐怕还记得，苏州不是有一队飞机来打仗的么？后来别的都在中途“迷失”了，只剩下领队的洋烈士的那一架，双拳不敌于四手，终于给日本飞机打落，累得他母亲从美洲路远迢迢的跑来，痛哭一场，带几个花圈而去。听说广州也有一队出发的，闺秀们还将诗词绣在小衫上，赠战士以壮行色。然而，可惜的很，好像至今还没有到。
    所以我们应该在防空队成立之前，陈明两种愿望————
    一、路要认清，
    二、飞得要快。
    还有更要紧的一层，是我们正由“不抵抗”以至“长期抵抗”而入于的“心理抵抗”的时候，实际上恐怕一时未必和外国打仗，那时战士技痒了，而又苦于英雄无用武之地，不知道会不会炸弹倒落到手无寸铁的人民头上来的？
    所以还得战战兢兢的陈明一种愿望，是————
    莫杀人民！
    二月三日

    不通两种

    人们每当批评文章的时候，凡是国文教员式的人，大概是着眼于“通”或“不通”，《中学生》杂志上还为此设立了病院。然而做中国问其实是很不容易“通”的，高手入太史公司马迁，倘将他的文章推敲起来，无论从文字，文法，修辞的任何一种立场去看，都可以发见“不通”的处所。
    不过现在不说这些，要说的只是在笼统的一句“不通”之中，还可以由原因而分为几种。大概的说，就是：有作者本来还没有通的，也有本可以通的，而因了种种关系，不敢通，或不愿通的。
    例如去年十月三十一日《大晚报》的记载“江都清赋风潮”，在《乡民二度兴波作浪》这个巧妙地题目之下，述陈友亮之死云：

    “陈友亮见官方军警中，有携手枪之刘金发，竟敢夺刘之手枪，当被子弹出膛，饮弹而毙，警察队亦开空枪一排，乡民始后退……”
    “军警”上面不必加上“官方”二字之类的废话，这里也且不说。最古怪的是子弹竟被写得好像活物，会自己飞出膛来似的。但因此而累得上下文的“亦”字不通了。必须将上改作“当被击毙”，才妥。倘要保存上文，则将末两句改为“警察队空枪一齐发声，乡民始后退”，这才铢两悉称，和军警都毫无关系。——虽然文理总未免有点希奇。
    现在，这样的希奇文章，常常在刊物上出现。不过其实也并非作者的不通，大抵倒是恐怕“不准通”，因而先就“不敢通”了的缘故。头等聪明人不谈这些，就成了“为艺术的艺术”家；此等聪明人竭力用种种法，来粉饰这不通，就成了“民族主义文学”者，但两者都属于自己“不愿通”，即“不肯通”这一类里的。
    二月三日

    因此引起的通论

    “最通的”文艺

    王平陵
    鲁迅先生最近常常用何家干的笔名，在黎烈文主编的《申报》的《自由谈》，发表不到五百字的短文。好久不看见他老先生的文了，那种富于幽默性的讽刺味儿，在中国的作家之林，当然还没有人能超过鲁迅先生。不过，听说现在的鲁迅先生已跑到十字街头，站在革命的队伍里去了。那么，像他这种有闲阶级的幽默的作风，严格言之，实在不革命。我以为也应该转变一下才是！譬如：鲁迅先生不喜欢第三种人，讨厌民族主义的文艺，他尽可痛快地直说。何必要装腔作势，吞吞吐吐，打这么许多弯儿。在他最近所处的环境，自然是除了那些恭颂苏联德政地献词以外，便没有更通的文艺的。他认为第三种人不谈这些，是比较聪明的人；民族主义文艺者故意找出理由来文饰自己的不通，是比较次聪明的人。其言可谓尽深刻毒恶之能事，不过，现在最通的文艺，是不是仅有那些对苏联当局摇尾求媚的献词，不免还是疑问。如果先生们真是为着解放劳苦大众而呐喊，犹可说也；假使，仅仅是为着个人的出路，故意制造一块容易招摇的金子商标，以资号召而已。那么，我就看不出先生们的苦心孤行，比到被你们所不齿的第三种人，以及民族主义文艺者，究竟是高多少。
    其实，先生们个人的生活，由我看来，并不比到被你们痛骂的小资本作家更穷苦些。当然，鲁迅先生是例外，大多数的所谓革命作家，听说，常常在上海的大跳舞场，拉斐花园里，可以说遇见他们伴着娇美的爱侣，一面喝香槟，一面吃朱古力，兴高采烈地跳着狐步舞，倦舞意懒，乘着雪亮的汽车，奔赴预定的香巢，度他们真个销魂的生活。明天起来，写工人呵！斗争呵！之类的东西。拿去向书贾们所办的刊物换取稿费，到晚上，照样是生活在红绿的灯光下，沉醉着，欢唱着，热爱着。像这种优裕的生活，我不懂先生们还要叫什么苦，喊什么冤，你们的猫哭耗子的仁慈，是不是能博得劳苦大众的同情，也许，在先生们自己都不免是绝大的疑问吧！
    如果中国人不能从文化的本身上做一点基础的的工夫，就这样大家空喊一阵口号，糊闹一阵，我想，把世界上无论那种最新颖最时髦的东西拿到中国来，都是毫无用处。我们承认现在的苏俄，确实是有了他相当的成功，但，这不是偶然。他们从前所遗留下来的一部分文化的遗产，是多么丰富，我们回溯到十月革命以前的俄国文学，音乐，美术，哲学，科学，哪一件不是已经到达国际文化的水准。他们有了这些充实的根基，才能产生现在这些学有根蒂的领袖。我们仅仅渴慕人家的成功而不知道努力文化的根本建树，再等十年百年，乃至千年万年，中国还是这样，也许比现在更坏。<br...

  • 《旧制度与大革命》摘录

    Excerpt  · 

    我在读纸质书的时候喜欢用笔摘录，但由于自己手不方便，写字速度很慢，往往记着记着就烦躁起来。慢慢地也就越记越少了。现如今多半只是在书上划两道或者在kindle上看电子书。电子书固然方便，但需要翻阅个别章节片段时却又不胜繁琐。标记与书签功能可以一定程度上解决这个问题，不过整理与总结还是少不了的。

    所以今后每读完一本电子书，都应像今日这样整理一番。长久以来忽视了这点，许多书读完后也就读完了，没留下更多有意义的思考。

    这本书还在重读中，整理好全部标注后应再加上对应章节的题目，这点十分重要

    如果非要用一句话概括《旧制度与大革命》的政治观点，也许可以说，本书观点为：旧制度不好，大革命也不好。

    托克维尔眼中的法国大革命是个两败俱伤的局面：旧的封建制度腐朽不堪，但革命并不能带来预期的美好，而是使旧制度所包含的坏东西和好东西同归于尽。唯一的出路是渐进改良，非如此，不能走向真正的自由。

    1789年，法国人民凭借超乎其他民族的努力颠覆了自己的命运，把一道鸿沟横亘在过去和将来之间。为了避免把过去的东西带进新天地里，他们时刻保持警惕；为了使自己与父辈迥然不同，他们制定了许多制度来限制自己。总之，为了使自己的面貌焕然一新，他们可谓尽了全力。

    但在我看来，他们在这一独特的事业中所取得的成就，不但远远小于外人的想象，还远远小于他们自己的预期。我坚定地认为，他们已经不由自主地沿袭了许多旧事物，比如旧的感情、习俗和思想等。他们所发起的这场摧毁旧制度的大革命，所依靠的力量甚至也正是从这些旧事物中得来的；即便他们不情愿，他们也不得不利用旧制度的破砖碎瓦，不然他们就没有建造新社会这座大厦的材料。所以，无论是要透彻地了解法国大革命，还是要深入了解法国大革命的功绩，我们都必须去考察那已经被埋葬的旧法国，而不能只看如今的法国。我在这里所做的一切尝试，目的也就在于此。

    在第一阶段，法国人好像要把过去的一切都摧毁殆尽。到了第二阶段，法国人又想把那些已经被他们丢弃的东西复原。

    第一条真理是，有一种无名的力量在驱逐今天的所有人，它或轻柔或猛烈地推动人们行动起来，让人们去摧毁贵族制；人们虽然能令它加速或减速，却不能克服它。第二条真理是，那些不存在贵族或是无法让贵族继续存在的社会，恰好是世上所有社会中最难摆脱专制制度的社会。最后一条真理是，专制制度给无贵族社会带来的危害比给其他社会带来的危害都要大，因为专制制度在助长无贵族社会各种弊端方面的能力比任何其他政体都要强大，这么一来，就更能助长无贵族社会沿着原来的道路继续走下去。

    在无贵族社会，任何东西都充满变数，人们因为担心地位下降而惶惶不可终日，并为了升职而想尽一切办法。区分民众尊卑的主要标志，自然还是具有流动特性的金钱。金钱能够使个人处境变得更坏或更好；使家庭地位或升或降，所以人们都努力地攒钱或挣钱，甚至不惜为此牺牲生命。人们为了满足发财的欲望会不择手段，并对商业充满兴趣，还普遍追求物质利益。不知不觉之间，这种思想就在包括一文不名的阶级在内的所有阶级之间扩散，长此以往，整个民族都会因此而萎靡不振甚至被毁灭殆尽。出于其本质，专制制度不但支持这种思想，还助长了这种思想的势头。对专制制度来说，这种消极的思想也很有益处，它让民众不再关注公共事务，令民众一想到革命就浑身发抖。对这种思想来说，也只有专制制度才能保护和帮助它们，并使人们内心都充满贪婪。另外，当民众以卑鄙手段攫取钱财时，专制政府也听之任之。如果没有专制制度的影响，这种思想或许也会很强烈；而有了专制制度之后，这种思想无疑会夺得统治权。

    与此相反的就是自由。在无贵族社会中，能够革除该社会的各种弊端，并阻止该社会走下坡路的，只有自由！只有自由才能使民众由相互独立走向彼此靠近，消除由相互独立带来的孤立感，进而感到温暖并逐渐联合在一起。因为，在公共事务中，人们必须以理服人、相互理解，这样才能友善地共处。只有自由才能使民众不再崇拜金钱，不再忧心生活中的一些琐事，令人们时刻都觉得祖国就在身边并且是至高无上的。也只有自由，才能随时使人由消沉变得充满强烈的激情；

    令人不再整天想着如何发财，而是充满了伟大的事业心；令人充满创新意识；使人们有能力辨别什么是善，什么又是恶。 一场政变 莫泊桑

    任何一个历史事件，都不比法国大革命史更伟大、更久远、更出人预料。

    因为革命的起因在革命成功之际就会消失，革命本身也会因为成功而变得令人无法理解。

    攻击教会是法国大革命的早期措施之一。在法国大革命中产生了许多情绪，其中反宗教情绪是自始至终都存在的。在旧制度下，人们为了过安宁的生活，被迫忍受奴役，同时对宗教充满了反抗情绪；等到人们不再热爱自由时，人们对宗教的反抗情绪依然存在。在遏制法国大革命所追求的自由方面，拿破仑成功了；但在遏制人们的反基督教情绪时，拿破仑虽然用尽了全力，却仍然没有成功。直到今天，有些人还以为若是当初犯了绝对服从政府小吏这种过失，可以用冒犯上帝这种方法来改过自新。由于不相信上帝，这些人把大革命中最令人觉得自由、高贵和自豪的东西都丢弃了，但是竟然还以忠于大革命自居。

    第一部分讲的是一些创新或改良的观点，主要涉及社会地位、民事、政法法则等领域。例如，由于人类生而平等，所以要用人民主权取代种姓、阶级、职业等方面的特权，规定社会权力高于一切权力，统一规章制度……这些信条集法国大革命的原因和内容于一身，是法国大革命的主要业绩所在。从时间上看，法国大革命最持久，这也是这些信条的功绩。第二部分讲的是抵制教会。他们把教士、教会等级制，宗教机构、教义等都作为攻击对象，甚至还想连根除去教会的根基，以图彻底推翻教会。不过，由于第二部分是伴随着这场摧毁各种旧事物的革命而产生的，所以当各种旧事物被摧毁时，它也会随着大革命的胜利而慢慢消亡。我只需再补充一句话就能将我的意思表达清楚，因为那些重大问题我会在其他章节中详细论述。这个重大问题是，基督教会激起如此强烈的民愤，原因之一是基督教代表着一种政治制度而非单纯的宗教本身；原因之二是教士们成了地主、领主、什一税征收者、官吏的代表，而不是为了他们所宣扬的治理来世事务；原因之三是教会在旧社会中占据着享有各种特权的最高地位，而不是教会无力在新社会中占有一席之地。

    社会等级制度历史悠久，束缚人的所有机构和习俗也随之长期存在，而如今它们都被大革命摧毁了。民众看到这些，可能会以为大革命要把个别的乃至所有的社会秩序都摧毁，并且会摧毁政权本身而不仅仅是某个政府，并由此断定法国大革命具有无政府主义的根本特性。可是，在我看来，这些观点都没有抓住大革命的本质。 法国大革命的目的，是变革旧政府并废除旧社会结构。为了达到这个目的，它必须同时向现存的所有权力发起进攻，把一切公认势力都打垮，以新的风俗习惯取代各种传统习俗，把根深蒂固的顺从思想从民众的头脑中彻底清除。正因为如此，法国大革命才具有了无政府主义这一独特的根本特性。

    内战，也都少不了外国人的参与。各个民族都用新利益取代了旧利益，各种原则取代了领土问题。一切外交规章都混杂在一起，使政治家们在瞠目结舌的同时绞尽脑汁地去想应对之策。这种画面，正是欧洲在1789年后的真实写照。

    所以说，法国大革命虽然是一场政治革命，但它是以宗教革命的形式和外表进行的。分析其具体特点，你会发现它与宗教革命的相似之处——二者都通过预言和布道深入人民并传播深远。这场政治革命激发了人们传教的热情，使人们在实现国内革命之后又热情地向国外布道。

    宗教有一个令人司空见惯的特征，就是只注意人本身。至于国家法律、习俗和传统对人类的本性所施加的特殊影响，宗教根本不去考虑。宗教的宗旨，是协调人与上帝的总体关系以及人与人之间的一般权利和义务。

    法国大革命正是按照宗教革命方式开展的，区别只在于前者关注的是现世而后者关注来世。宗教在认识人时，认为人不受国家和时代的影响。法国大革命也像宗教革命一样抽象地看待公民，而不是用某个具体社会的个人来定义公民。法国大革命所要研究的，除了何为法国公民的特殊权利之外，还有何为人类在政治领域的普通义务和权利。

    法国大革命最令人钦佩的地方，并不在于它使用了种种手段或创立了许多思想，而在于它能够使众多民族都能有效地使用那些手段并轻易地接受那些思想。

    不过，有一个重点必须认真对待，那就是所有活动的事物都起源于王权这个与旧社会对立的新事物。不过，在特权和社会地位方面，这个王权完全不同于中世纪的王权，而且它还带有一种能够激发其他感情的精神——国家行政机构。这个王权是从地方权力的废墟之上建立起来并向四周延伸的，它渐渐地取代了由贵族统治的社会等级制度。

    如果撇开这些偶然事件不谈，只考虑大革命本身，人们就会清楚地看到这场革命具有以旧代新的成效，它将统治了欧洲大部分地区若干世纪的封建制度摧毁，重新建立了一个简单而又一致的社会秩序，使得民众拥有了平等的社会地位。

    确切来说，无论是旧社会中的贵族制和封建制的一切产物，还是其他与贵族制和封建制有关联的所有事物，以及那些稍微带有贵族制和封建制遗迹的事物，都是大革命摧毁的对象。

    这场革命的出现，提前终结了旧社会建筑即将面临的这种痉挛式痛苦，它开门见山、雷厉风行，什么也不顾虑就进行了的革新，突然之间就完成了旧社会建筑自身需要长期努力才能逐步成就的事业。这就是大革命的成就所在。

    大革命的目的，在于彻底摧毁中世纪残余制度，可是令人惊讶的是，这场革命的爆发地并不在保留最多中世纪制度、苛政最重的地方，反而在民众受旧制度折磨最轻的地方。事实上，正是因为法国受旧制度的桎梏并不太重，所以法国人才会觉得这种旧制度无法忍受。

    无论是过去还是现在，农民都极度热爱土地。一旦拥有了土地，农民身上的所有激情都能被点燃。当时，有一位优秀的观察者说：“土地的售价总是高于其价值。究其原因，无非是居民们都对地产主这一身份很感兴趣。法国下层人民的积蓄无论是贷给个人还是存为公积金，目的都是购置土地。”

    由此可见，那种认为法国地产的划分始于法国大革命的观点是错误的，正确的说法是，地产的划分比法国大革命要早得多。

    大革命的真正结果，并非地产的划分，而是暂时解放了土地。

    贵族的一切特权都变成了这样：政治权力已消失，只有财富权力被保留下来甚至激增了。

    法国也拥有同样的封建权利，可是它为什么却激起了法国人民的强烈仇恨，以至于这种仇恨在仇恨对象业已消亡之后还无法平息呢？究其原因，一是法国农民已经拥有了土地，二是法国农民已经不再受领主摆布。当然了，还包括其他原因，但是在我看来，上述两个原因才是最主要的。

    慢慢地，全民大会中的达官贵人数目就成倍地增长了，而工业行会的代表却越来越少甚至没有。

    哪怕是最专制的政府，也可以以某种民主的形式存在，并能不动声色地压迫民众。

    全国政府归一个具有王国中心地位的实体管理，几乎所有国内事务都是由一个大臣总管的，各省的大小事务都由一位官员监管，任何行政机构的行动都要事先获得许可，特别法庭运用特权审理一切涉及政府的案子并袒护政府官员。

    政府形式虽然多种多样，但是始终都具有独揽大权这一本能。

    由于身在巴黎，总监不可能亲自领导和洞察一切，于是各种审查手段就诞生了，其数目达上千种之多。数量庞大的书面文件、慢得出奇的行政程序，都令人非常惊讶。

    行政官员几乎全都来自资产阶级，都有着该阶级特有的精神、传统、道德、荣誉和自尊。它们是新社会里的贵族，已经形成而且充满了生机。只要法国大革命一暴发，它就有了立足之地。

    为了避免人们对政府官员进行恶意评论，哪怕人们攻击了维系社会的基本法则甚至上帝，政府也心甘情愿地容忍了。因为，在政府看来，那些基本法则和上帝都与自己无关。 政府对报纸可不会像对待书籍那样宽容。由于无法用蛮力将报纸取缔，政府只好想尽一切办法使报纸沦为它的工具。 上述问题都将旧制度的特点暴露无遗：条例强硬而又严肃，可是实行起来却松懈而又无力。

    本世纪初期，法国轻易地重建了中央集权制。对于这一点，我们丝毫不必惊讶。1789年，这座建筑曾经被壮士们推翻。可是，在这些摧毁者心中，这座建筑的根基却没有倒下，因此中央集权制才能突然东山再起并变得更加坚固。 巴黎在大革命之前，主要以交换、贸易、消费和娱乐为主；到了大革命之后，还拥有了工厂和制造业。与第一个事实相比，第二个事实更新鲜而且令人畏惧。

    旧君主制会在顷刻之间被毁灭，中央集权制和巴黎所拥有的极权确实占了很大一部分原因。第一场革命孕育了其他一切革命。而第一场革命的主要原因之一，也是中央集权制和巴黎所拥有的极权。

    英国这种政治自由，具备一种神奇的力量，它能使公民之间具有一种必要且相互依存的联系，但是不会让他们一直相同。独王统治则不同，它渐渐地使民众在彼此相似的同时变得更加孤立——这一现象也是独王统治的必然结果。 英国之所以与欧洲其他国家不同，原因并不在于它的国会、自由、公开性和陪审团，而在于某种更有效的特殊之物。在所有国家中，惟有英国真正摧毁了种姓制度，而不是将种姓制度乔装打扮一下就算了事。在英国，贵族从事的事务和选择的职业，都和平民一样。更值得一提的是，贵族和平民可以结婚。英国最大领主的女儿，即便是嫁给新贵族也不是什么不光彩的事。

    资产者和贵族，在越来越相似的同时，也变得越来越相互隔离。这两个方面不能相互抵消，并非一方变轻了之后另一方就变重了，而是一方在变重的同时往往也会加重另一方的负担。

    资产阶级无疑有权参与政府的活动，而且始终在政治议会中起着重要甚至至关重要的作用。在其他阶级看来，资产阶级越来越值得重视。

    贵族的这些特权可以由他们的后代世袭。贵族阶级不再成为权力阶级之时，就是贵族阶级变为种姓之时。 许多措施都把人和阶级相互区别开了。在这些措施之中，捐税不平等的危害最大，因为它容易使人们相互孤立。 无论哪项公共事务，几乎都会产生或产生于捐税。所以，当捐税不平等时，这两个阶级就没什么理由再在一起议事了。至于双方共同的需要和感情，自然也失去了依托。人们通过剥夺他们共同行事的机会和愿望，就这样轻易地把他们分开了。

    当时社会上庞杂的传统应该被新法则取代，这种法则应该是最基本的、最简单的，并且来源于理性和自然法则。...

  • 《情人》摘录

    Excerpt  · 

    《情人》

    旅路

    真佐子，她从大学毕业便一直渴望着快些成家，只是要求太高或者说缘分不到，至今独守闺房。像真佐子这样的可以称为结婚愿望派，三人当中，她可以说最具大家闺秀气质，长得漂亮，皮肤又白，如果能找到个好夫家，该是典型的贤妻良母型的。
    与真佐子相比，绘里皮肤稍稍黑一些，长长的脸型给人一种劳动妇女的感觉。现在带着一个五岁的男孩，去年离了婚，好在具有自食其力的能力，所以离婚后的日子也过得有滋有味。
    修子正处于两者中间，三十二岁了还不结婚，与一个有妻儿的男人远野厮守在一起。当然她并不能说不想结婚，如果有合适的人，有合适的机会，结婚也是可以考虑的。但是让她一本正经、匆匆忙忙地找男人，她又没有这般兴趣。一句话：结婚也好，单身也罢，她都无所谓。说她是结婚怀疑派，还不如说她是不拘形式的结婚派，或者应该说是自由派。

    浮桥

    “我可不是你想象的那样漂亮美丽、心地善良的女人哟。我有人们所具有的假面，在你看到的假面的背后，傲慢、猥琐、任性等毛病，我是应有尽有的呢。”

    阳光

    也许在白天的世界里，女人三十三岁还不结婚，便是不正常的了。过了四十岁，有了家庭有在外面拈花惹草的男人女人，就像那些失业的人们一样，是被排斥在社会之外的。即使自己本人承认了自己的生活，社会也不予承认。真佐子匆匆忙忙的订婚，公司里女职员年纪轻轻便心急火燎地找男朋友，也全都是怕被这个社会排斥在外呀！

    灯火

    “秋日如断绳的吊桶……”

    夜长

    是由于爱得太深才不惜使用暴力的，还是只有用暴力才能表现自己深深的爱？总之远野发疯似的成了一头失去控制的猛兽。
    起先修子还发火反抗，被强按在床上，修子全身还在剧烈地挣扎，长长的指甲还不顾一切地朝远野手上、脸上乱抓。可是，不知远野哪来的大力气，任修子怎么挣扎，丝毫也别想起到一点作用。
    人被朝天仰面地压在床上，两个乳房被抓的紧紧牢牢，修子一下真有要气绝过去的感觉。一下子脖子又被勒住了，脑子里便开始真空起来。
    痛苦万分之中，修子对远野的愤怒更加剧烈了。这不是爱，是彻彻底底的暴力兽行。女人不是抱一下就可以征服的，想用这种兽行来蒙混修子心里的厌恶，是办不到的。即使现在屈服于你的暴力，但将会使你迄今为止在修子身上所花的一切心思都化为泡影的。
    结果，修子还是屈服了，是屈服于远野的暴力，更确切地说是屈服于远野的那股气概。

    秋色

    把那些甘愿待在家里为丈夫孩子奉献自己的女人说成堕落，这是绘里的看法。可修子确认为这样的女人也是有着不少乐趣和充实感的。

    这两处细节描写尤为惊人，日本人的礼貌意识似乎已经贯穿到了生活中的每一个细节，丝毫的罅隙都不漏过。

    修子对着话筒深深地鞠了个躬，有慌忙补充道……

    修子于是又问了医院的地址，电话号码，最后又恭敬地鞠了个躬，挂了电话。

    远野也许不会叫妻子去，但丈夫住院，妻子陪伴左侧，这是天经地义的事。修子眼前浮现出远野妻子陪伴在病房里的情景。

    大地与天空，群山与平原，金秋的季节里一切都显得泾渭分明，一望无际的看过去，没有一样东西是模糊的。所谓清澄一定是指眼下的情景。

    小径坡度平缓，穿过枫叶丛林，溪水也宽敞了些，小径也变成了一条道路。也许是靠着山的缘故，枫叶已经开始谢落了，盖在枯枝上面的枫叶将溪水也映得红红的了。还有那道路上、小溪周围的石头上、羊齿草丛中、杉苔上，到处都覆盖着片片的枫叶。

    斜阳

    …

  • 《美妙新世界》摘录

    Excerpt  · 

    《美妙新世界》

    前言

    所有的道德家都一致认为，耽溺于悔恨是最不可取的情绪，做错了事就应该认错，努力加以补救，勉励自己以后好好干，千万别老是为错误难过。在烂泥里翻滚并不是清洁身体的最好办法。

    人类被给予的自由意志不过是让他们在混沌和疯狂之间进行选择。我觉得这念头很有趣，而且很可能是事实。不过为了戏剧效果，我让野蛮人说出的话比他受到的宗教培养所能容许的要清醒得多。培养他的是一些一般怀着生殖力崇拜，一般信仰酷烈的苦修的教徒。

    还是回到未来吧……我如果要重新写这本书，我会给野蛮人第三个选择：在他那乌托邦与原始生活的两难选择之外再给他一个可能性：清醒——这个可能性在一定程度上已经实现，就在一个由某些从“美妙的新世界”中流放出来和逃亡出来的人组成的社会里，地点在保留地附近。在这个社会里，经济是亨利·乔治式的分散经济，政治是克鲁泡特金的合作式政治，科学和技术像安息日一样是为人设置的，而不是让人去适应它、受它奴役的（我们现在正是这样，而在“美妙的新世界”里尤其严重。在那个社会里，宗教是对人类终极问题的自觉的、理性的追求，是对遍及宇宙万物的“道”、“理体”、高超的“神性”或是“梵天”的统摄全局的知识的追求。生活的压倒性的哲学应该是一种高级的功利主义，其中最大快乐原则须从属于终极目的原则——在生活的每一次偶发事件面前需要提出而且回答的问题是：“这种思想或行为对于我——或尽可能多的人——追求人类的终极目标能作什么贡献？产生什么干扰？”

    第八章

    那些奇怪的话在他心里翻腾，犹如滚滚雷霆说的话；犹如夏令的舞会上的大鼓敲击声——若是鼓声也能表达意思的话；犹如唱玉米之歌的男声，很美，很美，美得叫你想哭；犹如老米季马摇晃着羽翎、雕花手杖和石头、骨头物件时所念的咒语——佳特拉、其录、喜洛亏、喜洛亏、凄哀、喜卢、喜卢、其托——但比那咒语更好，因为它有更多的意思，因为那是说给他听的。说得好极了，而且叫人听的似懂非懂，那是一种美丽得慑人的咒语，是关于琳达，关于琳达躺在那打呼噜，床前地上摆着空杯子的。是关于琳达与波培，琳达与波培的。

  • 《怎样读书》摘录

    Excerpt  · 

    #《怎样读书》

    我们既然肯定了读书的价值，那么，读书的方法怎样呢？这确是一个麻烦了无数青年的问题。同样一本书，懂得方法的人读了，可以获得知识，应付环境，反之，不懂方法的人读了却一无所得，反博得“书呆子”的绰号。不但如此，譬如一本性质严正的读物，怎样的去读，才能抹去生硬的印象，而易于消化？又如同一本描写社会丑恶的小说，怎样读了，可不致被书中某一些刻画罪恶的句子所诱惑；而获取其中的正义？凡此都是“怎样读书”的问题。——编者按

    我们平常所吸收进来的思想，无论是听来的，或者是看来的，不过在脑子里有一点好或坏的模糊的而又零碎的东西罢了。倘若费一番功夫，把它删除的删除，整理的整理，综合起来的做成笔记，然后那经过整理和综合的思想，就永远留在脑中，于是这思想，就属于自己的了。—— 胡适之

    我们应该多读书，无论什么书都读，往往一本极为平常的书中，埋伏着一个很大的暗示。书即是读得多，则参考资料多，看一本书就有许多暗示从书外来。用一句话包括起来，就是王安石所谓“致其知而后读”。—— 胡适之

    圆满的生活，到底又是什么呢？一班阔佬，洋房。汽车，什么都有，衣食住，是非常舒服，在普通人看起来，总以为这就是圆满生活了。但是就客观上讲，他的行为，是往往夺人之利以为己利，算得有益于人群么？所以圆满的生活，绝不是在物质上的享受，而是在精神上的发展。
    孔子说：“食无求饱，居无求安”又说：“士志于道，而耻恶衣食者，未足与议也”他老先生的话，大概是不会错吧！他是一向赞美“衣敝温饱，与衣狐貉者立而不耻”的子路，“箪食瓢饮不改其乐”的颜渊，那么，他的用意，也就可以推知了。——江问渔

  • 《蒙田随笔》摘录

    Excerpt  · 

    蒙田随笔

    《论懒散》

    思想也是如此，如果不让思想集中在某一件事物上，不加指引无所约束，就会漫无目的地迷失在幻象的旷野中。

    《我们做的事要从意图去评判》

    我们做的事要从意图去评判，我们无法超越自己的能力与手段去遵守诺言。在这方面，结果与做法完全不为我们所掌控时，我们所掌控的就只有自己的意志了。人的一切责任与规则也就有必要建立在意志上。

    《论预言》

    乐于享受现在的灵魂

    决不会为今后操心 ——贺拉斯

    当人在社会动乱中遇上厄运，必然会走向迷信，向老天和前世去寻求他们不幸的原因。

Translation

  • Python处理PDF文件

    Python, pyPDF, Translation  · 

    最近看到一篇介绍Python中pyPDF模块的文章，详细介绍了使用pyPDF模块获取PDF文件信息，合并拆分PDF文件等功能。很方便，在此搬运分享以下：

    How to Work With a PDF in Python

    全文介绍了以下几方面的功能

    • 提取文件信息
    • 旋转页面
    • 合并文件
    • 拆分文件
    • 添加水印
    • 加密文件

    这里我主要尝试了前几个功能的实现，添加水印与加密文件不是很用得上就不再详细尝试了。

    pyPdf，PyPDF2以及PyPDF4的发展历程

    最初的pyPdf模块发布与2005年，但并不支持Python3。PyPDF2目前也基本停用，最新版本的PyPDF4支持PyPDF2的大多数功能，但也有部分功能不兼容。原文中使用的是PyPDF2模块，此处我改用最新的PyPDF4进行尝试。

    安装

    如果你已经安装了Anaconda，可以使用pip或者conda直接安装： pip install PyPDF4

    功能实现

    提取PDF文件信息

    我们可以通过PdfFileReader来实现对以下信息的提取：

    • 作者
    • 创建者
    • 生产商
    • 主题
    • 题目
    • 页数

    代码如下：

    from PyPDF4 import PdfFileReader，PdfFileWriter def extract_information(pdf_path): with open(pdf_path,'rb') as f: pdf=PdfFileReader(f)...

  • CGenFF产生小分子Charmm力场拓扑文件

    Translation, Molecular Simulation  · 

    CGenFF网站现已提供python3版本的charmm2gmx脚本，下载链接如下：

    cgenff_charmm2gmx_py3.py

    ——2019.10.16. 更新——

    CGenFF程序可以直接生成Charmm力场的分子拓扑文件，但使用较为复杂，特此记录一下。

    CGenFF 网站
    CGenFF FAQ

    使用流程

    制作CGenFF专属.str文件

    制作.mol2格式的坐标文件，氢原子也包含在内。不推荐使用MS软件，其产生的.mol2文件在程序中会出现警告。GView产生的.mol2文件需删除两个空行，必要的话可以进行sed -i 's/Ar/ar' *.mol2修改大小写。其他软件详见FAQ。

    在CGenFF网站上传.mol2文件，此处有三个复选框：

    • Guess bond orders from connectivity
    • Include parameters that are already in CGenFF
    • Use CGenFF legacy v1.0

    一般情况下都不用选。选项意义如字面所言。选项一重新判断键价，有一定概率出错，如果时用于其他软件的拓扑，不用选择。选项二会将原力场中已包含的信息一并列出，在后续格式转换的过程中可能会出现重复。

    .str文件中会有一个penalty值，该值小于10表明结果较好，在10到50之间则说明需要进行一定的验证，大于50则需要更广泛的验证。

    <h3…

  • 分子模拟中的Cluster Analysis浅析

    Translation, Molecular Simulation  · 

    Cluster Analysis在分子动力学模拟中是一个很常见的概念，但是Cluster这个词的意义很模糊。最开始接触到这个概念的时候以为这是一种分析体系中形成的聚集体数目的方法，后来逐渐发现Cluster Analysis最本初的意思是对动力学模拟产生的构象轨迹进行归类和统计。当然，在配合其他工具的前提下，也能够用来统计聚集体数目。

    Shao等人在一篇介绍Cluster Analysis相关算法的论文中写道：

    This sequence of datas the “MD trajectory”-fully specifies the history of the atomic motions in terms of a sequential time-dependent set of molecular configurations from the MD simulation and the larger set of derived properties calculated from the MD trajectory (such as energies, bond lengths, and angle distributions). These data not only provide...

  • CPPTRAJ聚类/团簇分析教程

    Translation, Molecular Simulation  · 

    by Daniel R. Rose
    原文地址

    从分子动力学模拟中确定结构布居(structure populations)的一种方法是聚类/团簇分析。聚类/团簇是指将部分具有相似性的数据点从其他数据中区分出来的一个集合。在分子模拟的背景下，这意味着将相似的构象分组在一起。其间的相似性由一个距离标准来度量——距离越小，结构越相似。 一种常用的距离度量便是基于坐标的RMSD。

    值得注意的是，并没有一种所谓“正确”的方法来进行聚类/团簇分析。有许多不同的算法和距离度量可用，并且不同的组合对于某些系统有更好的适应性。聚类/团簇分析往往需要不断地试错才能获得满意的结果。本教程只是聚类/团簇分析的一个示例。 如需更深入地讨论MD轨迹的聚类/团簇分析，可以阅读Shao等人的论文Shao et al.。

    在此示例中，我们将使用CPPTRAJ进行聚类/团簇分析和组合聚类/团簇分析（作为查明是否收敛的方法）。CPPTRAJ支持多种聚类/团簇算法，距离度量，聚类/团簇度量和输出选项。该实施例将使用多维副本交换动力学（MREMD，24×Temperture，8×aMD）产生的四核苷酸rGACC的轨迹。尽管轨迹最初是使用显式的TIP3P水模型生成的，但为了减小轨迹的大小，这里我们将去除溶剂分子。 该数据和分析由Roe等人发表。 Roe et al., J. Phys. Chem. B, 2014, 118(13), pp 2543-3552.

    文件

  • GMX中的墙与冻结组设置

    Translation, Molecular Simulation  · 

    GROMACS分子动力学模拟计算过程中，常需设置二维的周期化条件与冻结组，下面简要介绍一下这两种设置的实现与注意事项：

    二维周期化条件通常是配合wall的设置来实现的，Gromacs5.0之前的版本中在处理这部分时有些许问题，推荐使用5.0之后的版本。需要注意的是使用两面wall时还需要配合ewald_geometry=3dc的条件。wall的设置在mdp文件中实现，主要的几个选项设置与意义如下：

    pbc = xy

    nwall
    默认为0。1代表在z=0处有一个wall。2代表z=0和z=z_box处各有一个wall。设为2时，可用压力耦合和Ewald加和法（通常最好使用semiisotropic压力耦合，并把x/y压缩系数设为0，否则表面积会发生变化）。walls通过wall_atomtype选项与系数与系统其它部分作用。对于nwall=2，能量组wall0和wall1被自动添加以监督能量组与各个wall之间的相互作用。在z方向上的质心移动将关闭。

    wall-atomtype:
    每面墙在力场中的原子类型名称. 通过(例如)在拓扑文件中定义一个特殊的墙原子类型及其组合规则, 可以独立地调整每个原子类型和墙的相互作用. （此处输入原子类型个数对应nwall，e.g. nwall = 2; wall-atomtype = opls_136 opls_136）

    wall-type:
    9-3 对墙后体积进行积分的LJ势: 9–3势
    10-4
    对墙面进行积分的LJ势: 10–4势
    12-6
    直接的LJ势, 由与墙的Z距离决定
    table
    用户定义的势, 根据与墙的Z距离进行索引, 以类似于energygrp-table的选项读入, 其中的第一个名称为“正常”能量组, 第二名称为wall0或wall1, 只使用表中的色散和排斥列.

    wall-r-linpot: –1 [nm]
    ...

  • 分子模拟中的LINCS/SHAKE警告及应对

    Translation, Molecular Simulation  · 

    我们使用GROMACS进行分子动力学模拟时常常会遇到LINCS warning这样的警告，过多的警告会导致体系崩溃，程序运行异常。出现LINCS warning往往以为着初始体系构型不够合理，体系在模拟过程中出现了异常键。对于这种情况的应对方法，GROMACS官网上其实已有了详细的介绍，在这里翻译一下，供大家参考。

    原文地址

    “Blowing Up” 是一个用于表述模拟失败的相当专业的术语。简要的说，它描述了一个由于产生了极大的作用力并最终导致积分运算失败的典型错误。

    稍微展开一下背景，我们必须清楚分子动力学的基本原理是在非常短的时间间隔对牛顿运动方程进行积分，并借助这个时间间隔从粒子前一时间步的速度、位置、受力来确定下一时间步的速度和位置。如果在一个时间步中作用力变得很大，这将导致粒子在到达下一时间步时会在速度/位置上产生极大的变化。这将激发一连串致命的错误：一个原子在某一时间步中受到了很大的作用力，而在下一步中它可能失控并击穿整个体系，最终停在超出它应处于的范围或与其他原子重合的位置。这又使下一时间步中也产生了极大的作用力，失控的动量将延续下去。最终，这将导致模拟程序在某些方面崩溃，因为它没法处理这种情况。在进行了约束的模拟中，这个问题最初的征兆通常就是出现一些LINCS或者SHAKE警告或错误——这并不是因为这些约束导致了错误，而是因为它们最先受到影响而崩溃。类似的，在模拟中使用区域分解时，你可能会看到类似“粒子处于其电荷组区域分解区外超一个区长度”的信息，这也是你的体系潜在问题的征兆，而不是DD算法的问题。还有有关成平面化或1-4相互作用在列表支持的范围外的一些警告也是同样的。由于这些计算不同计算机系统间不具有数值再现性，一台计算机中出现的问题可能在另外的计算机中却会获得稳定的体系。

    导致这种问题的可能性有：

    • 能量最小化不彻底；
    • 初始构型不合理，可能有空间冲突；
    • 采用了过大的时间不长（尤其是在使用约束的时候）；
    • 在计算粒子插入自由能时没有使用软核；
    • 使用了不正确的压力耦合算法（例如：在还没有平衡的时候，Berendsen能够很好地松弛体积，但接下来就需要选择更高精度的压力耦合算法了）；
    • 使用了不正确的温度耦合算法，或许用在了不正确的组上；
    • 对粒子坐标进行的位置限制与当下体系中的坐标差别太大；
    • 体系内某处有一水分子与其他水分子独立开来了；
    • 遇到了mdrun中的bug；

    Blowing up是由于特定的时间步长下作用力过大导致的，最基本的解决方法有一下两种：

    1. 确保作用力不会过大；
    2. 使用更小的时间步长；

    如果问题出现在模拟的开始阶段，更好的体系准备工作将有助于第一条。接下来我们谈谈有关体系准备工作的问题：

    诊断一个不稳定的体系

    对一个blowing up的体系进行错误排查是一项极具挑战性的工作，尤其是对那些分子模拟的萌新们来说。当遇到这种情况是，以下几点建议通常会有所帮助：

    1. 如果程序崩溃发生的相当早（几步之内），设置nstxout（或nstxtcout)为1，收集所有可能的帧。观察结果轨迹去排查是哪个原子/残基/分子首先变得不稳定；
    2. 将体系逐渐简化来寻找原因：
      • 如果你模拟的是一个溶剂构成的盒子，试着再加入前先将单个溶剂分子进行能量最小化以及模拟，去观察体系的不稳定性是否是由分子拓扑的内在问题引起的，或者在初始构型中分子位置是否有冲突；
      • 如果你模拟的是蛋白质-配体体系，试着将蛋白质单独放置在所需溶剂中进行模拟。如果蛋白质是稳定的，将配体分子放在真空中单独模拟，观察它的拓扑是否提供了稳定的构型，能量等；
      • 删除设定的算法(LINCS/SHAKE)，尤其是没有达到彻底的平衡的时候；
        • ...

  • 双层膜体系的分子模拟

    Translation, Molecular Simulation  · 

    双层膜体系模型的构建

    对于双层膜这种较复杂的体系，使用GROMACS中自带的简单工具构建较为繁琐。因此选取Packmol用来构建双层膜部分，同时利用GROMACS中的gmx solvate命令来向体系中加入溶剂，这样组合使用能大大节省构建时间。

    我的体系的双层膜部分的Packmol输入文件如下，没有很复杂，基本与Packmol官方教程一致。但是应注意resnumbers选项的添加，否则生成的结构文件中分子序号将会不连续。

    # # construction of SDS-C16-CHOL-SOL system # tolerance 2.0 filetype pdb output C16DS-CHOL128.pdb structure SDS-C16min.pdb number 64 resnumbers 2 inside box 0. 0. 0. 60. 60. 20. atoms 1 45 over plane 0. 0. 1. 16. end atoms atoms 17 below plane 0. 0. 1. 3 end atoms atoms 64 below...

Molecular Simulation

  • Python-Matplotlib做gmx_MMPBSA计算结果展示

    Python, Numpy, Matplotlib, Pandas, Molecular Simulation  · 

    学习使用GROMACS已经很久了，但是一直停留在很初级的应用上面，对高级技巧并不了解。就连做生物体系几乎必做的MMPBSA分析都没有尝试过。乘着这个假期了解了一下MMPBSA，才知道这个计算方法不仅仅是用于蛋白质-配体体系的结合自由能计算，对于任何一个二聚体都是可以的。另外，Jerkwin老师已经发展出了比之前常用的GMXMMPBSA与g_mmpbsa两种脚本/程序更加简单易用的计算脚本——gmx_mmpbsa。gmx_mmpbsa不但没有GROMACS与APBS程序的版本要求，还可以一步运行获得所有结果，大大降低了MMPBSA的学习成本。

    Jerkwin老师的博客中有详尽的使用说明以及与其他两种方法计算结果的比对，另外，gmx_mmpbsa脚本的最新版本也在可以他的github库中找到。

    gmx_mmpbsa使用前需安装GRMOMACS与APBS，脚本会自动调用这两个程序进行计算。Ubuntu环境下APBS可以使用sudo apt install apbs直接进行安装。在修改脚本内的变量内容时，如果GROMACS与APBS都已添加进了环境变量，则可简写为：gmx='gmx'以及apbs='apbs'。

    脚本运行过程中如果出现某些awk函数未定义的错误，那么还需要安装一下gawk，使用sudo apt install gawk即可。

    计算完成后会生成一系列不同结果的文档，这里编写了一个python脚本来进行绘图，顺便复习了一下Pandas与Matplotlib的使用方法。其中有关饼状图的修饰来自于Lemonbit的知乎专栏文章。

    # This script is design to plot the mmpbsa calculate results # from Jerkwin's gmx_mmpbsa script # Author: Lewisbase # Date: 2020.02.29 import numpy as np import pandas as pd...

  • Packmol安装时make过程的错误

    Molecular Simulation  · 

    Packmol是分子模拟中最常用的搭建初始构型的软件。轻便、快捷的特性使其在诸多建模软件中脱颖而出。不过近日在Win10的Linux子系统中安装Packmol时遇到了之前从未遇到的报错。因为自己对Fortran一窍不通，此处先把错误与解决方法记录一下，方便日后研究。

    按照标准的安装流程：解压，./configure，make。但是在make过程中报错，错误信息如下：

    random.f90:32:23: call random_seed(put=seed) 1 Error: Size of ‘put’ argument of ‘random_seed’ intrinsic at (1) too small (12/33) Makefile:182: recipe for target 'random.o' failed make: *** [random.o] Error 1

    额…似乎是随机数种子的问题，上网搜索了一下，在StackOverflow上找到一个回答。原来在Fortran中put的值要大于等于size，答主还提供了一段检测系统size的程序：

    program seed_test implicit none integer n n...

  • GMX中常见小错误汇总

    Molecular Simulation  · 

    长期更新

    2018.10.29

    Q: gmx genion命令：往溶剂中添加离子时报错：”No line with moleculetype SOL found the [ molecules ] section of file “topol.top”

    A: 首先检查拓扑文件是否正确，如果在拓扑没有问题的情况下依然报错，往往可能是由于拓扑文件在Windows系统下处理过，行尾标记有问题。用dos2unix工具处理一下拓扑文件即可。

    2018.11.20

    Q: 到底是什么错误导致了LINCS Warning？

    A: 导致LINCS Warning的错误种类很多，导致这个问题比较难排查。但本质上是由于构型不合理导致的。具体可以参看有关这篇译文。今日又发现一个导致LINCS Warning的错误：体系盒子太小！当模拟体系的盒子太小时，会导致mdrun过程中区域分解不合理，引发LINCS Warning。

    2018.12.20

    Q: 伞形抽样结果产生的histogram文件中只有一个峰？

    A: 伞形抽样过程中挑选了几个窗口就会在histogram文件中产生几个峰，不过在用xmgrace查看图形时应使用xmgrace -nxy histo.xvg读取多列数据。

    2019.07.11

    Q: 使用虚原子时报错atom XX (Res XXX) has mass 0 (state A) / 0 (state B)。

    A:...

  • CGenFF产生小分子Charmm力场拓扑文件

    Translation, Molecular Simulation  · 

    CGenFF网站现已提供python3版本的charmm2gmx脚本，下载链接如下：

    cgenff_charmm2gmx_py3.py

    ——2019.10.16. 更新——

    CGenFF程序可以直接生成Charmm力场的分子拓扑文件，但使用较为复杂，特此记录一下。

    CGenFF 网站
    CGenFF FAQ

    使用流程

    制作CGenFF专属.str文件

    制作.mol2格式的坐标文件，氢原子也包含在内。不推荐使用MS软件，其产生的.mol2文件在程序中会出现警告。GView产生的.mol2文件需删除两个空行，必要的话可以进行sed -i 's/Ar/ar' *.mol2修改大小写。其他软件详见FAQ。

    在CGenFF网站上传.mol2文件，此处有三个复选框：

    • Guess bond orders from connectivity
    • Include parameters that are already in CGenFF
    • Use CGenFF legacy v1.0

    一般情况下都不用选。选项意义如字面所言。选项一重新判断键价，有一定概率出错，如果时用于其他软件的拓扑，不用选择。选项二会将原力场中已包含的信息一并列出，在后续格式转换的过程中可能会出现重复。

    .str文件中会有一个penalty值，该值小于10表明结果较好，在10到50之间则说明需要进行一定的验证，大于50则需要更广泛的验证。

    <h3…

  • 分子模拟中的Cluster Analysis浅析

    Translation, Molecular Simulation  · 

    Cluster Analysis在分子动力学模拟中是一个很常见的概念，但是Cluster这个词的意义很模糊。最开始接触到这个概念的时候以为这是一种分析体系中形成的聚集体数目的方法，后来逐渐发现Cluster Analysis最本初的意思是对动力学模拟产生的构象轨迹进行归类和统计。当然，在配合其他工具的前提下，也能够用来统计聚集体数目。

    Shao等人在一篇介绍Cluster Analysis相关算法的论文中写道：

    This sequence of datas the “MD trajectory”-fully specifies the history of the atomic motions in terms of a sequential time-dependent set of molecular configurations from the MD simulation and the larger set of derived properties calculated from the MD trajectory (such as energies, bond lengths, and angle distributions). These data not only provide...

  • CPPTRAJ聚类/团簇分析教程

    Translation, Molecular Simulation  · 

    by Daniel R. Rose
    原文地址

    从分子动力学模拟中确定结构布居(structure populations)的一种方法是聚类/团簇分析。聚类/团簇是指将部分具有相似性的数据点从其他数据中区分出来的一个集合。在分子模拟的背景下，这意味着将相似的构象分组在一起。其间的相似性由一个距离标准来度量——距离越小，结构越相似。 一种常用的距离度量便是基于坐标的RMSD。

    值得注意的是，并没有一种所谓“正确”的方法来进行聚类/团簇分析。有许多不同的算法和距离度量可用，并且不同的组合对于某些系统有更好的适应性。聚类/团簇分析往往需要不断地试错才能获得满意的结果。本教程只是聚类/团簇分析的一个示例。 如需更深入地讨论MD轨迹的聚类/团簇分析，可以阅读Shao等人的论文Shao et al.。

    在此示例中，我们将使用CPPTRAJ进行聚类/团簇分析和组合聚类/团簇分析（作为查明是否收敛的方法）。CPPTRAJ支持多种聚类/团簇算法，距离度量，聚类/团簇度量和输出选项。该实施例将使用多维副本交换动力学（MREMD，24×Temperture，8×aMD）产生的四核苷酸rGACC的轨迹。尽管轨迹最初是使用显式的TIP3P水模型生成的，但为了减小轨迹的大小，这里我们将去除溶剂分子。 该数据和分析由Roe等人发表。 Roe et al., J. Phys. Chem. B, 2014, 118(13), pp 2543-3552.

    文件

  • 一道分子模拟练习题

    C++, Molecular Simulation  · 

    最近帮人做的分子模拟练习作业，一个简单的C++程序，题目如下：

    1、构筑一个100x100的二维方格，随机挑选一半格点置为0，其余格点置为1。如果相邻的两个格点的赋值均为1，则有相互作用能e/kT=0.3，否则相互作用能为0，如果一个格点处于盒子边缘，则令它与盒子壁面的相互作用能为e/kT=0.15 。系统总的能量为所有相邻格点相互作用能之和。如此产生10000个样本，统计系统总能量的平均值和方差。
    2、在上题中，产生初始样本并统计出系统总能量后，我们也可以用下面的方法产生新样本：在盒子中随机挑选两个格点，如果它们的赋值不同，则交换它们的赋值，即将赋值为1的格点置为0，将赋值为0的格点置为1。如果两个格点的赋值相等，则不作任何动作。每做10000次取一个样本，计算系统的总能量。共取10000个样本，统计系统总能量的平均值。比较上述两种方法获得的结果差别和所花时间的差别。

    自己写程序的能力还是很弱，原本想将产生系统分布与计算能量写成两个函数的，搞了半天还是写在一起了。计算的速度也不快，暂且先记录下来，看日后能不能再优化一下：

    第一题

    // 分子模拟课程作业ppt4，第一题 #include<iostream> #include<cstdio> #include<cmath> #include<string> #include<cstdlib> #include<ctime> using namespace std; const int MAXN = 100; const double kT1 = 0.3; const double kT2 = 0.15; int main(){ int step=0; double average=0,variance=0; double sum[10000]; for (int i=0;i<10000;i++) sum[i]=0; srand((unsigned)time(NULL)); while (step<10000){ int box[MAXN][MAXN]; int x,y; int...

  • GMX中的墙与冻结组设置

    Translation, Molecular Simulation  · 

    GROMACS分子动力学模拟计算过程中，常需设置二维的周期化条件与冻结组，下面简要介绍一下这两种设置的实现与注意事项：

    二维周期化条件通常是配合wall的设置来实现的，Gromacs5.0之前的版本中在处理这部分时有些许问题，推荐使用5.0之后的版本。需要注意的是使用两面wall时还需要配合ewald_geometry=3dc的条件。wall的设置在mdp文件中实现，主要的几个选项设置与意义如下：

    pbc = xy

    nwall
    默认为0。1代表在z=0处有一个wall。2代表z=0和z=z_box处各有一个wall。设为2时，可用压力耦合和Ewald加和法（通常最好使用semiisotropic压力耦合，并把x/y压缩系数设为0，否则表面积会发生变化）。walls通过wall_atomtype选项与系数与系统其它部分作用。对于nwall=2，能量组wall0和wall1被自动添加以监督能量组与各个wall之间的相互作用。在z方向上的质心移动将关闭。

    wall-atomtype:
    每面墙在力场中的原子类型名称. 通过(例如)在拓扑文件中定义一个特殊的墙原子类型及其组合规则, 可以独立地调整每个原子类型和墙的相互作用. （此处输入原子类型个数对应nwall，e.g. nwall = 2; wall-atomtype = opls_136 opls_136）

    wall-type:
    9-3 对墙后体积进行积分的LJ势: 9–3势
    10-4
    对墙面进行积分的LJ势: 10–4势
    12-6
    直接的LJ势, 由与墙的Z距离决定
    table
    用户定义的势, 根据与墙的Z距离进行索引, 以类似于energygrp-table的选项读入, 其中的第一个名称为“正常”能量组, 第二名称为wall0或wall1, 只使用表中的色散和排斥列.

    wall-r-linpot: –1 [nm]
    ...

  • GMX中的特殊分组

    Molecular Simulation  · 

    Gromacs中的角度，距离等分析工具的使用都涉及到特殊的分组方法，能不能以合适的格式分组是计算成功的关键。

    选取分组主要有两种方法，一是直接在命令中使用Select语法进行分组，二是建立相应的索引文件。

    第一种方法更加灵活并支持动态选区，可以在命令中直接用''括起来放入其中。当然前提是整个体系中原子命名等信息不能有重复。例如在一条碳链中，每个碳最好分别命名为”C1”“C2”…而不能统一命名为”C”，这样将很难通过Select语法来甄别。例如，要是要计算一条碳链与z轴之间的夹角，则可以使用命令 gmx gangle -f ..xtc -s ..tpr -n ..ndx -g1 vector -group1 'name C1 C5 permute 1 2' -g2 z -oav -oall -oh。此处的'name C1 C5 permute 1 2'意为从名为C1的原子指向名为C5原子的向量，1 2表明向量的方向从第一组指向第二组。有关Select详细的语法和使用实例在李老师的博文中有详细的介绍，感兴趣的可以访问这里GROMACS选区(selection)语法及用法。

    若是没有明智地提前将原子名称区分好，或是即使用Select语法也无法选定特定的组，就只好通过建立相应的索引文件了。在distance与gangle等命令中所用的组往往需要选定两个位置，这两个位置应当在索引文件中成对出现。若是作为向量，则是从第一个向量指向第二个向量。同理，对于需要三个位置的组，则应三个为一行。下面是个简单的例子：

    [ Vector1 ] 1 5 2 6 3 7 ... [ Plane1 ] 1 3...

  • 分子模拟中的LINCS/SHAKE警告及应对

    Translation, Molecular Simulation  · 

    我们使用GROMACS进行分子动力学模拟时常常会遇到LINCS warning这样的警告，过多的警告会导致体系崩溃，程序运行异常。出现LINCS warning往往以为着初始体系构型不够合理，体系在模拟过程中出现了异常键。对于这种情况的应对方法，GROMACS官网上其实已有了详细的介绍，在这里翻译一下，供大家参考。

    原文地址

    “Blowing Up” 是一个用于表述模拟失败的相当专业的术语。简要的说，它描述了一个由于产生了极大的作用力并最终导致积分运算失败的典型错误。

    稍微展开一下背景，我们必须清楚分子动力学的基本原理是在非常短的时间间隔对牛顿运动方程进行积分，并借助这个时间间隔从粒子前一时间步的速度、位置、受力来确定下一时间步的速度和位置。如果在一个时间步中作用力变得很大，这将导致粒子在到达下一时间步时会在速度/位置上产生极大的变化。这将激发一连串致命的错误：一个原子在某一时间步中受到了很大的作用力，而在下一步中它可能失控并击穿整个体系，最终停在超出它应处于的范围或与其他原子重合的位置。这又使下一时间步中也产生了极大的作用力，失控的动量将延续下去。最终，这将导致模拟程序在某些方面崩溃，因为它没法处理这种情况。在进行了约束的模拟中，这个问题最初的征兆通常就是出现一些LINCS或者SHAKE警告或错误——这并不是因为这些约束导致了错误，而是因为它们最先受到影响而崩溃。类似的，在模拟中使用区域分解时，你可能会看到类似“粒子处于其电荷组区域分解区外超一个区长度”的信息，这也是你的体系潜在问题的征兆，而不是DD算法的问题。还有有关成平面化或1-4相互作用在列表支持的范围外的一些警告也是同样的。由于这些计算不同计算机系统间不具有数值再现性，一台计算机中出现的问题可能在另外的计算机中却会获得稳定的体系。

    导致这种问题的可能性有：

    • 能量最小化不彻底；
    • 初始构型不合理，可能有空间冲突；
    • 采用了过大的时间不长（尤其是在使用约束的时候）；
    • 在计算粒子插入自由能时没有使用软核；
    • 使用了不正确的压力耦合算法（例如：在还没有平衡的时候，Berendsen能够很好地松弛体积，但接下来就需要选择更高精度的压力耦合算法了）；
    • 使用了不正确的温度耦合算法，或许用在了不正确的组上；
    • 对粒子坐标进行的位置限制与当下体系中的坐标差别太大；
    • 体系内某处有一水分子与其他水分子独立开来了；
    • 遇到了mdrun中的bug；

    Blowing up是由于特定的时间步长下作用力过大导致的，最基本的解决方法有一下两种：

    1. 确保作用力不会过大；
    2. 使用更小的时间步长；

    如果问题出现在模拟的开始阶段，更好的体系准备工作将有助于第一条。接下来我们谈谈有关体系准备工作的问题：

    诊断一个不稳定的体系

    对一个blowing up的体系进行错误排查是一项极具挑战性的工作，尤其是对那些分子模拟的萌新们来说。当遇到这种情况是，以下几点建议通常会有所帮助：

    1. 如果程序崩溃发生的相当早（几步之内），设置nstxout（或nstxtcout)为1，收集所有可能的帧。观察结果轨迹去排查是哪个原子/残基/分子首先变得不稳定；
    2. 将体系逐渐简化来寻找原因：
      • 如果你模拟的是一个溶剂构成的盒子，试着再加入前先将单个溶剂分子进行能量最小化以及模拟，去观察体系的不稳定性是否是由分子拓扑的内在问题引起的，或者在初始构型中分子位置是否有冲突；
      • 如果你模拟的是蛋白质-配体体系，试着将蛋白质单独放置在所需溶剂中进行模拟。如果蛋白质是稳定的，将配体分子放在真空中单独模拟，观察它的拓扑是否提供了稳定的构型，能量等；
      • 删除设定的算法(LINCS/SHAKE)，尤其是没有达到彻底的平衡的时候；
        • ...

  • 双层膜体系的分子模拟

    Translation, Molecular Simulation  · 

    双层膜体系模型的构建

    对于双层膜这种较复杂的体系，使用GROMACS中自带的简单工具构建较为繁琐。因此选取Packmol用来构建双层膜部分，同时利用GROMACS中的gmx solvate命令来向体系中加入溶剂，这样组合使用能大大节省构建时间。

    我的体系的双层膜部分的Packmol输入文件如下，没有很复杂，基本与Packmol官方教程一致。但是应注意resnumbers选项的添加，否则生成的结构文件中分子序号将会不连续。

    # # construction of SDS-C16-CHOL-SOL system # tolerance 2.0 filetype pdb output C16DS-CHOL128.pdb structure SDS-C16min.pdb number 64 resnumbers 2 inside box 0. 0. 0. 60. 60. 20. atoms 1 45 over plane 0. 0. 1. 16. end atoms atoms 17 below plane 0. 0. 1. 3 end atoms atoms 64 below...

Go

  • 围棋常见死活形

    Go  · 

    围棋围空中有一些基本的死活形，能快速判断其死活是围棋的基本功，以下是最简单的死活棋的棋形与其关键点。

    直三

    曲三

    直三与曲三一致，唯一的关键点都在空中间的位置上。抢得该位则棋活。

    直四及其以上

    曲四及其以上

    直四与曲四一致，在空中部有两个关键点，占其一便活。游刃有余，是活棋。

    丁四

    丁四只有一个关键点，在__“丁”__字的交叉点出。抢得该位则棋活。

    方四

    方四添一口气就是曲三，是死棋。

    梅花五

    梅花五的关键点在其中心，是先手活。

    刀把五

    刀把五的关键点在第一个拐角上，是先手活。

    葡萄六

    葡萄六是梅花五多了一目，关键点也在中心，是先手活。

    通常情况下，我们说死活棋都是讨论后手情况，此时可以简单总结为：

    三目————全为死形
    四目————直四、曲四活，丁四、方四死
    五目————刀五、花五为死形
    六目————仅葡萄六为死形
    七目及以上————活

    在被围起来的棋形中，联通各目的位置最关键。点目的关键是点在围空的交叉点上，确保己方气存在的情况下做出死棋的形来斩杀对方。

Python

  • Matplotlib绘图中设置自定义图例

    Python, Matplotlib  · 

    数据分析绘图过程中，往往会出现四组数据两两对比的情况。一直苦恼于不知道该如何在Matplotlib自定义图例的样式和内容，现记录一下条形图中进行图例自定义的方法：

    userdefine_label={ "$\\text{NIHL}_{1-4}$": plt.Rectangle((0, 0), 1, 1, fc="#1f77b4", ec="black", alpha=0.4), "$\\text{NIHL}_{346}$": plt.Rectangle((0, 0),...

  • 使用Python连接数据库

    Python, Pandas, SQLite, MySQL  · 

    SQLite

    sqlite3为python3自带，无需另行安装。

    连接SQLite数据库时需指定对应的.db文件。

    拉取数据

    1. 使用sl.connect()建立与数据库的连接，其中的database参数为SQLite数据库db文件的路径；
    2. 使用conn.cursor()创建游标；
    3. pandas中的pd.read_sql_query(sql_text, conn)命令可以直接执行sql命令并将结果保存为DataFrame；
    4. 依次使用cur.close(), conn.close()关闭游标，关闭连接。
    import pandas as pd import sqlite3 as sl def load_data_from_table(database_path: <span...

  • Python手动清理内存

    Python, Pandas  · 

    写程序这方面，自己不是科班出身，本科时唯一的C语言课也没有好好听讲。导致后来写代码的时候十分不规范，也缺失了许多细节，日常遇到的自己给自己挖的坑还是有必要记录一下，方便以后复盘。

    就像现在，前脚写完的代码后脚就忘了怎么写了……

    这段代码主要是处理了一下打文件读取过程中内存不够的问题，中间也对DataFrame进行了一系列操作，结果具体的操作怎么实现的自己已经不记得了……目前还没调试好。

    import pandas as pd import numpy as np import gc import os feature = ['111,222,333,444', '111,222,333,444', '111,222,333,444', '111,222,333,444', '111,222,333,444', '111,222,333,444'] dict_in = {<span...

  • Python-Matplotlib做gmx_MMPBSA计算结果展示

    Python, Numpy, Matplotlib, Pandas, Molecular Simulation  · 

    学习使用GROMACS已经很久了，但是一直停留在很初级的应用上面，对高级技巧并不了解。就连做生物体系几乎必做的MMPBSA分析都没有尝试过。乘着这个假期了解了一下MMPBSA，才知道这个计算方法不仅仅是用于蛋白质-配体体系的结合自由能计算，对于任何一个二聚体都是可以的。另外，Jerkwin老师已经发展出了比之前常用的GMXMMPBSA与g_mmpbsa两种脚本/程序更加简单易用的计算脚本——gmx_mmpbsa。gmx_mmpbsa不但没有GROMACS与APBS程序的版本要求，还可以一步运行获得所有结果，大大降低了MMPBSA的学习成本。

    Jerkwin老师的博客中有详尽的使用说明以及与其他两种方法计算结果的比对，另外，gmx_mmpbsa脚本的最新版本也在可以他的github库中找到。

    gmx_mmpbsa使用前需安装GRMOMACS与APBS，脚本会自动调用这两个程序进行计算。Ubuntu环境下APBS可以使用sudo apt install apbs直接进行安装。在修改脚本内的变量内容时，如果GROMACS与APBS都已添加进了环境变量，则可简写为：gmx='gmx'以及apbs='apbs'。

    脚本运行过程中如果出现某些awk函数未定义的错误，那么还需要安装一下gawk，使用sudo apt install gawk即可。

    计算完成后会生成一系列不同结果的文档，这里编写了一个python脚本来进行绘图，顺便复习了一下Pandas与Matplotlib的使用方法。其中有关饼状图的修饰来自于Lemonbit的知乎专栏文章。

    # This script is design to plot the mmpbsa calculate results # from Jerkwin's gmx_mmpbsa script # Author: Lewisbase # Date: 2020.02.29 import numpy as np import pandas as pd...

  • 揭秘Python中的args与kwargs

    Python  · 

    最近看到一篇详细介绍Python中args与kwargs关键词的文章，自己对与这两个关键词的用法很不是很熟练，在此搬运分享一下：

    原文地址：Python args and kwargs: Demystified

    这个教程在细节上非常详尽，很适合初学者阅读。

    Python程序的函数定义中经常出现两个奇怪的参数：args与**kwargs。这篇教程将对两者的用法进行详细的揭秘，教导你如何更灵活地使用args与*kwargs创建自己的函数。

    通过本文你将学习到：

    • *args与**kwargs的实际意义；
    • 如何在函数定义中使用*args与**kwargs
    • 如何使用*解包迭代器
    • 如何使用**解包字典

    向函数传递多个参数

    *args与**kwargs允许你向函数传递多个参数或者关键字参数。下面的代码是一个接收两个参数并返回它们的和的函数：

    def my_sum(a,b): return a + b

    这个函数能够完美运行，但是受限于进能够接收两个参数。如果你需要对一组未知数量的数求和，难道要每次根据不同的数量来建立不同的函数吗？

    在函数定义中使用args变量

    对于上面的疑问，我们的回答当然是”No!”。Python提供了多种像函数传递未定数量参数的方法。人们最常用的便是将一个包含所有参数的列表或者集合传向函数。此时我们的my_sum函数将变为下面的形式：

    # sum_integers_list.py def my_sum(my_integers): result = 0 for x in my_integers: result += x return result list_of_integers =...

  • Python-Matplotlib做二维密度分布图

    Python, Numpy, Matplotlib  · 

    之前一直想尝试着用Matplotlib绘制计算结果中的二维密度分布图，这样即省去了许多数据处理的麻烦，也方便直接在Linux系统中观察计算的结果。但对Numpy和Maltplotlib的熟练程度还不够，对于计算程序产生的非矩阵式的数据结构不知道该怎么处理。今天花了一早上仔细研究了一下，终于将这块硬骨头啃下来了。

    做colormap图的关键在于矩阵的创建，作为坐标的x与y在形状上为呈转置关系的两个矩阵（即x的行数与y的列数相等，反之亦然），在内容上则应为x以行的形式重复，y以列的形式重复。想要产生这样的两个矩阵，可以通过Numpy中的函数np.meshgrid(x,y)来实现。用于表示值变化的z则为一个二维数组，即对于每一对x，y都应存在一个值z[x][y]。在一般的做法中，z值可以通过以x，y为自变量的函数产生。

    我这里遇到的问题是已有的数据是三个一维数组。相当与将上述的x，y，z矩阵一一对应地平铺开来。这样的数据在Origin中作图十分方便，但在Matplotlib中就得预先处理一下。这个过程实则是将平铺开的数组再压缩回去。

    首先要用np.unique()函数对x和y的数组进行压缩，得到无重复数值的xn与yn，再使用np.meshgrid()函数将xn与yn编织成上文所述的矩阵。对z值的处理需要谨慎一些，需要依次寻找每一个x与y共同对应地唯一的z值。最初的x，y，z是三个等长度的数组，共同的索引编号是它们确保一一对应的锁链。这里可以借助np.argwhere()函数找出x与y数组中某个值的索引，由于x，y是具有重复值的数组，这个索引将是两个包含许多位置的数组。所以我们还需要对两个索引数组用np.intersect1d()函数求并集得到唯一的z数组中的索引数。具体的操作应为：

    xn = np.unique(x) yn = np.unique(y) Xm,Ym = np.meshgrid(xn,yn) Zm = [] for i in yn: zm = [] for j in xn: zm_index = np.intersect1d(np.argwhere(y == i),np.argwhere( x == j)) zm.append(float(z[zm_index]) Zm.append(zm)

    注意这里获取索引数时应当在原始数组中查找，循环遍历时可以使用xn，yn节约成本。另外，由于Xm对应的是行信息，在遍历循环中应该放在内层。

    接下来就是作图了，数据处理好之后作图基本也就一行命令的事了。这里尝试了一些格式调整，列举如下：

    • plt.pcolormesh()与plt.contourf()均可用来作二维色彩图，但同样的条件下pcolormesh的效果不如contourf的平滑，所以更倾向与使用contourf
    • 分格密度通过<code class="language-plaintext...

  • Python处理PDF文件

    Python, pyPDF, Translation  · 

    最近看到一篇介绍Python中pyPDF模块的文章，详细介绍了使用pyPDF模块获取PDF文件信息，合并拆分PDF文件等功能。很方便，在此搬运分享以下：

    How to Work With a PDF in Python

    全文介绍了以下几方面的功能

    • 提取文件信息
    • 旋转页面
    • 合并文件
    • 拆分文件
    • 添加水印
    • 加密文件

    这里我主要尝试了前几个功能的实现，添加水印与加密文件不是很用得上就不再详细尝试了。

    pyPdf，PyPDF2以及PyPDF4的发展历程

    最初的pyPdf模块发布与2005年，但并不支持Python3。PyPDF2目前也基本停用，最新版本的PyPDF4支持PyPDF2的大多数功能，但也有部分功能不兼容。原文中使用的是PyPDF2模块，此处我改用最新的PyPDF4进行尝试。

    安装

    如果你已经安装了Anaconda，可以使用pip或者conda直接安装： pip install PyPDF4

    功能实现

    提取PDF文件信息

    我们可以通过PdfFileReader来实现对以下信息的提取：

    • 作者
    • 创建者
    • 生产商
    • 主题
    • 题目
    • 页数

    代码如下：

    from PyPDF4 import PdfFileReader，PdfFileWriter def extract_information(pdf_path): with open(pdf_path,'rb') as f: pdf=PdfFileReader(f)...

  • Python拟合吸附等温线并计算吸附焓

    Python, Scipy, Matplotlib, Csv, Pandas  · 

    前一阵子帮人用C++写了一个用以计算吸附焓的简单小程序，仅实现了得到吸附等温线方程后计算吸附焓的功能。最近重拾Python语言，在尝试了Python的各类库之后对其爱不释手。遂尝试着将这个程序用Python完善了一下，实现了数据读入，拟合，计算吸附焓一系列流程。

    作为一个新手，写程序的过程依然很揪心。好在换用了Anaconda后的Jupyter Notebook十分友好，可以在每个cell中直接运行查看结果进行调试。在经历了不断地与错误信息斗争后，终于磕磕绊绊地将想要的功能实现了。所以在这里记录一下学习到的一些语法知识以及程序目前的缺陷。

    程序内容

    #拟合BET数据中的吸附曲线并计算吸附焓 #Version 2.00 #以实现对数据的读取，转化单位和langmuir方程拟合并做图 #对BET软件直接生成的xls文件尚不能直接打开，需要另存为xlsx格式 #Author: lewisbase #Date: 2019.04.08 import csv import math import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from matplotlib import ticker from matplotlib import rcParams from scipy.optimize import leastsq GRID=30000 R=8.314510e-3 ############################################################################################### def Langmuir(c): b=c return y-qmax*b*x/(1+b*x) def Langmuirfit(x): return qmax*b*x/(1+b*x) def Freundlich(f):...

  • Python-Scipy进行数值积分

    Python, Scipy  · 

    Python的Scipy模块中拥有大量的数值计算函数，方便我们快速进行数值计算。

    Scipy中的integrate模块提供了几种数值积分算法，导入方式为：

    from scipy import integrate

    使用integrate时，需要先将要进行积分的方程定义为函数。求取一至三重积分的函数分别为：

    integrate.quad(func,a,b,args,full_output) integrate.dblquad(func,a,b,gfun,hfun,args,epsabs,epsrel) integrate.tplquad(func,a,b,gfun,hfun,qfun,rfun,args,epsabs,epsrel)

    以三重积分为例。func为运算对象函数，形式为func(z,y,x)。a,b对应变量x的积分区域，gfun,hfun对应变量y的积分区域，依次类推。

    注意gfun,hfun等的形式应为函数，其中gfun,hfun是自变量为x的函数，qfun,rfun是自变量为x,y的函数。这些函数可以使用lambda函数进行定义，形式通常为：

    lambda x,y:x*y

    如果是常函数，则定义为：

    <div class=”language-plaintext…

  • Python-Matplotlib作图学习（一）

    Python, Matplotlib  · 

    最近重新学习了Matplotlib作图的相关内容，自己对Python的学习还是不系统，只是凭借着C++的习惯在写。许多语法都需要随时查询。所以在这里记录一下程序内容与注意事项。

    这是一个简单的曲线图的绘制，涉及内容有Python列表，for循环等，主要是对Matplotlib图表中一些格式的设置。

    程序内容如下：

    import numpy as np import math from pylab import * PI=3.1415926 NA=6.02 k=[10.4852,9.21986,10.80252] b=[-6.17879,-5.36126,-6.74615] name=["A","B","C"] linecolor=["black","red","blue"] y=[] x=np.linspace(1,20,5000) for i in range(3): g=((k[i]*x+b[i])/NA)/(PI*(x/2)**2*0.1) y.append(g) figure(figsize=(15,12),dpi=100) xlabel("D (nm)",fontsize=40) ylabel("$\Delta$$\gamma$ (mN/m)",fontsize=40) xlim(0,20) ylim(0,12) yticks(np.linspace(0,12,4,endpoint=True),fontsize=32) xticks(fontsize=32) for i in range(3): plot(x,y[i],label=name[i],linewidth=3,color=linecolor[i]) legend(loc='upper right',fontsize=26,frameon=False) ax=gca() ax.spines['top'].set_linewidth(5) ax.spines['bottom'].set_linewidth(5) ax.spines['left'].set_linewidth(5) ax.spines['right'].set_linewidth(5) tick_params(top='off',right='off',width=5) show()

    Python中新建变量不需要声明类型，直接进行赋值初始化便可创建。而对于列表，则可以先创建一个空列表，再通过.append()添加变量的方法给其赋值。

    对于数组，可以使用Numpy中的<code class="language-plaintext...

  • Python最小二乘法拟合与作图

    Python, Scipy, Matplotlib  · 

    最小二乘法拟合

    在函数拟合中，如果用p表示函数中需要确定的参数，那么目标就是找到一组p，使得下面函数S的值最小：

    最小二乘

    这种算法称为最小二乘法拟合。Python的Scipy数值计算库中的optimize模块提供了leastsq()函数，可以对数据进行最小二乘拟合计算。

    此处利用该函数对一段弧线使用圆方程进行了拟合，并通过Matplotlib模块进行了作图，程序内容如下：

    #使用最小二乘法拟合圆方程 import numpy as np from scipy.optimize import leastsq from pylab import * x,y=np.loadtxt('num.dat',delimiter=' ',dtype=float,usecols=(0,1),unpack=True) #for i in x: # print i #for j in y: # print j def residuals(p): a,b,r=p return r**2-(y-b)**2-(x-a)**2 result=leastsq(residuals,[1,1,1]) a,b,r=result[0] print "a=",a,"b=",b,"r=",r plot(x,y,color="red",label="origin",linewidth=2) yfit=sqrt(r**2-(x-a)**2)+b plot(x,yfit,"b--",label="fit",linewidth=2) legend(loc="upper right",frameon=False) annotate('(x-112.892403261)$^2$+(y+58.8238235027)$^2$=110.123575696$^2$',xy=(40,15)) annotate('R=110.123575696',xy=(100,10))...

  • Scmpy符号运算学习笔记

    Python, Sympy  · 

    导入

    from __future__ import division from sympy import * x,y,z=symbols('x,y,z') k,m,n=symbols('k,m,n',integer=Ture) f,g,h=map(Function,'fgh')

    数字表达式

    符号

    symbols()，var()函数用于赋值，可通过关键词指定假设条件。

    var("x0,y0,x1,y1") x=symbols("x",positive=True)

    数值，运算符与函数

    符号运算

    表达式变换和化简

    simplify()用于对数学表达式进行化简；
    radsimp()对表达式的分母进行有理化；
    expand()根据用户设置的标志参数对表达式进行展开；
    factor()对多项式进行因式分解；
    …

    simplify((x+2)**2-(x+1)**2) radsimp(1/(sqrt(5)+2*sqrt(2))) expand(sin(x+y),trig=True)...

Sympy

  • Scmpy符号运算学习笔记

    Python, Sympy  · 

    导入

    from __future__ import division from sympy import * x,y,z=symbols('x,y,z') k,m,n=symbols('k,m,n',integer=Ture) f,g,h=map(Function,'fgh')

    数字表达式

    符号

    symbols()，var()函数用于赋值，可通过关键词指定假设条件。

    var("x0,y0,x1,y1") x=symbols("x",positive=True)

    数值，运算符与函数

    符号运算

    表达式变换和化简

    simplify()用于对数学表达式进行化简；
    radsimp()对表达式的分母进行有理化；
    expand()根据用户设置的标志参数对表达式进行展开；
    factor()对多项式进行因式分解；
    …

    simplify((x+2)**2-(x+1)**2) radsimp(1/(sqrt(5)+2*sqrt(2))) expand(sin(x+y),trig=True)...

C++

  • 一道分子模拟练习题

    C++, Molecular Simulation  · 

    最近帮人做的分子模拟练习作业，一个简单的C++程序，题目如下：

    1、构筑一个100x100的二维方格，随机挑选一半格点置为0，其余格点置为1。如果相邻的两个格点的赋值均为1，则有相互作用能e/kT=0.3，否则相互作用能为0，如果一个格点处于盒子边缘，则令它与盒子壁面的相互作用能为e/kT=0.15 。系统总的能量为所有相邻格点相互作用能之和。如此产生10000个样本，统计系统总能量的平均值和方差。
    2、在上题中，产生初始样本并统计出系统总能量后，我们也可以用下面的方法产生新样本：在盒子中随机挑选两个格点，如果它们的赋值不同，则交换它们的赋值，即将赋值为1的格点置为0，将赋值为0的格点置为1。如果两个格点的赋值相等，则不作任何动作。每做10000次取一个样本，计算系统的总能量。共取10000个样本，统计系统总能量的平均值。比较上述两种方法获得的结果差别和所花时间的差别。

    自己写程序的能力还是很弱，原本想将产生系统分布与计算能量写成两个函数的，搞了半天还是写在一起了。计算的速度也不快，暂且先记录下来，看日后能不能再优化一下：

    第一题

    // 分子模拟课程作业ppt4，第一题 #include<iostream> #include<cstdio> #include<cmath> #include<string> #include<cstdlib> #include<ctime> using namespace std; const int MAXN = 100; const double kT1 = 0.3; const double kT2 = 0.15; int main(){ int step=0; double average=0,variance=0; double sum[10000]; for (int i=0;i<10000;i++) sum[i]=0; srand((unsigned)time(NULL)); while (step<10000){ int box[MAXN][MAXN]; int x,y; int...

Win10

  • Ubuntu18.04实现VNC远程桌面

    Win10, Linux  · 

    之前使用远程Linux系统电脑的时候采用的是ssh与teamviewer，但ssh没有图形画面，无法使用VMD等软件，而teamviewer又时常被检测为商业用途，十分闹心。最近了解到了VNC连接方法，遂尝试了一下。虽然网上教程众多，但都不甚全面，这里将自己建立VNC连接的过程记录一下，以便日后再用时查阅。

    Ubuntu18.04使用的是gnome桌面系统，桌面共享功能直接使用的是vino而非vnc4server等vnc服务端。所以有两种方法实现桌面共享：一是使用vino共享gnome桌面，二是安装其他桌面系统供以vnc4server共享。

    vino共享gnome桌面

    vino共享桌面十分简单，Ubuntu18.04系统已经预装了最新版的vino。如果没有则可以通过命令sudo apt install vino进行安装。

    安装vino以后打开设置，在共享标签下找到屏幕共享，将其状态设置为打开。勾选’允许连接控制屏幕’并设置一个6-8位的密码。

    此时我们还需要取消gnome的连接权限限制，可以通过sudo apt install dconf-editor安装dconf-editor软件。打开该软件后一次打开org->gnome->desktop->remote-access，将require-encryption设置为关闭。

    至此便完成了远程端的全部设置，在本地端我们可以下载VNC Viewer进行连接。打开VNC Viewer后在地址框中输入远程端的ip即可连接。

    vino的连接虽然比较方便实现，但实际使用下来发现十分卡顿。而且容易出现桌面卡死的情况（这个情况在使用teamviewer时也出现过，可能是gnome桌面的问题）。所以并不推荐使用vino共享桌面。

    vnc4server共享Xfce桌面

    安装桌面和vnc服务器

    sudo apt install xfce4 xfce4-goodies vnc4server

    VNC初始设置

    安装完成后使用vnc4server命令设置安全密码并初始化配置文件：

    vnc4server >>> You will require a password to access you desktop >>> Password: >>>...

  • Win10误删BCD启动文件的恢复方法

    Win10, Linux  · 

    原本想在一块移动硬盘里安装Ubuntu来作为一个便携系统，结果发现安装完成后Ubuntu的grub启动覆盖了Win10的启动项。在拨出移动硬盘的情况下要进入系统十分繁琐，再加上暗影精灵4这台电脑太新，Ubuntu对其支持不是很好，一气之下再次卸了Ubuntu……

    没想到折腾的过程中不小心把Win10的BCD擦出了，直接开不了机了……

    还好在网上找到了修复方法，在此记录一下：

    • 下载纯净的Win10安装包并制作U盘启动器；
    • 开机进入BIOS调整开机启动项；
    • 进入Win10安装界面后选择输入法，进入下一步选单（不要安装）；
    • 点击左下角的修复按钮，再进入疑难解答；
    • 在接下来的选单中选择启动修复，如果有Win10选项则直接选择，没有的话返回上级菜单；
    • 进入命令行操作，输入bootrec /rebuildbcd
    • 此时系统会自动 检测硬盘中的Win10安装情况，等待一会后就修复完成了。

    由于需要不同MBR的缘故，在移动硬盘中安装Ubuntu还是比较麻烦的。可能装Win系统反倒更加适用一点。

    参考资料

    关于误删win10 的EFI启动盘的解决操作~~

  • 在Win10与Ubuntu双系统中删除Ubuntu

    Win10, Linux  · 

    安装了双系统的电脑中，如果是使用Ubuntu系统自带的grub程序作为启动引导，就不能直接格式化Ubuntu所在的盘，否则硬盘上的MBR内容被擦出，无法成功开机引导。

    想要卸载Ubuntu，则需要先删除其MBR内容，在格式化其所在硬盘。对于不同的电脑，修改MBR有不同的方法，所以第一步是判明BIOS启动的类型，方法为：

    Win+R打开运行，输入msinfo32，回车查看系统信息 在BIOS模式中显示传统，则启动模式为Legacy BIOS；如果为UEFI，则为UEFI

    1.若为Legacy BIOS启动方式
    1.1 下载Mbrfix工具，放置在任意位置，如：D\Tools\
    1.2 以管理员身份运行命令提示符，进入MBRfix工具存放目录,例如：

    D: cd \Tools

    1.3 输入命令

    MbrFix /drive 0 fixmbr /yes

    1.4 重启电脑，看是否直接进入Win10系统，如是，说明删除成功

    2.若为UEFI启动方式
    2.1 下载Easy UEFI
    Easy UEFI
    2.2 安装UEFI后进入管理EFI启动项功能，删除Ubuntu的EFI分区即可
    2.3 重启电脑，直接进入Win10，成功

    在成功修改了MBR内容后，就可以直接将Ubuntu对应的硬盘格式化了~

    参考资料

    UEFI还是Legacy BIOS？如何确定Windows启动类型
    <a...

Linux

  • Ubuntu18.04实现VNC远程桌面

    Win10, Linux  · 

    之前使用远程Linux系统电脑的时候采用的是ssh与teamviewer，但ssh没有图形画面，无法使用VMD等软件，而teamviewer又时常被检测为商业用途，十分闹心。最近了解到了VNC连接方法，遂尝试了一下。虽然网上教程众多，但都不甚全面，这里将自己建立VNC连接的过程记录一下，以便日后再用时查阅。

    Ubuntu18.04使用的是gnome桌面系统，桌面共享功能直接使用的是vino而非vnc4server等vnc服务端。所以有两种方法实现桌面共享：一是使用vino共享gnome桌面，二是安装其他桌面系统供以vnc4server共享。

    vino共享gnome桌面

    vino共享桌面十分简单，Ubuntu18.04系统已经预装了最新版的vino。如果没有则可以通过命令sudo apt install vino进行安装。

    安装vino以后打开设置，在共享标签下找到屏幕共享，将其状态设置为打开。勾选’允许连接控制屏幕’并设置一个6-8位的密码。

    此时我们还需要取消gnome的连接权限限制，可以通过sudo apt install dconf-editor安装dconf-editor软件。打开该软件后一次打开org->gnome->desktop->remote-access，将require-encryption设置为关闭。

    至此便完成了远程端的全部设置，在本地端我们可以下载VNC Viewer进行连接。打开VNC Viewer后在地址框中输入远程端的ip即可连接。

    vino的连接虽然比较方便实现，但实际使用下来发现十分卡顿。而且容易出现桌面卡死的情况（这个情况在使用teamviewer时也出现过，可能是gnome桌面的问题）。所以并不推荐使用vino共享桌面。

    vnc4server共享Xfce桌面

    安装桌面和vnc服务器

    sudo apt install xfce4 xfce4-goodies vnc4server

    VNC初始设置

    安装完成后使用vnc4server命令设置安全密码并初始化配置文件：

    vnc4server >>> You will require a password to access you desktop >>> Password: >>>...

  • Win10误删BCD启动文件的恢复方法

    Win10, Linux  · 

    原本想在一块移动硬盘里安装Ubuntu来作为一个便携系统，结果发现安装完成后Ubuntu的grub启动覆盖了Win10的启动项。在拨出移动硬盘的情况下要进入系统十分繁琐，再加上暗影精灵4这台电脑太新，Ubuntu对其支持不是很好，一气之下再次卸了Ubuntu……

    没想到折腾的过程中不小心把Win10的BCD擦出了，直接开不了机了……

    还好在网上找到了修复方法，在此记录一下：

    • 下载纯净的Win10安装包并制作U盘启动器；
    • 开机进入BIOS调整开机启动项；
    • 进入Win10安装界面后选择输入法，进入下一步选单（不要安装）；
    • 点击左下角的修复按钮，再进入疑难解答；
    • 在接下来的选单中选择启动修复，如果有Win10选项则直接选择，没有的话返回上级菜单；
    • 进入命令行操作，输入bootrec /rebuildbcd
    • 此时系统会自动 检测硬盘中的Win10安装情况，等待一会后就修复完成了。

    由于需要不同MBR的缘故，在移动硬盘中安装Ubuntu还是比较麻烦的。可能装Win系统反倒更加适用一点。

    参考资料

    关于误删win10 的EFI启动盘的解决操作~~

  • 在Win10与Ubuntu双系统中删除Ubuntu

    Win10, Linux  · 

    安装了双系统的电脑中，如果是使用Ubuntu系统自带的grub程序作为启动引导，就不能直接格式化Ubuntu所在的盘，否则硬盘上的MBR内容被擦出，无法成功开机引导。

    想要卸载Ubuntu，则需要先删除其MBR内容，在格式化其所在硬盘。对于不同的电脑，修改MBR有不同的方法，所以第一步是判明BIOS启动的类型，方法为：

    Win+R打开运行，输入msinfo32，回车查看系统信息 在BIOS模式中显示传统，则启动模式为Legacy BIOS；如果为UEFI，则为UEFI

    1.若为Legacy BIOS启动方式
    1.1 下载Mbrfix工具，放置在任意位置，如：D\Tools\
    1.2 以管理员身份运行命令提示符，进入MBRfix工具存放目录,例如：

    D: cd \Tools

    1.3 输入命令

    MbrFix /drive 0 fixmbr /yes

    1.4 重启电脑，看是否直接进入Win10系统，如是，说明删除成功

    2.若为UEFI启动方式
    2.1 下载Easy UEFI
    Easy UEFI
    2.2 安装UEFI后进入管理EFI启动项功能，删除Ubuntu的EFI分区即可
    2.3 重启电脑，直接进入Win10，成功

    在成功修改了MBR内容后，就可以直接将Ubuntu对应的硬盘格式化了~

    参考资料

    UEFI还是Legacy BIOS？如何确定Windows启动类型
    <a...

Scipy

  • Python拟合吸附等温线并计算吸附焓

    Python, Scipy, Matplotlib, Csv, Pandas  · 

    前一阵子帮人用C++写了一个用以计算吸附焓的简单小程序，仅实现了得到吸附等温线方程后计算吸附焓的功能。最近重拾Python语言，在尝试了Python的各类库之后对其爱不释手。遂尝试着将这个程序用Python完善了一下，实现了数据读入，拟合，计算吸附焓一系列流程。

    作为一个新手，写程序的过程依然很揪心。好在换用了Anaconda后的Jupyter Notebook十分友好，可以在每个cell中直接运行查看结果进行调试。在经历了不断地与错误信息斗争后，终于磕磕绊绊地将想要的功能实现了。所以在这里记录一下学习到的一些语法知识以及程序目前的缺陷。

    程序内容

    #拟合BET数据中的吸附曲线并计算吸附焓 #Version 2.00 #以实现对数据的读取，转化单位和langmuir方程拟合并做图 #对BET软件直接生成的xls文件尚不能直接打开，需要另存为xlsx格式 #Author: lewisbase #Date: 2019.04.08 import csv import math import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from matplotlib import ticker from matplotlib import rcParams from scipy.optimize import leastsq GRID=30000 R=8.314510e-3 ############################################################################################### def Langmuir(c): b=c return y-qmax*b*x/(1+b*x) def Langmuirfit(x): return qmax*b*x/(1+b*x) def Freundlich(f):...

  • Python-Scipy进行数值积分

    Python, Scipy  · 

    Python的Scipy模块中拥有大量的数值计算函数，方便我们快速进行数值计算。

    Scipy中的integrate模块提供了几种数值积分算法，导入方式为：

    from scipy import integrate

    使用integrate时，需要先将要进行积分的方程定义为函数。求取一至三重积分的函数分别为：

    integrate.quad(func,a,b,args,full_output) integrate.dblquad(func,a,b,gfun,hfun,args,epsabs,epsrel) integrate.tplquad(func,a,b,gfun,hfun,qfun,rfun,args,epsabs,epsrel)

    以三重积分为例。func为运算对象函数，形式为func(z,y,x)。a,b对应变量x的积分区域，gfun,hfun对应变量y的积分区域，依次类推。

    注意gfun,hfun等的形式应为函数，其中gfun,hfun是自变量为x的函数，qfun,rfun是自变量为x,y的函数。这些函数可以使用lambda函数进行定义，形式通常为：

    lambda x,y:x*y

    如果是常函数，则定义为：

    <div class=”language-plaintext…

  • Python最小二乘法拟合与作图

    Python, Scipy, Matplotlib  · 

    最小二乘法拟合

    在函数拟合中，如果用p表示函数中需要确定的参数，那么目标就是找到一组p，使得下面函数S的值最小：

    最小二乘

    这种算法称为最小二乘法拟合。Python的Scipy数值计算库中的optimize模块提供了leastsq()函数，可以对数据进行最小二乘拟合计算。

    此处利用该函数对一段弧线使用圆方程进行了拟合，并通过Matplotlib模块进行了作图，程序内容如下：

    #使用最小二乘法拟合圆方程 import numpy as np from scipy.optimize import leastsq from pylab import * x,y=np.loadtxt('num.dat',delimiter=' ',dtype=float,usecols=(0,1),unpack=True) #for i in x: # print i #for j in y: # print j def residuals(p): a,b,r=p return r**2-(y-b)**2-(x-a)**2 result=leastsq(residuals,[1,1,1]) a,b,r=result[0] print "a=",a,"b=",b,"r=",r plot(x,y,color="red",label="origin",linewidth=2) yfit=sqrt(r**2-(x-a)**2)+b plot(x,yfit,"b--",label="fit",linewidth=2) legend(loc="upper right",frameon=False) annotate('(x-112.892403261)$^2$+(y+58.8238235027)$^2$=110.123575696$^2$',xy=(40,15)) annotate('R=110.123575696',xy=(100,10))...

Matplotlib

  • Matplotlib绘图中设置自定义图例

    Python, Matplotlib  · 

    数据分析绘图过程中，往往会出现四组数据两两对比的情况。一直苦恼于不知道该如何在Matplotlib自定义图例的样式和内容，现记录一下条形图中进行图例自定义的方法：

    userdefine_label={ "$\\text{NIHL}_{1-4}$": plt.Rectangle((0, 0), 1, 1, fc="#1f77b4", ec="black", alpha=0.4), "$\\text{NIHL}_{346}$": plt.Rectangle((0, 0),...

  • Python-Matplotlib做gmx_MMPBSA计算结果展示

    Python, Numpy, Matplotlib, Pandas, Molecular Simulation  · 

    学习使用GROMACS已经很久了，但是一直停留在很初级的应用上面，对高级技巧并不了解。就连做生物体系几乎必做的MMPBSA分析都没有尝试过。乘着这个假期了解了一下MMPBSA，才知道这个计算方法不仅仅是用于蛋白质-配体体系的结合自由能计算，对于任何一个二聚体都是可以的。另外，Jerkwin老师已经发展出了比之前常用的GMXMMPBSA与g_mmpbsa两种脚本/程序更加简单易用的计算脚本——gmx_mmpbsa。gmx_mmpbsa不但没有GROMACS与APBS程序的版本要求，还可以一步运行获得所有结果，大大降低了MMPBSA的学习成本。

    Jerkwin老师的博客中有详尽的使用说明以及与其他两种方法计算结果的比对，另外，gmx_mmpbsa脚本的最新版本也在可以他的github库中找到。

    gmx_mmpbsa使用前需安装GRMOMACS与APBS，脚本会自动调用这两个程序进行计算。Ubuntu环境下APBS可以使用sudo apt install apbs直接进行安装。在修改脚本内的变量内容时，如果GROMACS与APBS都已添加进了环境变量，则可简写为：gmx='gmx'以及apbs='apbs'。

    脚本运行过程中如果出现某些awk函数未定义的错误，那么还需要安装一下gawk，使用sudo apt install gawk即可。

    计算完成后会生成一系列不同结果的文档，这里编写了一个python脚本来进行绘图，顺便复习了一下Pandas与Matplotlib的使用方法。其中有关饼状图的修饰来自于Lemonbit的知乎专栏文章。

    # This script is design to plot the mmpbsa calculate results # from Jerkwin's gmx_mmpbsa script # Author: Lewisbase # Date: 2020.02.29 import numpy as np import pandas as pd...

  • Python-Matplotlib做二维密度分布图

    Python, Numpy, Matplotlib  · 

    之前一直想尝试着用Matplotlib绘制计算结果中的二维密度分布图，这样即省去了许多数据处理的麻烦，也方便直接在Linux系统中观察计算的结果。但对Numpy和Maltplotlib的熟练程度还不够，对于计算程序产生的非矩阵式的数据结构不知道该怎么处理。今天花了一早上仔细研究了一下，终于将这块硬骨头啃下来了。

    做colormap图的关键在于矩阵的创建，作为坐标的x与y在形状上为呈转置关系的两个矩阵（即x的行数与y的列数相等，反之亦然），在内容上则应为x以行的形式重复，y以列的形式重复。想要产生这样的两个矩阵，可以通过Numpy中的函数np.meshgrid(x,y)来实现。用于表示值变化的z则为一个二维数组，即对于每一对x，y都应存在一个值z[x][y]。在一般的做法中，z值可以通过以x，y为自变量的函数产生。

    我这里遇到的问题是已有的数据是三个一维数组。相当与将上述的x，y，z矩阵一一对应地平铺开来。这样的数据在Origin中作图十分方便，但在Matplotlib中就得预先处理一下。这个过程实则是将平铺开的数组再压缩回去。

    首先要用np.unique()函数对x和y的数组进行压缩，得到无重复数值的xn与yn，再使用np.meshgrid()函数将xn与yn编织成上文所述的矩阵。对z值的处理需要谨慎一些，需要依次寻找每一个x与y共同对应地唯一的z值。最初的x，y，z是三个等长度的数组，共同的索引编号是它们确保一一对应的锁链。这里可以借助np.argwhere()函数找出x与y数组中某个值的索引，由于x，y是具有重复值的数组，这个索引将是两个包含许多位置的数组。所以我们还需要对两个索引数组用np.intersect1d()函数求并集得到唯一的z数组中的索引数。具体的操作应为：

    xn = np.unique(x) yn = np.unique(y) Xm,Ym = np.meshgrid(xn,yn) Zm = [] for i in yn: zm = [] for j in xn: zm_index = np.intersect1d(np.argwhere(y == i),np.argwhere( x == j)) zm.append(float(z[zm_index]) Zm.append(zm)

    注意这里获取索引数时应当在原始数组中查找，循环遍历时可以使用xn，yn节约成本。另外，由于Xm对应的是行信息，在遍历循环中应该放在内层。

    接下来就是作图了，数据处理好之后作图基本也就一行命令的事了。这里尝试了一些格式调整，列举如下：

    • plt.pcolormesh()与plt.contourf()均可用来作二维色彩图，但同样的条件下pcolormesh的效果不如contourf的平滑，所以更倾向与使用contourf
    • 分格密度通过<code class="language-plaintext...

  • Python拟合吸附等温线并计算吸附焓

    Python, Scipy, Matplotlib, Csv, Pandas  · 

    前一阵子帮人用C++写了一个用以计算吸附焓的简单小程序，仅实现了得到吸附等温线方程后计算吸附焓的功能。最近重拾Python语言，在尝试了Python的各类库之后对其爱不释手。遂尝试着将这个程序用Python完善了一下，实现了数据读入，拟合，计算吸附焓一系列流程。

    作为一个新手，写程序的过程依然很揪心。好在换用了Anaconda后的Jupyter Notebook十分友好，可以在每个cell中直接运行查看结果进行调试。在经历了不断地与错误信息斗争后，终于磕磕绊绊地将想要的功能实现了。所以在这里记录一下学习到的一些语法知识以及程序目前的缺陷。

    程序内容

    #拟合BET数据中的吸附曲线并计算吸附焓 #Version 2.00 #以实现对数据的读取，转化单位和langmuir方程拟合并做图 #对BET软件直接生成的xls文件尚不能直接打开，需要另存为xlsx格式 #Author: lewisbase #Date: 2019.04.08 import csv import math import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from matplotlib import ticker from matplotlib import rcParams from scipy.optimize import leastsq GRID=30000 R=8.314510e-3 ############################################################################################### def Langmuir(c): b=c return y-qmax*b*x/(1+b*x) def Langmuirfit(x): return qmax*b*x/(1+b*x) def Freundlich(f):...

  • Python-Matplotlib作图学习（一）

    Python, Matplotlib  · 

    最近重新学习了Matplotlib作图的相关内容，自己对Python的学习还是不系统，只是凭借着C++的习惯在写。许多语法都需要随时查询。所以在这里记录一下程序内容与注意事项。

    这是一个简单的曲线图的绘制，涉及内容有Python列表，for循环等，主要是对Matplotlib图表中一些格式的设置。

    程序内容如下：

    import numpy as np import math from pylab import * PI=3.1415926 NA=6.02 k=[10.4852,9.21986,10.80252] b=[-6.17879,-5.36126,-6.74615] name=["A","B","C"] linecolor=["black","red","blue"] y=[] x=np.linspace(1,20,5000) for i in range(3): g=((k[i]*x+b[i])/NA)/(PI*(x/2)**2*0.1) y.append(g) figure(figsize=(15,12),dpi=100) xlabel("D (nm)",fontsize=40) ylabel("$\Delta$$\gamma$ (mN/m)",fontsize=40) xlim(0,20) ylim(0,12) yticks(np.linspace(0,12,4,endpoint=True),fontsize=32) xticks(fontsize=32) for i in range(3): plot(x,y[i],label=name[i],linewidth=3,color=linecolor[i]) legend(loc='upper right',fontsize=26,frameon=False) ax=gca() ax.spines['top'].set_linewidth(5) ax.spines['bottom'].set_linewidth(5) ax.spines['left'].set_linewidth(5) ax.spines['right'].set_linewidth(5) tick_params(top='off',right='off',width=5) show()

    Python中新建变量不需要声明类型，直接进行赋值初始化便可创建。而对于列表，则可以先创建一个空列表，再通过.append()添加变量的方法给其赋值。

    对于数组，可以使用Numpy中的<code class="language-plaintext...

  • Python最小二乘法拟合与作图

    Python, Scipy, Matplotlib  · 

    最小二乘法拟合

    在函数拟合中，如果用p表示函数中需要确定的参数，那么目标就是找到一组p，使得下面函数S的值最小：

    最小二乘

    这种算法称为最小二乘法拟合。Python的Scipy数值计算库中的optimize模块提供了leastsq()函数，可以对数据进行最小二乘拟合计算。

    此处利用该函数对一段弧线使用圆方程进行了拟合，并通过Matplotlib模块进行了作图，程序内容如下：

    #使用最小二乘法拟合圆方程 import numpy as np from scipy.optimize import leastsq from pylab import * x,y=np.loadtxt('num.dat',delimiter=' ',dtype=float,usecols=(0,1),unpack=True) #for i in x: # print i #for j in y: # print j def residuals(p): a,b,r=p return r**2-(y-b)**2-(x-a)**2 result=leastsq(residuals,[1,1,1]) a,b,r=result[0] print "a=",a,"b=",b,"r=",r plot(x,y,color="red",label="origin",linewidth=2) yfit=sqrt(r**2-(x-a)**2)+b plot(x,yfit,"b--",label="fit",linewidth=2) legend(loc="upper right",frameon=False) annotate('(x-112.892403261)$^2$+(y+58.8238235027)$^2$=110.123575696$^2$',xy=(40,15)) annotate('R=110.123575696',xy=(100,10))...

Csv

  • Python拟合吸附等温线并计算吸附焓

    Python, Scipy, Matplotlib, Csv, Pandas  · 

    前一阵子帮人用C++写了一个用以计算吸附焓的简单小程序，仅实现了得到吸附等温线方程后计算吸附焓的功能。最近重拾Python语言，在尝试了Python的各类库之后对其爱不释手。遂尝试着将这个程序用Python完善了一下，实现了数据读入，拟合，计算吸附焓一系列流程。

    作为一个新手，写程序的过程依然很揪心。好在换用了Anaconda后的Jupyter Notebook十分友好，可以在每个cell中直接运行查看结果进行调试。在经历了不断地与错误信息斗争后，终于磕磕绊绊地将想要的功能实现了。所以在这里记录一下学习到的一些语法知识以及程序目前的缺陷。

    程序内容

    #拟合BET数据中的吸附曲线并计算吸附焓 #Version 2.00 #以实现对数据的读取，转化单位和langmuir方程拟合并做图 #对BET软件直接生成的xls文件尚不能直接打开，需要另存为xlsx格式 #Author: lewisbase #Date: 2019.04.08 import csv import math import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from matplotlib import ticker from matplotlib import rcParams from scipy.optimize import leastsq GRID=30000 R=8.314510e-3 ############################################################################################### def Langmuir(c): b=c return y-qmax*b*x/(1+b*x) def Langmuirfit(x): return qmax*b*x/(1+b*x) def Freundlich(f):...

Pandas

  • 使用Python连接数据库

    Python, Pandas, SQLite, MySQL  · 

    SQLite

    sqlite3为python3自带，无需另行安装。

    连接SQLite数据库时需指定对应的.db文件。

    拉取数据

    1. 使用sl.connect()建立与数据库的连接，其中的database参数为SQLite数据库db文件的路径；
    2. 使用conn.cursor()创建游标；
    3. pandas中的pd.read_sql_query(sql_text, conn)命令可以直接执行sql命令并将结果保存为DataFrame；
    4. 依次使用cur.close(), conn.close()关闭游标，关闭连接。
    import pandas as pd import sqlite3 as sl def load_data_from_table(database_path: <span...

  • Python手动清理内存

    Python, Pandas  · 

    写程序这方面，自己不是科班出身，本科时唯一的C语言课也没有好好听讲。导致后来写代码的时候十分不规范，也缺失了许多细节，日常遇到的自己给自己挖的坑还是有必要记录一下，方便以后复盘。

    就像现在，前脚写完的代码后脚就忘了怎么写了……

    这段代码主要是处理了一下打文件读取过程中内存不够的问题，中间也对DataFrame进行了一系列操作，结果具体的操作怎么实现的自己已经不记得了……目前还没调试好。

    import pandas as pd import numpy as np import gc import os feature = ['111,222,333,444', '111,222,333,444', '111,222,333,444', '111,222,333,444', '111,222,333,444', '111,222,333,444'] dict_in = {<span...

  • Python-Matplotlib做gmx_MMPBSA计算结果展示

    Python, Numpy, Matplotlib, Pandas, Molecular Simulation  · 

    学习使用GROMACS已经很久了，但是一直停留在很初级的应用上面，对高级技巧并不了解。就连做生物体系几乎必做的MMPBSA分析都没有尝试过。乘着这个假期了解了一下MMPBSA，才知道这个计算方法不仅仅是用于蛋白质-配体体系的结合自由能计算，对于任何一个二聚体都是可以的。另外，Jerkwin老师已经发展出了比之前常用的GMXMMPBSA与g_mmpbsa两种脚本/程序更加简单易用的计算脚本——gmx_mmpbsa。gmx_mmpbsa不但没有GROMACS与APBS程序的版本要求，还可以一步运行获得所有结果，大大降低了MMPBSA的学习成本。

    Jerkwin老师的博客中有详尽的使用说明以及与其他两种方法计算结果的比对，另外，gmx_mmpbsa脚本的最新版本也在可以他的github库中找到。

    gmx_mmpbsa使用前需安装GRMOMACS与APBS，脚本会自动调用这两个程序进行计算。Ubuntu环境下APBS可以使用sudo apt install apbs直接进行安装。在修改脚本内的变量内容时，如果GROMACS与APBS都已添加进了环境变量，则可简写为：gmx='gmx'以及apbs='apbs'。

    脚本运行过程中如果出现某些awk函数未定义的错误，那么还需要安装一下gawk，使用sudo apt install gawk即可。

    计算完成后会生成一系列不同结果的文档，这里编写了一个python脚本来进行绘图，顺便复习了一下Pandas与Matplotlib的使用方法。其中有关饼状图的修饰来自于Lemonbit的知乎专栏文章。

    # This script is design to plot the mmpbsa calculate results # from Jerkwin's gmx_mmpbsa script # Author: Lewisbase # Date: 2020.02.29 import numpy as np import pandas as pd...

  • Python拟合吸附等温线并计算吸附焓

    Python, Scipy, Matplotlib, Csv, Pandas  · 

    前一阵子帮人用C++写了一个用以计算吸附焓的简单小程序，仅实现了得到吸附等温线方程后计算吸附焓的功能。最近重拾Python语言，在尝试了Python的各类库之后对其爱不释手。遂尝试着将这个程序用Python完善了一下，实现了数据读入，拟合，计算吸附焓一系列流程。

    作为一个新手，写程序的过程依然很揪心。好在换用了Anaconda后的Jupyter Notebook十分友好，可以在每个cell中直接运行查看结果进行调试。在经历了不断地与错误信息斗争后，终于磕磕绊绊地将想要的功能实现了。所以在这里记录一下学习到的一些语法知识以及程序目前的缺陷。

    程序内容

    #拟合BET数据中的吸附曲线并计算吸附焓 #Version 2.00 #以实现对数据的读取，转化单位和langmuir方程拟合并做图 #对BET软件直接生成的xls文件尚不能直接打开，需要另存为xlsx格式 #Author: lewisbase #Date: 2019.04.08 import csv import math import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from matplotlib import ticker from matplotlib import rcParams from scipy.optimize import leastsq GRID=30000 R=8.314510e-3 ############################################################################################### def Langmuir(c): b=c return y-qmax*b*x/(1+b*x) def Langmuirfit(x): return qmax*b*x/(1+b*x) def Freundlich(f):...

pyPDF

  • Python处理PDF文件

    Python, pyPDF, Translation  · 

    最近看到一篇介绍Python中pyPDF模块的文章，详细介绍了使用pyPDF模块获取PDF文件信息，合并拆分PDF文件等功能。很方便，在此搬运分享以下：

    How to Work With a PDF in Python

    全文介绍了以下几方面的功能

    • 提取文件信息
    • 旋转页面
    • 合并文件
    • 拆分文件
    • 添加水印
    • 加密文件

    这里我主要尝试了前几个功能的实现，添加水印与加密文件不是很用得上就不再详细尝试了。

    pyPdf，PyPDF2以及PyPDF4的发展历程

    最初的pyPdf模块发布与2005年，但并不支持Python3。PyPDF2目前也基本停用，最新版本的PyPDF4支持PyPDF2的大多数功能，但也有部分功能不兼容。原文中使用的是PyPDF2模块，此处我改用最新的PyPDF4进行尝试。

    安装

    如果你已经安装了Anaconda，可以使用pip或者conda直接安装： pip install PyPDF4

    功能实现

    提取PDF文件信息

    我们可以通过PdfFileReader来实现对以下信息的提取：

    • 作者
    • 创建者
    • 生产商
    • 主题
    • 题目
    • 页数

    代码如下：

    from PyPDF4 import PdfFileReader，PdfFileWriter def extract_information(pdf_path): with open(pdf_path,'rb') as f: pdf=PdfFileReader(f)...

Numpy

  • Python-Matplotlib做gmx_MMPBSA计算结果展示

    Python, Numpy, Matplotlib, Pandas, Molecular Simulation  · 

    学习使用GROMACS已经很久了，但是一直停留在很初级的应用上面，对高级技巧并不了解。就连做生物体系几乎必做的MMPBSA分析都没有尝试过。乘着这个假期了解了一下MMPBSA，才知道这个计算方法不仅仅是用于蛋白质-配体体系的结合自由能计算，对于任何一个二聚体都是可以的。另外，Jerkwin老师已经发展出了比之前常用的GMXMMPBSA与g_mmpbsa两种脚本/程序更加简单易用的计算脚本——gmx_mmpbsa。gmx_mmpbsa不但没有GROMACS与APBS程序的版本要求，还可以一步运行获得所有结果，大大降低了MMPBSA的学习成本。

    Jerkwin老师的博客中有详尽的使用说明以及与其他两种方法计算结果的比对，另外，gmx_mmpbsa脚本的最新版本也在可以他的github库中找到。

    gmx_mmpbsa使用前需安装GRMOMACS与APBS，脚本会自动调用这两个程序进行计算。Ubuntu环境下APBS可以使用sudo apt install apbs直接进行安装。在修改脚本内的变量内容时，如果GROMACS与APBS都已添加进了环境变量，则可简写为：gmx='gmx'以及apbs='apbs'。

    脚本运行过程中如果出现某些awk函数未定义的错误，那么还需要安装一下gawk，使用sudo apt install gawk即可。

    计算完成后会生成一系列不同结果的文档，这里编写了一个python脚本来进行绘图，顺便复习了一下Pandas与Matplotlib的使用方法。其中有关饼状图的修饰来自于Lemonbit的知乎专栏文章。

    # This script is design to plot the mmpbsa calculate results # from Jerkwin's gmx_mmpbsa script # Author: Lewisbase # Date: 2020.02.29 import numpy as np import pandas as pd...

  • Python-Matplotlib做二维密度分布图

    Python, Numpy, Matplotlib  · 

    之前一直想尝试着用Matplotlib绘制计算结果中的二维密度分布图，这样即省去了许多数据处理的麻烦，也方便直接在Linux系统中观察计算的结果。但对Numpy和Maltplotlib的熟练程度还不够，对于计算程序产生的非矩阵式的数据结构不知道该怎么处理。今天花了一早上仔细研究了一下，终于将这块硬骨头啃下来了。

    做colormap图的关键在于矩阵的创建，作为坐标的x与y在形状上为呈转置关系的两个矩阵（即x的行数与y的列数相等，反之亦然），在内容上则应为x以行的形式重复，y以列的形式重复。想要产生这样的两个矩阵，可以通过Numpy中的函数np.meshgrid(x,y)来实现。用于表示值变化的z则为一个二维数组，即对于每一对x，y都应存在一个值z[x][y]。在一般的做法中，z值可以通过以x，y为自变量的函数产生。

    我这里遇到的问题是已有的数据是三个一维数组。相当与将上述的x，y，z矩阵一一对应地平铺开来。这样的数据在Origin中作图十分方便，但在Matplotlib中就得预先处理一下。这个过程实则是将平铺开的数组再压缩回去。

    首先要用np.unique()函数对x和y的数组进行压缩，得到无重复数值的xn与yn，再使用np.meshgrid()函数将xn与yn编织成上文所述的矩阵。对z值的处理需要谨慎一些，需要依次寻找每一个x与y共同对应地唯一的z值。最初的x，y，z是三个等长度的数组，共同的索引编号是它们确保一一对应的锁链。这里可以借助np.argwhere()函数找出x与y数组中某个值的索引，由于x，y是具有重复值的数组，这个索引将是两个包含许多位置的数组。所以我们还需要对两个索引数组用np.intersect1d()函数求并集得到唯一的z数组中的索引数。具体的操作应为：

    xn = np.unique(x) yn = np.unique(y) Xm,Ym = np.meshgrid(xn,yn) Zm = [] for i in yn: zm = [] for j in xn: zm_index = np.intersect1d(np.argwhere(y == i),np.argwhere( x == j)) zm.append(float(z[zm_index]) Zm.append(zm)

    注意这里获取索引数时应当在原始数组中查找，循环遍历时可以使用xn，yn节约成本。另外，由于Xm对应的是行信息，在遍历循环中应该放在内层。

    接下来就是作图了，数据处理好之后作图基本也就一行命令的事了。这里尝试了一些格式调整，列举如下：

    • plt.pcolormesh()与plt.contourf()均可用来作二维色彩图，但同样的条件下pcolormesh的效果不如contourf的平滑，所以更倾向与使用contourf
    • 分格密度通过<code class="language-plaintext...

ShuangPin

  • 小鹤双拼学习

    ShuangPin, Excerpt  · 

    自己的打字速度一直不快，打字习惯也不好，从来都没能掌握标准指法，右手残缺后就更是困难了。

    之前一直想尝试一下双拼输入法来弥补一下自己在这方面的不足，但畏于学习成本较高又一直拖延，今次下定决心将所有设备的输入法都改为双拼，直接在实践中学习。

    比较了之后还是选择了小鹤双拼，似乎比其他几种相对简单一些，也没有分号等特殊符号的运用。

    早晨在手机上熟练了一下键位对应，有了大致的印象，但实际使用起来还颇为不惯。自己的拼音本来就不是很好，许多前后鼻音难以分清。看来前期的学习将颇为困难，但愿长期坚持下来后能有所提高，也能顺便矫正一下自己打字时的指法，弥补自己右手方面的缺陷。

    上述几行字耗费了近十分钟之久，但对个别字的输入明显感觉已经熟悉了起来。这个贴就专门用来摘抄练习吧。

    航空救国三愿

    现在各色的人们大喊着各种救国，好像大家突然爱国了似的。其实不然，本来就是这样，在这羊地救国的，不过现在喊了出来罢了。
    所以银行家说贮蓄救国，卖稿子的说文学救国，画画儿的说艺术救国，爱跳舞的说寓救国于娱乐之中，还有，据烟草公司说，则就是吸吸马占山将军牌香烟，也未始非救国之一道云。
    这各种救国，是像先前原已实行过来一样，此后也要实行过来一样，此后也要实行下去的，决不至于五分钟。
    只有航空救国较为别致，是应该刮目相看的，那将来也很难预测，原因在主张的人们自己大概不是飞行家。
    那么，我们不妨预先说出一点愿望来。 看过去年此时的上海报的人们恐怕还记得，苏州不是有一队飞机来打仗的么？后来别的都在中途“迷失”了，只剩下领队的洋烈士的那一架，双拳不敌于四手，终于给日本飞机打落，累得他母亲从美洲路远迢迢的跑来，痛哭一场，带几个花圈而去。听说广州也有一队出发的，闺秀们还将诗词绣在小衫上，赠战士以壮行色。然而，可惜的很，好像至今还没有到。
    所以我们应该在防空队成立之前，陈明两种愿望————
    一、路要认清，
    二、飞得要快。
    还有更要紧的一层，是我们正由“不抵抗”以至“长期抵抗”而入于的“心理抵抗”的时候，实际上恐怕一时未必和外国打仗，那时战士技痒了，而又苦于英雄无用武之地，不知道会不会炸弹倒落到手无寸铁的人民头上来的？
    所以还得战战兢兢的陈明一种愿望，是————
    莫杀人民！
    二月三日

    不通两种

    人们每当批评文章的时候，凡是国文教员式的人，大概是着眼于“通”或“不通”，《中学生》杂志上还为此设立了病院。然而做中国问其实是很不容易“通”的，高手入太史公司马迁，倘将他的文章推敲起来，无论从文字，文法，修辞的任何一种立场去看，都可以发见“不通”的处所。
    不过现在不说这些，要说的只是在笼统的一句“不通”之中，还可以由原因而分为几种。大概的说，就是：有作者本来还没有通的，也有本可以通的，而因了种种关系，不敢通，或不愿通的。
    例如去年十月三十一日《大晚报》的记载“江都清赋风潮”，在《乡民二度兴波作浪》这个巧妙地题目之下，述陈友亮之死云：

    “陈友亮见官方军警中，有携手枪之刘金发，竟敢夺刘之手枪，当被子弹出膛，饮弹而毙，警察队亦开空枪一排，乡民始后退……”
    “军警”上面不必加上“官方”二字之类的废话，这里也且不说。最古怪的是子弹竟被写得好像活物，会自己飞出膛来似的。但因此而累得上下文的“亦”字不通了。必须将上改作“当被击毙”，才妥。倘要保存上文，则将末两句改为“警察队空枪一齐发声，乡民始后退”，这才铢两悉称，和军警都毫无关系。——虽然文理总未免有点希奇。
    现在，这样的希奇文章，常常在刊物上出现。不过其实也并非作者的不通，大抵倒是恐怕“不准通”，因而先就“不敢通”了的缘故。头等聪明人不谈这些，就成了“为艺术的艺术”家；此等聪明人竭力用种种法，来粉饰这不通，就成了“民族主义文学”者，但两者都属于自己“不愿通”，即“不肯通”这一类里的。
    二月三日

    因此引起的通论

    “最通的”文艺

    王平陵
    鲁迅先生最近常常用何家干的笔名，在黎烈文主编的《申报》的《自由谈》，发表不到五百字的短文。好久不看见他老先生的文了，那种富于幽默性的讽刺味儿，在中国的作家之林，当然还没有人能超过鲁迅先生。不过，听说现在的鲁迅先生已跑到十字街头，站在革命的队伍里去了。那么，像他这种有闲阶级的幽默的作风，严格言之，实在不革命。我以为也应该转变一下才是！譬如：鲁迅先生不喜欢第三种人，讨厌民族主义的文艺，他尽可痛快地直说。何必要装腔作势，吞吞吐吐，打这么许多弯儿。在他最近所处的环境，自然是除了那些恭颂苏联德政地献词以外，便没有更通的文艺的。他认为第三种人不谈这些，是比较聪明的人；民族主义文艺者故意找出理由来文饰自己的不通，是比较次聪明的人。其言可谓尽深刻毒恶之能事，不过，现在最通的文艺，是不是仅有那些对苏联当局摇尾求媚的献词，不免还是疑问。如果先生们真是为着解放劳苦大众而呐喊，犹可说也；假使，仅仅是为着个人的出路，故意制造一块容易招摇的金子商标，以资号召而已。那么，我就看不出先生们的苦心孤行，比到被你们所不齿的第三种人，以及民族主义文艺者，究竟是高多少。
    其实，先生们个人的生活，由我看来，并不比到被你们痛骂的小资本作家更穷苦些。当然，鲁迅先生是例外，大多数的所谓革命作家，听说，常常在上海的大跳舞场，拉斐花园里，可以说遇见他们伴着娇美的爱侣，一面喝香槟，一面吃朱古力，兴高采烈地跳着狐步舞，倦舞意懒，乘着雪亮的汽车，奔赴预定的香巢，度他们真个销魂的生活。明天起来，写工人呵！斗争呵！之类的东西。拿去向书贾们所办的刊物换取稿费，到晚上，照样是生活在红绿的灯光下，沉醉着，欢唱着，热爱着。像这种优裕的生活，我不懂先生们还要叫什么苦，喊什么冤，你们的猫哭耗子的仁慈，是不是能博得劳苦大众的同情，也许，在先生们自己都不免是绝大的疑问吧！
    如果中国人不能从文化的本身上做一点基础的的工夫，就这样大家空喊一阵口号，糊闹一阵，我想，把世界上无论那种最新颖最时髦的东西拿到中国来，都是毫无用处。我们承认现在的苏俄，确实是有了他相当的成功，但，这不是偶然。他们从前所遗留下来的一部分文化的遗产，是多么丰富，我们回溯到十月革命以前的俄国文学，音乐，美术，哲学，科学，哪一件不是已经到达国际文化的水准。他们有了这些充实的根基，才能产生现在这些学有根蒂的领袖。我们仅仅渴慕人家的成功而不知道努力文化的根本建树，再等十年百年，乃至千年万年，中国还是这样，也许比现在更坏。<br...

SQLite

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    1. 使用sl.connect()建立与数据库的连接，其中的database参数为SQLite数据库db文件的路径；
    2. 使用conn.cursor()创建游标；
    3. pandas中的pd.read_sql_query(sql_text, conn)命令可以直接执行sql命令并将结果保存为DataFrame；
    4. 依次使用cur.close(), conn.close()关闭游标，关闭连接。
    import pandas as pd import sqlite3 as sl def load_data_from_table(database_path: <span...

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    2. 使用conn.cursor()创建游标；
    3. pandas中的pd.read_sql_query(sql_text, conn)命令可以直接执行sql命令并将结果保存为DataFrame；
    4. 依次使用cur.close(), conn.close()关闭游标，关闭连接。
    import pandas as pd import sqlite3 as sl def load_data_from_table(database_path: <span...