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双层膜体系的分子模拟
Translation, Molecular Simulation ·双层膜体系模型的构建
对于双层膜这种较复杂的体系，使用GROMACS中自带的简单工具构建较为繁琐。因此选取Packmol用来构建双层膜部分，同时利用GROMACS中的gmx solvate命令来向体系中加入溶剂，这样组合使用能大大节省构建时间。
我的体系的双层膜部分的Packmol输入文件如下，没有很复杂，基本与Packmol官方教程一致。但是应注意resnumbers选项的添加，否则生成的结构文件中分子序号将会不连续。
# # construction of SDS-C16-CHOL-SOL system # tolerance 2.0 filetype pdb output C16DS-CHOL128.pdb structure SDS-C16min.pdb number 64 resnumbers 2 inside box 0. 0. 0. 60. 60. 20. atoms 1 45 over plane 0. 0. 1. 16. end atoms atoms 17 below plane 0. 0. 1. 3 end atoms atoms 64 below...