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GMX中的墙与冻结组设置

GROMACS分子动力学模拟计算过程中，常需设置二维的周期化条件与冻结组，下面简要介绍一下这两种设置的实现与注意事项：

二维周期化条件通常是配合wall的设置来实现的，Gromacs5.0之前的版本中在处理这部分时有些许问题，推荐使用5.0之后的版本。需要注意的是使用两面wall时还需要配合ewald_geometry=3dc的条件。wall的设置在mdp文件中实现，主要的几个选项设置与意义如下：

pbc = xy

nwall
默认为0。1代表在z=0处有一个wall。2代表z=0和z=z_box处各有一个wall。设为2时，可用压力耦合和Ewald加和法（通常最好使用semiisotropic压力耦合，并把x/y压缩系数设为0，否则表面积会发生变化）。walls通过wall_atomtype选项与系数与系统其它部分作用。对于nwall=2，能量组wall0和wall1被自动添加以监督能量组与各个wall之间的相互作用。在z方向上的质心移动将关闭。

wall-atomtype:
每面墙在力场中的原子类型名称. 通过(例如)在拓扑文件中定义一个特殊的墙原子类型及其组合规则, 可以独立地调整每个原子类型和墙的相互作用. （此处输入原子类型个数对应nwall，e.g. nwall = 2; wall-atomtype = opls_136 opls_136）

wall-type:
9-3 对墙后体积进行积分的LJ势: 9–3势
10-4
对墙面进行积分的LJ势: 10–4势
12-6
直接的LJ势, 由与墙的Z距离决定
table
用户定义的势, 根据与墙的Z距离进行索引, 以类似于energygrp-table的选项读入, 其中的第一个名称为“正常”能量组, 第二名称为wall0或wall1, 只使用表中的色散和排斥列.

wall-r-linpot: –1 [nm]
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