LewisBase 学习与思考

CGenFF产生小分子Charmm力场拓扑文件

Translation, Molecular Simulation · 03 Dec 2018

CGenFF网站现已提供python3版本的charmm2gmx脚本，下载链接如下：

——2019.10.16. 更新——

CGenFF程序可以直接生成Charmm力场的分子拓扑文件，但使用较为复杂，特此记录一下。

制作.mol2格式的坐标文件，氢原子也包含在内。不推荐使用MS软件，其产生的.mol2文件在程序中会出现警告。GView产生的.mol2文件需删除两个空行，必要的话可以进行sed -i 's/Ar/ar' *.mol2修改大小写。其他软件详见FAQ。

在CGenFF网站上传.mol2文件，此处有三个复选框：

一般情况下都不用选。选项意义如字面所言。选项一重新判断键价，有一定概率出错，如果时用于其他软件的拓扑，不用选择。选项二会将原力场中已包含的信息一并列出，在后续格式转换的过程中可能会出现重复。

.str文件中会有一个penalty值，该值小于10表明结果较好，在10到50之间则说明需要进行一定的验证，大于50则需要更广泛的验证。