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学习与思考
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GMX中常见小错误汇总
Molecular Simulation ·长期更新
2018.10.29
Q: gmx genion命令：往溶剂中添加离子时报错：”No line with moleculetype SOL found the [ molecules ] section of file “topol.top”
A: 首先检查拓扑文件是否正确，如果在拓扑没有问题的情况下依然报错，往往可能是由于拓扑文件在Windows系统下处理过，行尾标记有问题。用dos2unix工具处理一下拓扑文件即可。
2018.11.20
Q: 到底是什么错误导致了LINCS Warning？
A: 导致LINCS Warning的错误种类很多，导致这个问题比较难排查。但本质上是由于构型不合理导致的。具体可以参看有关这篇译文。今日又发现一个导致LINCS Warning的错误：体系盒子太小！当模拟体系的盒子太小时，会导致mdrun过程中区域分解不合理，引发LINCS Warning。
2018.12.20
Q: 伞形抽样结果产生的histogram文件中只有一个峰？
A: 伞形抽样过程中挑选了几个窗口就会在histogram文件中产生几个峰，不过在用xmgrace查看图形时应使用
xmgrace -nxy histo.xvg读取多列数据。2019.07.11
Q: 使用虚原子时报错atom XX (Res XXX) has mass 0 (state A) / 0 (state B)。
A:...